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万見
- EMDB-40783: MBP-tagged fusion fatty acid synthase from S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40783
タイトルMBP-tagged fusion fatty acid synthase from S. cerevisiae
マップデータ6xMBP fused FAS
試料
  • 複合体: MBP-tagged Fatty acid synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase
キーワードFatty acid synthase / TRANSFERASE
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Mazhab-Jafari MT / Khalili Samani E
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)419240 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-06070 カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Direct structural analysis of a single acyl carrier protein domain in fatty acid synthase from the fungus Saccharomyces cerevisiae.
著者: Elnaz Khalili Samani / Amy C Chen / Jennifer W Lou / David L Dai / Alexander F A Keszei / Guihong Tan / Charles Boone / Martin Grininger / Mohammad T Mazhab-Jafari /
要旨: Acyl carrier protein (ACP) is the work horse of polyketide (PKS) and fatty acid synthases (FAS) and acts as a substrate shuttling domain in these mega enzymes. In fungi, FAS forms a 2.6 MDa symmetric ...Acyl carrier protein (ACP) is the work horse of polyketide (PKS) and fatty acid synthases (FAS) and acts as a substrate shuttling domain in these mega enzymes. In fungi, FAS forms a 2.6 MDa symmetric assembly with six identical copies of FAS1 and FAS2 polypeptides. However, ACP spatial distribution is not restricted by symmetry owing to the long and flexible loops that tether the shuttling domain to its corresponding FAS2 polypeptide. This symmetry breaking has hampered experimental investigation of substrate shuttling route in fungal FAS. Here, we develop a protein engineering and expression method to isolate asymmetric fungal FAS proteins containing odd numbers of ACP domains. Electron cryomicroscopy (cryoEM) observation of the engineered complex reveals a non-uniform distribution of the substrate shuttling domain relative to its corresponding FAS2 polypeptide at 2.9 Å resolution. This work lays the methodological foundation for experimental study of ACP shuttling route in fungi.
履歴
登録2023年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40783.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40783.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈6xMBP fused FAS
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.347
最小 - 最大-1.091563 - 2.2468886
平均 (標準偏差)0.004824593 (±0.1252819)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 412.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_40783_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_40783_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MBP-tagged Fatty acid synthase

全体名称: MBP-tagged Fatty acid synthase
要素
  • 複合体: MBP-tagged Fatty acid synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase

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超分子 #1: MBP-tagged Fatty acid synthase

超分子名称: MBP-tagged Fatty acid synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 2.7 MDa

