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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40679 | |||||||||
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タイトル | Incomplete map of Maribacter polysiphoniae Argonaute (MapSPARTA) bound with guide RNA and target DNA duplex. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | gRNA mediated DNA binding / Microbiology / Argonaute / microbic immune system / DNA-RNA HYBRID | |||||||||
生物種 | Maribacter polysiphoniae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen ZF / Yang XY / Fu TM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Oligomerization-mediated activation of a short prokaryotic Argonaute. 著者: Zhangfei Shen / Xiao-Yuan Yang / Shiyu Xia / Wei Huang / Derek J Taylor / Kotaro Nakanishi / Tian-Min Fu / 要旨: Although eukaryotic and long prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) cleave nucleic acids, some short pAgos lack nuclease activity and hydrolyse NAD(P) to induce bacterial cell death. Here we present ...Although eukaryotic and long prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) cleave nucleic acids, some short pAgos lack nuclease activity and hydrolyse NAD(P) to induce bacterial cell death. Here we present a hierarchical activation pathway for SPARTA, a short pAgo consisting of an Argonaute (Ago) protein and TIR-APAZ, an associated protein. SPARTA progresses through distinct oligomeric forms, including a monomeric apo state, a monomeric RNA-DNA-bound state, two dimeric RNA-DNA-bound states and a tetrameric RNA-DNA-bound active state. These snapshots together identify oligomerization as a mechanistic principle of SPARTA activation. The RNA-DNA-binding channel of apo inactive SPARTA is occupied by an auto-inhibitory motif in TIR-APAZ. After the binding of RNA-DNA, SPARTA transitions from a monomer to a symmetric dimer and then an asymmetric dimer, in which two TIR domains interact through charge and shape complementarity. Next, two dimers assemble into a tetramer with a central TIR cluster responsible for hydrolysing NAD(P). In addition, we observe unique features of interactions between SPARTA and RNA-DNA, including competition between the DNA 3' end and the auto-inhibitory motif, interactions between the RNA G2 nucleotide and Ago, and splaying of the RNA-DNA duplex by two loops exclusive to short pAgos. Together, our findings provide a mechanistic basis for the activation of short pAgos, a large section of the Ago superfamily. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40679.map.gz | 55 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40679-v30.xml emd-40679.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40679_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40679.png | 55.2 KB | ||
その他 | emd_40679_half_map_1.map.gz emd_40679_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40679 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40679 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40679_validation.pdf.gz | 618.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40679_full_validation.pdf.gz | 618.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40679_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40679_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40679 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40679 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40679.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40679_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40679_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of MapSPARTA binding with gRNA tDNA duplex
全体 | 名称: Complex of MapSPARTA binding with gRNA tDNA duplex |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of MapSPARTA binding with gRNA tDNA duplex
超分子 | 名称: Complex of MapSPARTA binding with gRNA tDNA duplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
-分子 #1: Map Argonaute
分子 | 名称: Map Argonaute / タイプ: other / ID: 1 / 詳細: UGACGGCUCUAAUCUAUUAGU CAACTAATAGATTAGAGCCGTCAAT / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
配列 | 文字列: RNKIFISHAT PDDNDFTRWL ALKLIGLGYE VWCDILFLDK GVDFWSNIEK VIREDTCKFL LVSSSYSNQR EGVLKELAV AAKVKKQLKD DKFIIPLAID EQLSYDDINI DIVRLNAIDF KMSWARGLKD ILEAFEKQKV PKEVADASKS NLLYQQIFLH DKSVIEKEE ...文字列: RNKIFISHAT PDDNDFTRWL ALKLIGLGYE VWCDILFLDK GVDFWSNIEK VIREDTCKFL LVSSSYSNQR EGVLKELAV AAKVKKQLKD DKFIIPLAID EQLSYDDINI DIVRLNAIDF KMSWARGLKD ILEAFEKQKV PKEVADASKS NLLYQQIFLH DKSVIEKEE IYDSNWLSIL SFPEELRFHE YNWMLPKRFD VRELTFPAVR YKNYLCTFAW AYDFTYHLPK TETYHKSKTI R IPTEEILS GSYDSNFIRN AECKRLIVQL LNKAFELRMK DKEVQEYEMS NKTAYWLEKG KLEKDKFEKT MLVGKQKDKN WH FAISGAS KLYPFPVLMI SSHIFFTADG KKLIDSSSVQ HSSRRRQGKN WWNNTWRTKL LAFIKYLSDD DTSFYLEMGS EEK VFVSNE PVKFKGNVSY NIPEKNTLEE EAELSGFNQG EDIEELEELI ENLEAE MKE LIYIEEPKIL FAHGQKCTDA RDGLALFGPL NNLYGIKSGV IGTKQGLKIF RDYLDHIQKP IYNSNSITRP MFPGFEA VF DCKWESTGIT FKEVTNEDIG KFLYNSSTHK RTYDLVSLFI DKIISANKNE DENVDVWFVI VPDEIYKYCR PNSVLPKE M VQTKALMSKS KAKSFRYEPS LFPDINIELK EQEKEAETYN YDAQFHDQFK ARLLKHTIPT QIFRESTLAW RDFKNAFGL PIRDFSKIEG HLAWTISTAA FYKAGGKPWK LSDVRNGVCY LGLVYKKVEK SKNPRNACCA AQMFLDNGDG TVFKGEVGPW YNPKNGQYH LEPKEAKALL SQSLQSYKEQ IGEYPKEVFI HAKTRFNHQE WDAFLEVTPK ETNLVGVTIS KTKPLKLYKT E GDYTILRG NAYVVNERSA FLWTVGYVPK IQTALSMEVP NPLFIEINKG EADIKQVLKD ILSLTKLNYN ACIFADGEPV TL RFADKIG EILTASTDIK TPPLAFKYYI |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |