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- EMDB-4061: CryoEM map of E. coli BAM complex (BamABCDE) in DDM micelle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4061
タイトルCryoEM map of E. coli BAM complex (BamABCDE) in DDM micelle
マップデータE. coli BamABCDE
試料
  • 複合体: BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: BamA
    • タンパク質・ペプチド: BamB
    • タンパク質・ペプチド: BamC
    • タンパク質・ペプチド: BamD
    • タンパク質・ペプチド: BamE
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family ...Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / Omp85 superfamily domain / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Iadanza MG / Ranson NA / Radford SE / Higgins AJ / Schriffin B / Calabrase AN / Ashcroft AE / Brockwell DJ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Lateral opening in the intact β-barrel assembly machinery captured by cryo-EM.
著者: Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Bob Schiffrin / Antonio N Calabrese / David J Brockwell / Alison E Ashcroft / Sheena E Radford / Neil A Ranson /
要旨: The β-barrel assembly machinery (BAM) is a ∼203 kDa complex of five proteins (BamA-E), which is essential for viability in E. coli. BAM promotes the folding and insertion of β-barrel proteins ...The β-barrel assembly machinery (BAM) is a ∼203 kDa complex of five proteins (BamA-E), which is essential for viability in E. coli. BAM promotes the folding and insertion of β-barrel proteins into the outer membrane via a poorly understood mechanism. Several current models suggest that BAM functions through a 'lateral gating' motion of the β-barrel of BamA. Here we present a cryo-EM structure of the BamABCDE complex, at 4.9 Å resolution. The structure is in a laterally open conformation showing that gating is independent of BamB binding. We describe conformational changes throughout the complex and interactions between BamA, B, D and E, and the detergent micelle that suggest communication between BAM and the lipid bilayer. Finally, using an enhanced reconstitution protocol and functional assays, we show that for the outer membrane protein OmpT, efficient folding in vitro requires lateral gating in BAM.
履歴
登録2016年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月5日-
マップ公開2016年10月5日-
更新2017年1月18日-
現状2017年1月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ljo
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4061.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4061.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli BamABCDE
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.28031087 - 1.3748333
平均 (標準偏差)0.007866905 (±0.057567354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2801.3750.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BAM complex

全体名称: BAM complex
要素
  • 複合体: BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: BamA
    • タンパク質・ペプチド: BamB
    • タンパク質・ペプチド: BamC
    • タンパク質・ペプチド: BamD
    • タンパク質・ペプチド: BamE

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超分子 #1: BAM complex

超分子名称: BAM complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pJH114
分子量実験値: 200 KDa

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分子 #1: BamA

分子名称: BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMKKLLIAS LLFSSATVYG AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFAT GNFEDVRVLR DGDTLLVQVK ERPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV R VGESLDRT TIADIEKGLE DFYYSVGKYS ASVKAVVTPL PRNRVDLKLV ...文字列:
MAMKKLLIAS LLFSSATVYG AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFAT GNFEDVRVLR DGDTLLVQVK ERPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV R VGESLDRT TIADIEKGLE DFYYSVGKYS ASVKAVVTPL PRNRVDLKLV FQEGVSAEIQ QI NIVGNHA FTTDELISHF QLRDEVPWWN VVGDRKYQKQ KLAGDLETLR SYYLDRGYAR FNI DSTQVS LTPDKKGIYV TVNITEGDQY KLSGVEVSGN LAGHSAEIEQ LTKIEPGELY NGTK VTKME DDIKKLLGRY GYAYPRVQSM PEINDADKTV KLRVNVDAGN RFYVRKIRFE GNDTS KDAV LRREMRQMEG AWLGSDLVDQ GKERLNRLGF FETVDTDTQR VPGSPDQVDV VYKVKE RNT GSFNFGIGYG TESGVSFQAG VQQDNWLGTG YAVGINGTKN DYQTYAELSV TNPYFTV DG VSLGGRLFYN DFQADDADLS DYTNKSYGTD VTLGFPINEY NSLRAGLGYV HNSLSNMQ P QVAMWRYLYS MGEHPSTSDQ DNSFKTDDFT FNYGWTYNKL DRGYFPTDGS RVNLTGKVT IPGSDNEYYK VTLDTATYVP IDDDHKWVVL GRTRWGYGDG LGGKEMPFYE NFYAGGSSTV RGFQSNTIG PKAVYFPHQA SNYDPDYDYE CATQDGAKDL CKSDDAVGGN AMAVASLEFI T PTPFISDK YANSVRTSFF WDMGTVWDTN WDSSQYSGYP DYSDPSNIRM SAGIALQWMS PL GPLVFSY AQPFKKYDGD KAEQFQFNIG KTW

