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- EMDB-40638: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40638
タイトルcytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state)
マップデータcytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state, unsharpened map)
試料
  • 複合体: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex
キーワードElectron transport chain / Supercomplex / Pseudomonas aeruginosa / MEMBRANE PROTEIN
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Di Trani JM / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT451412 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure of the - respiratory supercomplex from .
著者: Justin M Di Trani / Andreea A Gheorghita / Madison Turner / Peter Brzezinski / Pia Ädelroth / Siavash Vahidi / P Lynne Howell / John L Rubinstein /
要旨: Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that ...Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that enables ATP synthesis and membrane transport. These protein complexes can also form higher order assemblies known as respiratory supercomplexes (SCs). The electron transport chain of the opportunistic pathogen is closely linked with its ability to invade host tissue, tolerate harsh conditions, and resist antibiotics but is poorly characterized. Here, we determine the structure of a SC that forms between the quinol:cytochrome oxidoreductase (cytochrome ) and one of the organism's terminal oxidases, cytochrome , which is found only in some bacteria. Remarkably, the SC structure also includes two intermediate electron carriers: a diheme cytochrome and a single heme cytochrome . Together, these proteins allow electron transfer from ubiquinol in cytochrome to oxygen in cytochrome . We also present evidence that different isoforms of cytochrome can participate in formation of this SC without changing the overall SC architecture. Incorporating these different subunit isoforms into the SC would allow the bacterium to adapt to different environmental conditions. Bioinformatic analysis focusing on structural motifs in the SC suggests that cytochrome - SCs also exist in other bacterial pathogens.
履歴
登録2023年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40638.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 139.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state, unsharpened map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 332 pix.
= 341.96 Å		1.03 Å/pix.
x 332 pix.
= 341.96 Å		1.03 Å/pix.
x 332 pix.
= 341.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-1.25029 - 3.9534543
平均 (標準偏差)-0.0006369533 (±0.07472861)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ332332332
Spacing332332332
セルA=B=C: 341.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

ファイルemd_40638_half_map_1.map
注釈cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state, half map A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

ファイルemd_40638_half_map_2.map
注釈cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state, half map B)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cytochrome bc1-cbb3 supercomplex

全体名称: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex
要素
  • 複合体: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex

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超分子 #1: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex

超分子名称: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 374 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393858
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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