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万見
- EMDB-4072: Cryo-EM 3D reconstruction of rings formed by the extracellular do... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4072
タイトルCryo-EM 3D reconstruction of rings formed by the extracellular domain of SpoIIIAG from Bacillus subtilis
マップデータCryo-EM 3D reconstruction of SpoIIIAG rings from Bacillus subtilis.
試料
  • 複合体: Oligomeric rings formed by the D1+D2 extracellular domains of SpoIIIAG from Bacillus subtilis
    • タンパク質・ペプチド: SpoIIIAG
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Rodrigues C / Henry X / Neumann E / Schoehn G / Rudner D / Morlot C
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: A ring-shaped conduit connects the mother cell and forespore during sporulation in Bacillus subtilis.
著者: Christopher D A Rodrigues / Xavier Henry / Emmanuelle Neumann / Vilius Kurauskas / Laure Bellard / Yann Fichou / Paul Schanda / Guy Schoehn / David Z Rudner / Cecile Morlot /
要旨: During spore formation in Bacillus subtilis a transenvelope complex is assembled across the double membrane that separates the mother cell and forespore. This complex (called the "A-Q complex") is ...During spore formation in Bacillus subtilis a transenvelope complex is assembled across the double membrane that separates the mother cell and forespore. This complex (called the "A-Q complex") is required to maintain forespore development and is composed of proteins with remote homology to components of type II, III, and IV secretion systems found in Gram-negative bacteria. Here, we show that one of these proteins, SpoIIIAG, which has remote homology to ring-forming proteins found in type III secretion systems, assembles into an oligomeric ring in the periplasmic-like space between the two membranes. Three-dimensional reconstruction of images generated by cryo-electron microscopy indicates that the SpoIIIAG ring has a cup-and-saucer architecture with a 6-nm central pore. Structural modeling of SpoIIIAG generated a 24-member ring with dimensions similar to those of the EM-derived saucer. Point mutations in the predicted oligomeric interface disrupted ring formation in vitro and impaired forespore gene expression and efficient spore formation in vivo. Taken together, our data provide strong support for the model in which the A-Q transenvelope complex contains a conduit that connects the mother cell and forespore. We propose that a set of stacked rings spans the intermembrane space, as has been found for type III secretion systems.
履歴
登録2016年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月5日-
マップ公開2016年10月5日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.253
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.253
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM 3D reconstruction of SpoIIIAG rings from Bacillus subtilis.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.38 Å/pix.
x 128 pix.
= 304.64 Å		2.38 Å/pix.
x 128 pix.
= 304.64 Å		2.38 Å/pix.
x 128 pix.
= 304.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.253 / ムービー #1: 0.253
最小 - 最大0. - 0.96044
平均 (標準偏差)0.023103384 (±0.102511354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 304.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.382.382.38
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.640304.640304.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean0.0000.9600.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Oligomeric rings formed by the D1+D2 extracellular domains of Spo...

全体名称: Oligomeric rings formed by the D1+D2 extracellular domains of SpoIIIAG from Bacillus subtilis
要素
  • 複合体: Oligomeric rings formed by the D1+D2 extracellular domains of SpoIIIAG from Bacillus subtilis
    • タンパク質・ペプチド: SpoIIIAG

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超分子 #1: Oligomeric rings formed by the D1+D2 extracellular domains of Spo...

超分子名称: Oligomeric rings formed by the D1+D2 extracellular domains of SpoIIIAG from Bacillus subtilis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: ROSETTA pLysS RARE / 組換プラスミド: pCR094
分子量実験値: 19 KDa

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分子 #1: SpoIIIAG

分子名称: SpoIIIAG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
SSPEKTENAK TITAVSSQH SADSKEKTAE VFKASKSDKP KDSIDDYEKE YENQLKEILE TIIGVDDVSV V VNVDATSL KVYEKNKSNK NTTTEETDKE GGKRSVTDQS SEEEIVMIKN GDKETPVVVQ TK KPDIRGV LVVAQGVDNV QIKQTIIEAV TRVLDVPSHR VAVAPKKIKE DS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial model was generated by back-projecting a side view and imposing C24 symmetry (as determined by ultracentrifugation experiments)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C24 (24回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6125
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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