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万見
- EMDB-40666: Class2 80S with PP tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40666
タイトルClass2 80S with PP tRNA
マップデータConsensus map
試料
  • 複合体: Class2_80S_with_PP_tRNA
キーワードStalled polysomes / puromycin / neuronal RNA granule / Cryo-EM / ribosome
生物種Rattus (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Anadolu M / Sun J / Tian-Yi-Li J / Graber T / Ortega J / Sossin WS
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
CIFAR Azrieli Global Scholars カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Puromycin reveals a distinct conformation of neuronal ribosomes.
著者: Mina N Anadolu / Jingyu Sun / Jewel T-Y Li / Tyson E Graber / Joaquin Ortega / Wayne S Sossin /
要旨: Puromycin is covalently added to the nascent chain of proteins by the peptidyl transferase activity of the ribosome and the dissociation of the puromycylated peptide typically follows this event. It ...Puromycin is covalently added to the nascent chain of proteins by the peptidyl transferase activity of the ribosome and the dissociation of the puromycylated peptide typically follows this event. It was postulated that blocking the translocation of the ribosome with emetine could retain the puromycylated peptide on the ribosome, but evidence against this has recently been published [Hobson , , e60048 (2020); and Enam , , e60303 (2020)]. In neurons, puromycylated nascent chains remain in the ribosome even in the absence of emetine, yet direct evidence for this has been lacking. Using biochemistry and cryoelectron microscopy, we show that the puromycylated peptides remain in the ribosome exit channel in the large subunit in a subset of neuronal ribosomes stalled in the hybrid state. These results validate previous experiments to localize stalled polysomes in neurons and provide insight into how neuronal ribosomes are stalled. Moreover, in these hybrid-state neuronal ribosomes, anisomycin, which usually blocks puromycylation, competes poorly with puromycin in the puromycylation reaction, allowing a simple assay to determine the proportion of nascent chains that are stalled in this state. In early hippocampal neuronal cultures, over 50% of all nascent peptides are found in these stalled polysomes. These results provide insights into the stalling mechanisms of neuronal ribosomes and suggest that puromycylated peptides can be used to reveal subcellular sites of hybrid-state stalled ribosomes in neurons.
履歴
登録2023年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 240.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 398 pix.
= 433.82 Å		1.09 Å/pix.
x 398 pix.
= 433.82 Å		1.09 Å/pix.
x 398 pix.
= 433.82 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0088
最小 - 最大-0.021232668 - 0.04665467
平均 (標準偏差)-0.0007413072 (±0.0030845401)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ398398398
Spacing398398398
セルA=B=C: 433.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Multibody refinement 40S part

ファイルemd_40666_additional_1.map
注釈Multibody refinement 40S part
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Multibody refinement 60S part

ファイルemd_40666_additional_2.map
注釈Multibody refinement 60S part
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Consensus map half map 1

ファイルemd_40666_half_map_1.map
注釈Consensus map half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Consensus map half map 2

ファイルemd_40666_half_map_2.map
注釈Consensus map half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Class2_80S_with_PP_tRNA

全体名称: Class2_80S_with_PP_tRNA
要素
  • 複合体: Class2_80S_with_PP_tRNA

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超分子 #1: Class2_80S_with_PP_tRNA

超分子名称: Class2_80S_with_PP_tRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99879
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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