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分子 #2: BamB

分子名称: BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALAD NVVYAADRAG LVKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEPA LLSGGVTVSG G HVYIGSEK AQVYALNTSD GTVAWQTKVA GEALSRPVVS DGLVLIHTSN ...文字列:
MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALAD NVVYAADRAG LVKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEPA LLSGGVTVSG G HVYIGSEK AQVYALNTSD GTVAWQTKVA GEALSRPVVS DGLVLIHTSN GQLQALNEAD GA VKWTVNL DMPSLSLRGE SAPTTAFGAA VVGGDNGRVS AVLMEQGQMI WQQRISQATG STE IDRLSD VDTTPVVVNG VVFALAYNGN LTALDLRSGQ IMWKRELGSV NDFIVDGNRI YLVD QNDRV MALTIDGGVT LWTQSDLLHR LLTSPVLYNG NLVVGDSEGY LHWINVEDGR FVAQQ KVDS SGFQTEPVAA DGKLLIQAKD GTVYSITR

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分子 #3: BamC

分子名称: BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPV TNGSGAVGKA LDIRPPAQPL ALVSGARTQF TGDTASLLVE NGRGNTLWPQ V VSVLQAKN YTITQRDDAG QTLTTDWVQW NRLDEDEQYR GRYQISVKPQ ...文字列:
MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPV TNGSGAVGKA LDIRPPAQPL ALVSGARTQF TGDTASLLVE NGRGNTLWPQ V VSVLQAKN YTITQRDDAG QTLTTDWVQW NRLDEDEQYR GRYQISVKPQ GYQQAVTVKL LN LEQAGKP VADAASMQRY STEMMNVISA GLDKSATDAA NAAQNRASTT MDVQSAADDT GLP MLVVRG PFNVVWQRLP AALEKVGMKV TDSTRSQGNM AVTYKPLSDS DWQELGASDP GLAS GDYKL QVGDLDNRSS LQFIDPKGHT LTQSQNDALV AVFQAAFSK

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分子 #4: BamD

分子名称: BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQ QVQLDLIYAY YKNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYVM YMRGLTNMAL D DSALQGFF GVDRSDRDPQ HARAAFSDFS KLVRGYPNSQ YTTDATKRLV ...文字列:
MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQ QVQLDLIYAY YKNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYVM YMRGLTNMAL D DSALQGFF GVDRSDRDPQ HARAAFSDFS KLVRGYPNSQ YTTDATKRLV FLKDRLAKYE YS VAEYYTE RGAWVAVVNR VEGMLRDYPD TQATRDALPL MENAYRQMQM NAQAEKVAKI IAA NSSNT

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分子 #5: BamE

分子名称: BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MRCKTLTAAA AVLLMLTAGC STLERVVYRP DINQGNYLTA NDVSKIRVGM TQQQVAYALG TPLMSDPFG TNTWFYVFRQ QPGHEGVTQQ TLTLTFNSSG VLTNIDNKPA LSGN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mM(HOCH2)3CNH2TRIS
0.05 % (w/v)C24H46O11Dodecyl maltopyranoside
150.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: Pelco EasyGlo
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Double Blotted: 3ul sample applied, hand blotted then additional 3ul sample applied and blotted and plunge frozen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7204 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: Collected in movie mode at 2 FPS Final data used frames 4-14 for total dose of 20 electrons per square Angstrom
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 48076 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 48076
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 472857
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 4)Run from the RELION wrapper
RELION (ver. 1.4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4d0q


詳細: Filtered to 90 Angstrom resolution
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 95878
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5ljo:
E. coli BAM complex (BamABCDE) by cryoEM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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