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万見
- EMDB-40675: Cryogenic electron microscopy map of human plakophilin-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40675
タイトルCryogenic electron microscopy map of human plakophilin-3
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: plakophilin-3
    • タンパク質・ペプチド: plakophilin-3
キーワードactin cytoskeleton / armadillo / desmosomes / phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate / plasma membrane / plakophilin / CELL ADHESION
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.03 Å
データ登録者Gupta J / Izard T / Rangarajan ES
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Plakophilin-3 Binds the Membrane and Filamentous Actin without Bundling F-Actin.
著者: Jyoti Gupta / Erumbi S Rangarajan / Regina B Troyanovsky / Indrajyoti Indra / Sergey M Troyanovsky / Tina Izard /
要旨: Plakophilin-3 is a ubiquitously expressed protein found widely in epithelial cells and is a critical component of desmosomes. The plakophilin-3 carboxy-terminal domain harbors nine armadillo repeat ...Plakophilin-3 is a ubiquitously expressed protein found widely in epithelial cells and is a critical component of desmosomes. The plakophilin-3 carboxy-terminal domain harbors nine armadillo repeat motifs with largely unknown functions. Here, we report the 5 Å cryogenic electron microscopy (cryoEM) structure of the armadillo repeat motif domain of plakophilin-3, one of the smaller cryoEM structures reported to date. We find that this domain is a monomer or homodimer in solution. In addition, using an in vitro actin co-sedimentation assay, we show that the armadillo repeat domain of plakophilin-3 directly interacts with F-actin. This feature, through direct interactions with actin filaments, could be responsible for the observed association of extra-desmosomal plakophilin-3 with the actin cytoskeleton directly attached to the adherens junctions in A431 epithelial cells. Further, we demonstrate, through lipid binding analyses, that plakophilin-3 can effectively be recruited to the plasma membrane through phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate-mediated interactions. Collectively, we report on novel properties of plakophilin-3, which may be conserved throughout the plakophilin protein family and may be behind the roles of these proteins in cell-cell adhesion.
履歴
登録2023年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年6月21日-
現状2023年6月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40675.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40675.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 184.32 Å		1.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 184.32 Å		1.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 184.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.202
最小 - 最大-0.98487544 - 1.696459
平均 (標準偏差)0.0006192126 (±0.04583657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 184.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40675_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40675_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : plakophilin-3

全体名称: plakophilin-3
要素
  • 細胞器官・細胞要素: plakophilin-3
    • タンパク質・ペプチド: plakophilin-3

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超分子 #1: plakophilin-3

超分子名称: plakophilin-3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.2 KDa

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分子 #1: plakophilin-3

分子名称: plakophilin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHHHSS GLEVLFQGPG SHRTLQ RLS SGFDDID LP SAVKYLMA S DPNLQVLGA AYIQHKCYSD AAAKKQARS L QAVPRLVK LF NHANQEV QRH ATGAMR NLIY DNADN KLALV EENG IFELLR TLR EQDDELR KN VTGILWNL S SSDHLKDRL ...文字列:
HHHHHHHHSS GLEVLFQGPG SHRTLQ RLS SGFDDID LP SAVKYLMA S DPNLQVLGA AYIQHKCYSD AAAKKQARS L QAVPRLVK LF NHANQEV QRH ATGAMR NLIY DNADN KLALV EENG IFELLR TLR EQDDELR KN VTGILWNL S SSDHLKDRL ARDTLEQLTD LVLSPLSGA G GPPLIQQN AS EAEIFYN ATG FLRNLS SASQ ATRQK MRECH GLVD ALVTSI NHA LDAGKCE DK SVENAVCV L RNLSYRLYD EMPPSALQRL EGRGRRDLA G APPGEVVG CF TPQSRRL REL PLAADA LTFA EVSKD PKGLE WLWS PQIVGL YNR LLQRCEL NR HTTEAAAG A LQNITAGDR RWAGVLSRLA LEQERILNP L LDRVRTAD HH QLRSLTG LIR NLSRNA RNKD EMSTK VVSHL IEKL PGSVGE KSP PAEVLVN II AVLNNLVV A SPIAARDLL YFDGLRKLIF IKKKRDSPD S EKSSRAAS SL LANLWQY NKL HRDFRA KGYR KEDFL GP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 294650
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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