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分子 #1: Fatty acid synthase

分子名称: Fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLTE FENCYLEGND IHALAAKLLQ ENDTTLVKTK ELIKNYITAR IMAKRPFDKK SNSALFRAVG EGNAQLVAIF GGQGNTDDYF ...文字列:
MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLTE FENCYLEGND IHALAAKLLQ ENDTTLVKTK ELIKNYITAR IMAKRPFDKK SNSALFRAVG EGNAQLVAIF GGQGNTDDYF DELRDLYQTY HVLVGDLIKF SAETLSELIR TTLDAEKVFT QGLNILEWLE NPSNTPDKDY LLSIPISCPL IGVIQLAHYV VTAKLLGFTP GELRSYLKGA TGHSQGLVTA VAIAETDSWE SFFVSVRKAI TVLFFIGVRC YEAYPNTSLP PSILEDSLEN NEGVPSPMLS ISNLTQEQVQ DYVNKTNSHL PAGKQVEISL VNGAKNLVVS GPPQSLYGLN LTLRKAKAPS GLDQSRIPFS ERKLKFSNRF LPVASPFHSH LLVPASDLIN KDLVKNNVSF NAKDIQIPVY DTFDGSDLRV LSGSISERIV DCIIRLPVKW ETTTQFKATH ILDFGPGGAS GLGVLTHRNK DGTGVRVIVA GTLDINPDDD YGFKQEIFDV TSNGLKKNPN WLEEYHPKLI KNKSGKIFVE TKFSKLIGRP PLLVPGMTPC TVSPDFVAAT TNAGYTIELA GGGYFSAAGM TAAIDSVVSQ IEKGSTFGIN LIYVNPFMLQ WGIPLIKELR SKGYPIQFLT IGAGVPSLEV ASEYIETLGL KYLGLKPGSI DAISQVINIA KAHPNFPIAL QWTGGRGGGH HSFEDAHTPM LQMYSKIRRH PNIMLIFGSG FGSADDTYPY LTGEWSTKFD YPPMPFDGFL FGSRVMIAKE VKTSPDAKKC IAACTGVPDD KWEQTYKKPT GGIVTVRSEM GEPIHKIATR GVMLWKEFDE TIFNLPKNKL VPTLEAKRDY IISRLNADFQ KPWFATVNGQ ARDLATMTYE EVAKRLVELM FIRSTNSWFD VTWRTFTGDF LRRVEERFTK SKTLSLIQSY SLLDKPDEAI EKVFNAYPAA REQFLNAQDI DHFLSMCQNP MQKPVPFVPV LDRRFEIFFK KDSLWQSEHL EAVVDQDVQR TCILHGPVAA QFTKVIDEPI KSIMDGIHDG HIKKLLHQYY GDDESKIPAV EYFGGESPVD VQSQVDSSSV SEDSAVFKAT SSTDEESWFK ALAGSEINWR HASFLCSFIT QDKMFVSNPI RKVFKPSQGM VVEISNGNTS SKTVVTLSEP VQGGSGSGSG SMKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW PLIAADGGYA FKYENGKYDI KDVGVDNAGA KAGLTFLVDL IKNKHMNADT DYSIAEAAFN KGETAMTING PWAWSNIDTS KVNYGVTVLP TFKGQPSKPF VGVLSAGINA ASPNKELAKE FLENYLLTDE GLEAVNKDKP LGAVALKSYE EELAKDPRIA ATMENAQKGE IMPNIPQMSA FWYAVRTAVI NAASGRQTVD EALKDAQTGS GSGSGSELKP TVILKLLKEN IIQMEMIENR TMDGKPVSLP LLYNFNPDNG FAPISEVMED RNQRIKEMYW KLWIDEPFNL DFDPRDVIKG KDFEITAKEV YDFTHAVGNN CEDFVSRPDR TMLAPMDFAI VVGWRAIIKA IFPNTVDGDL LKLVHLSNGY KMIPGAKPLQ VGDVVSTTAV IESVVNQPTG KIVDVVGTLS RNGKPVMEVT SSFFYRGNYT DFENTFQKTV EPVYQMHIKT SKDIAVLRSK EWFQLDDEDF DLLNKTLTFE TETEVTFKNA NIFSSVKCFG PIKVELPTKE TVEIGIVDYE AGASHGNPVV DFLKRNGSTL EQKVNLENPI PIAVLDSYTP STNEPYARVS GDLNPIHVSR HFASYANLPG TITHGMFSSA SVRALIENWA ADSVSSRVRG YTCQFVDMVL PNTALKTSIQ HVGMINGRKL IKFETRNEDD VVVLTGEAEI EQPVTTFVFT GQGSQEQGMG MDLYKTSKAA QDVWNRADNH FKDTYGFSIL DIVINNPVNL TIHFGGEKGK RIRENYSAMI FETIVDGKLK TEKIFKEINE HSTSYTFRSE KGLLSATQFT QPALTLMEKA AFEDLKSKGL IPADATFAGH SLGEYAALAS LADVMSIESL VEVVFYRGMT MQVAVPRDEL GRSNYGMIAI NPGRVAASFS QEALQYVVER VGKRTGWLVE IVNYNVENQQ YVAAGDLRAL DTVTNVLNFI KLQKIDIIEL QKSLSLEEVE GHLFEIIDEA SKKSAVKPRP LKLERGFACI PLVGISVPFH STYLMNGVKP FKSFLKKNII KENVKVARLA GKYIPNLTAK PFQVTKEYFQ DVYDLTGSEP IKEIIDNWEK DEWGSPEVEQ ELAHILLTEL LAYQFASPVR WIETQDVFLK DFNTERVVEI GPSPTLAGMA QRTLKNKYES YDAALSLHRE ILCYSKDAKE IYYTPDPSEL AAKEEPAKEE APAPTPAASA PAPAAAAPAP VAAAAPAAAA AEIADEPVKA SLLLHVLVAH KLKKSLDSIP MSKTIKDLVG GKSTVQNEIL GDLGKEFGTT PEKPEETPLE ELAETFQDTF SGALGKQSSS LLSRLISSKM PGGFTITVAR KYLQTRWGLP SGRQDGVLLV ALSNEPAARL GSEADAKAFL DSMAQKYASI VGVDLSSAAS ASGAAGAGAA AGAAMIDAGA LEEITKDHKV LARQQLQVLA RYLKMDLDNG ERKFLKEKDT VAELQAQLDY LNAELGEFFV NGVATSFSRK KARTFDSSWN WAKQSLLSLY FEIIHGVLKN VDREVVSEAI NIMNRSNDAL IKFMEYHISN TDETKGENYQ LVKTLGEQLI ENCKQVLDVD PVYKDVAKPT GPKTAIDKNG NITYSEEPRE KVRKLSQYVQ EMALGGPITK ESQPTIEEDL TRVYKAISAQ ADKQDISSST RVEFEKLYSD LMKFLESSKE IDPSQTTQLA GMDVEDALDK DSTKEVASLP NKSTISKTVS STIPRETIPF LHLRKKTPAG DWKYDRQLSS LFLDGLEKAA FNGVTFKDKY VLITGAGKGS IGAEVLQGLL QGGAKVVVTT SRFSKQVTDY YQSIYAKYGA KGSTLIVVPF NQGSKQDVEA LIEFIYDTEK NGGLGWDLDA IIPFAAIPEQ GIELEHIDSK SEFAHRIMLT NILRMMGCVK KQKSARGIET RPAQVILPMS PNHGTFGGDG MYSESKLSLE TLFNRWHSES WANQLTVCGA IIGWTRGTGL MSANNIIAEG IEKMGVRTFS QKEMAFNLLG LLTPEVVELC QKSPVMADLN GGLQFVPELK EFTAKLRKEL VETSEVRKAV SIETALEHKV VNGNSADAAY AQVEIQPRAN IQLDFPELKP YKQVKQIAPA ELEGLLDLER VIVVTGFAEV GPWGSARTRW EMEAFGEFSL EGCVEMAWIM GFISYHNGNL KGRPYTGWVD SKTKEPVDDK DVKAKYETSI LEHSGIRLIE PELFNGYNPE KKEMIQEVIV EEDLEPFEAS KETAEQFKHQ HGDKVDIFEI PETGEYSVKL LKGATLYIPK ALRFDRLVAG QIPTGWNAKT YGISDDIISQ VDPITLFVLV SVVEAFIASG ITDPYEMYKY VHVSEVGNCS GSGMGGVSAL RGMFKDRFKD EPVQNDILQE SFINTMSAWV NMLLISSSGP IKTPVGACAT SVESVDIGVE TILSGKARIC IVGGYDDFQE EGSFEFGNMK ATSNTLEEFE HGRTPAEMSR PATTTRNGFM EAQGAGIQII MQADLALKMG VPIYGIVAMA ATATDKIGRS VPAPGKGILT TAREHHSSVK YASPNLNMKY RKRQLVTREA QIKDWVENEL EALKLEAEEI PSEDQNEFLL ERTREIHNEA ESQLRAAQQQ WGNDFYKRDP RIAPLRGALA TYGLTIDDLG VASFHGTSTK ANDKNESATI NEMMKHLGRS EGNPVIGVFQ KFLTGHPKGA AGAWMMNGAL QILNSGIIPG NRNADNVDKI LEQFEYVLYP SKTLKTDGVR AVSITSFGFG QKGGQAIVVH PDYLYGAITE DRYNEYVAKV SAREKSAYKF FHNGMIYNKL FVSKEHAPYT DELEEDVYLD PLARVSKDKK SGSLTFNSKN IQSKDSYINA NTIETAKMIE NMTKEKVSNG GVGVDVELIT SINVENDTFI ERNFTPQEIE YCSAQPSVQS SFAGTWSAKE AVFKSLGVKS LGGGAALKDI EIVRVNKNAP AVELHGNAKK AAEEAGVTDV KVSISHDDLQ AVAVAVSTKK HHHHHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3974 / 平均電子線量: 54.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2) / 使用した粒子像数: 71932
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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