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- EMDB-40700: The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta8-12) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40700
タイトルThe cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta8-12) complex
マップデータThe cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta8-12) complex
試料
  • 複合体: BAM/EspP(beta1-12)
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Autotransporter protein EspP translocator
キーワードmembrane proteins / protein folding / BAM complex / outer membrane protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / cell outer membrane ...Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / protein-macromolecule adaptor activity / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamC / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Pectin lyase fold/virulence factor / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamA / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Outer membrane protein assembly factor BamB / Serine protease EspP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli O157 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Wu R / Noinaj N
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127884 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127896 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM123169 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BAM orchestrates OMP biogenesis using a beta-templating mechanism
著者: Wu R / Ryoo D / Kuo KM / Gumbart JC / Noinaj N
履歴
登録2023年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40700.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta8-12) complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.8756262 - 1.669016
平均 (標準偏差)0.0051739067 (±0.057480957)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_40700_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_40700_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BAM/EspP(beta1-12)

全体名称: BAM/EspP(beta1-12)
要素
  • 複合体: BAM/EspP(beta1-12)
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Autotransporter protein EspP translocator

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超分子 #1: BAM/EspP(beta1-12)

超分子名称: BAM/EspP(beta1-12) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 88.100305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: VVKDIHFEGL QRVAVGAALL SMPVRTGDTV NDEDISNTIR ALFATGNFED VRVLRDGDTL LVQVKERPTI ASITFSGNKS VKDDMLKQN LEASGVRVGE SLDRTTIADI EKGLEDFYYS VGKYSASVKA VVTPLPRNRV DLKLVFQEGV SAEIQQINIV G NHAFTTDE ...文字列:
VVKDIHFEGL QRVAVGAALL SMPVRTGDTV NDEDISNTIR ALFATGNFED VRVLRDGDTL LVQVKERPTI ASITFSGNKS VKDDMLKQN LEASGVRVGE SLDRTTIADI EKGLEDFYYS VGKYSASVKA VVTPLPRNRV DLKLVFQEGV SAEIQQINIV G NHAFTTDE LISHFQLRDE VPWWNVVGDR KYQKQKLAGD LETLRSYYLD RGYARFNIDS TQVSLTPDKK GIYVTVNITE GD QYKLSGV EVSGNLAGHS AEIEQLTKIE PGELYNGTKV TKMEDDIKKL LGRYGYAYPR VQSMPEINDA DKTVKLRVNV DAG NRFYVR KIRFEGNDTS KDAVLRREMR QMEGAWLGSD LVDQGKERLN RLGFFETVDT DTQRVPGSPD QVDVVYKVKE RNTG SFNFG IGYGTESGVS FQAGVQQDNW LGTGYAVGIN GTKNDYQTYA ELSVTNPYFT VDGVSLGGRL FYNDFQADDA DLSDY TNKS YGTDVTLGFP INEYNSLRAG LGYVHNSLSN MQPQVAMWRY LYSMGEHPST SDQDNSFKTD DFTFNYGWTY NKLDRG YFP TDGSRVNLTG KVTIPGSDNE YYKVTLDTAT YVPIDDDHKW VVLGRTRWGY GDGLGGKEMP FYENFYAGGS STVRGFQ SN TIGPKAVYFP HQASNYDPDY DYECATQDGA KDLCKSDDAV GGNAMAVASL EFITPTPFIS DKYANSVRTS FFWDMGTV W DTNWDSSQYS GYPDYSDPSN IRMSAGIALQ WMSPLGPLVF SYAQPFKKYD GDKAEQFQFN CGKTW

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamA

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分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 39.77923 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDGK EIWSVSLAEK DGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD GLVLIHTSNG QLQALNEADG A VKWTVNLD ...文字列:
SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDGK EIWSVSLAEK DGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD GLVLIHTSNG QLQALNEADG A VKWTVNLD MPSLSLRGES APTTAFGAAV VGGDNGRVSA VLMEQGQMIW QQRISQATGS TEIDRLSDVD TTPVVVNGVV FA LAYNGNL TALDLRSGQI MWKRELGSVN DFIVDGNRIY LVDQNDRVMA LTIDGGVTLW TQSDLLHRLL TSPVLYNGNL VVG DSEGYL HWINVEDGRF VAQQKVDSSG FQTEPVAADG KLLIQAKDGT VYSITR

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamB

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分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 34.298109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SSDSRYKRQV SGDEAYLEAA PLAELHAPAG MILPVTSGDY AIPVTNGSGA VGKALDIRPP AQPLALVSGA RTQFTGDTAS LLVENGRGN TLWPQVVSVL QAKNYTITQR DDAGQTLTTD WVQWNRLDED EQYRGRYQIS VKPQGYQQAV TVKLLNLEQA G KPVADAAS ...文字列:
SSDSRYKRQV SGDEAYLEAA PLAELHAPAG MILPVTSGDY AIPVTNGSGA VGKALDIRPP AQPLALVSGA RTQFTGDTAS LLVENGRGN TLWPQVVSVL QAKNYTITQR DDAGQTLTTD WVQWNRLDED EQYRGRYQIS VKPQGYQQAV TVKLLNLEQA G KPVADAAS MQRYSTEMMN VISAGLDKSA TDAANAAQNR ASTTMDVQSA ADDTGLPMLV VRGPFNVVWQ RLPAALEKVG MK VTDSTRS QGNMAVTYKP LSDSDWQELG ASDPGLASGD YKLQVGDLDN RSSLQFIDPK GHTLTQSQND ALVAVFQAAF SK

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamC

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分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.713676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQA AIDRFIRLNP THPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY TTDATKRLVF LKDRLAKYEY S VAEYYTER ...文字列:
SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQA AIDRFIRLNP THPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY TTDATKRLVF LKDRLAKYEY S VAEYYTER GAWVAVVNRV EGMLRDYPDT QATRDALPLM ENAYRQMQMN AQAEKVAKII AANSSNT

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamD

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分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.28841 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
STLERVVYRP DINQGNYLTA NDVSKIRVGM TQQQVAYALG TPLMSDPFGT NTWFYVFRQQ PGHEGVTQQT LTLTFNSSGV LTNIDNKPA LSGN

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamE

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分子 #6: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Autotransporter ...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Autotransporter protein EspP translocator
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157 (大腸菌)
分子量理論値: 60.668305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGAKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD KELKAKGKSA LMFNLQEPYF T WPLIAADG ...文字列:
MGAKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD KELKAKGKSA LMFNLQEPYF T WPLIAADG GYAFKYENGK YDIKDVGVDN AGAKAGLTFL VDLIKNKHMN ADTDYSIAEA AFNKGETAMT INGPWAWSNI DT SKVNYGV TVLPTFKGQP SKPFVGVLSA GINAASPNKE LAKEFLENYL LTDEGLEAVN KDKPLGAVAL KSYEEELVKD PRI AATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQTGSIELVS APKDTNENVF KASKQTIGFS DVTP VITTR ETDDKITWSL TGYNTVANKE ATRNAAALFS VDYKAFLNEV KDKDYNPLIG RTGCDVGKSF SGKDWKVTAR AGLGY QFDL LANGETVLRD ASGEKRIKGE KDSRMLMSVG LNAEIRDNVR FGLEFEKSAF GKYNVDNAVN ANFRYSF

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Serine protease EspP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.47 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 92335
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る