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- EMDB-40601: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40601
タイトルcytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa
マップデータcytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (composite structure)
試料
  • 複合体: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 7種
キーワードElectron transport chain (電子伝達系) / Supercomplex / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


シトクロムcオキシダーゼ / plasma membrane respiratory chain complex IV / respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 酸化的リン酸化 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / electron transport coupled proton transport ...シトクロムcオキシダーゼ / plasma membrane respiratory chain complex IV / respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 酸化的リン酸化 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / electron transport coupled proton transport / proton transmembrane transport / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / ペリプラズム / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c4-like / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Cytochrome c, class IE / Cytochrome c, class IC ...Cytochrome c4-like / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Cytochrome c, class IE / Cytochrome c, class IC / Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / シトクロムb / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / シトクロムc / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome b/c1 / C-type cytochrome / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II / シトクロムcオキシダーゼ / シトクロムb / Cytochrome C5
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Di Trani JM / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT451412 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure of the - respiratory supercomplex from .
著者: Justin M Di Trani / Andreea A Gheorghita / Madison Turner / Peter Brzezinski / Pia Ädelroth / Siavash Vahidi / P Lynne Howell / John L Rubinstein /
要旨: Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that ...Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that enables ATP synthesis and membrane transport. These protein complexes can also form higher order assemblies known as respiratory supercomplexes (SCs). The electron transport chain of the opportunistic pathogen is closely linked with its ability to invade host tissue, tolerate harsh conditions, and resist antibiotics but is poorly characterized. Here, we determine the structure of a SC that forms between the quinol:cytochrome oxidoreductase (cytochrome ) and one of the organism's terminal oxidases, cytochrome , which is found only in some bacteria. Remarkably, the SC structure also includes two intermediate electron carriers: a diheme cytochrome and a single heme cytochrome . Together, these proteins allow electron transfer from ubiquinol in cytochrome to oxygen in cytochrome . We also present evidence that different isoforms of cytochrome can participate in formation of this SC without changing the overall SC architecture. Incorporating these different subunit isoforms into the SC would allow the bacterium to adapt to different environmental conditions. Bioinformatic analysis focusing on structural motifs in the SC suggests that cytochrome - SCs also exist in other bacterial pathogens.
履歴
登録2023年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 139.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (composite structure)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.24
最小 - 最大-7.410755 - 15.241743
平均 (標準偏差)0.001615821 (±0.18247828)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ332332332
Spacing332332332
セルA=B=C: 341.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

ファイルemd_40601_additional_1.map
注釈cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined cytochrome cbb3 with CcoP1 isoform, unsharpened)
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追加マップ: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

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注釈cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined cytochrome cbb3)
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

ファイルemd_40601_additional_3.map
注釈cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in b state)
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

ファイルemd_40601_additional_4.map
注釈cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state, unsharpened map)
投影像・断面図
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追加マップ: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

ファイルemd_40601_additional_5.map
注釈cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state, locally filtered map)
投影像・断面図
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追加マップ: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa

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注釈cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa
投影像・断面図
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追加マップ: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined...

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注釈cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined cytochrome cbb3 with CcoP1 isoform, locally sharpened)
投影像・断面図
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追加マップ: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa

ファイルemd_40601_additional_8.map
注釈cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa
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ハーフマップ: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Half map...

ファイルemd_40601_half_map_1.map
注釈cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Half map B)
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ハーフマップ: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Half map...

ファイルemd_40601_half_map_2.map
注釈cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Half map B)
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試料の構成要素

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全体 : cytochrome bc1-cbb3 supercomplex

全体名称: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex
要素
  • 複合体: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bシトクロムb
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome C5
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome-c oxidaseシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cbb3-type Cytochrome C oxidase subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: UBIQUINONE-10ユビキノン
  • リガンド: (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex

超分子名称: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 374 kDa/nm

+
分子 #1: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 20.561396 KDa
配列文字列: NDGVNAGRRR FLVAATSVVG AAGAVGAAVP FVGSWFPSAK AKAAGAPVQV NVGKIDPGQQ IIAEWRGKPV FIVHRTKEML DALPSLEGQ LADPDSKASE QPEYVDPKLR SIKPELAVIV GICTHLGCSP TFRPEVAPAD LGPDWKGGYF CPCHGSHYDL A GRVYKGQP ...文字列:
NDGVNAGRRR FLVAATSVVG AAGAVGAAVP FVGSWFPSAK AKAAGAPVQV NVGKIDPGQQ IIAEWRGKPV FIVHRTKEML DALPSLEGQ LADPDSKASE QPEYVDPKLR SIKPELAVIV GICTHLGCSP TFRPEVAPAD LGPDWKGGYF CPCHGSHYDL A GRVYKGQP APLNLPIPPY TFDADDVITI GVDQEK

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

+
分子 #2: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 46.111289 KDa
配列文字列: MNKFMAWVDA RFPATKMWED HLSKYYAPKN FNFWYFFGSL ALLVLVNQIL TGIWLTMSFT PSAEEAFASV EYIMRDVDYG WIIRYMHST GASAFFIVVY LHMFRGLLYG SYQKPRELVW IFGMLIYLAL MAEAFMGYLL PWGQMSYWGA QVIISLFGAI P VVGEDLAQ ...文字列:
MNKFMAWVDA RFPATKMWED HLSKYYAPKN FNFWYFFGSL ALLVLVNQIL TGIWLTMSFT PSAEEAFASV EYIMRDVDYG WIIRYMHST GASAFFIVVY LHMFRGLLYG SYQKPRELVW IFGMLIYLAL MAEAFMGYLL PWGQMSYWGA QVIISLFGAI P VVGEDLAQ WIRGDFLISG ITLNRFFALH VIALPIVLLG LVVLHILALH EVGSNNPDGV DIKKKKDENG VPLDGIAFHP YY TVKDIVG VVVFLFIFCT VIFFFPEMGG YFLEKPNFEM ANQFKTPEHI APVWYFTPFY AILRAVPDKL MGVVAMGAAI AVL FVLPWL DRSPVRSIRY KGWLSKLWLV IFAVSFVILG YYGAQAPSPL GTTLSRVCTV LYFAFFILMP FYTRMEKTKP VPER VTG

UniProtKB: シトクロムb

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分子 #3: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 26.280209 KDa
配列文字列: PQLDHVDIDL TDKAAMQDGA RTFANYCMGC HSAKFQRYER VATDLGIPAD LMMEKLVFTG AKIGDHMDIG MKPADAKTWF GAAPPDLTL VARVRGTDWL YSYLRSFYED PKRPWGVNNV IFPNVGMPNV LAPLQGRQVI GCKQVQVVED GKKQFDPLTG T PLTHEACD ...文字列:
PQLDHVDIDL TDKAAMQDGA RTFANYCMGC HSAKFQRYER VATDLGIPAD LMMEKLVFTG AKIGDHMDIG MKPADAKTWF GAAPPDLTL VARVRGTDWL YSYLRSFYED PKRPWGVNNV IFPNVGMPNV LAPLQGRQVI GCKQVQVVED GKKQFDPLTG T PLTHEACD QLTVVPKTGE LNEAQFDEKV KNLVTFLAYS ANPNKLASER IGTYVLLYLA FFFVFAYLLK REYWK

UniProtKB: Cytochrome b/c1

+
分子 #4: Cytochrome c4

分子名称: Cytochrome c4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 18.6961 KDa
配列文字列:
AGDAAAGQAK AAVCGACHGA DGNSPAPNFP KLAGQGERYL LKQMHDIKDG KRTVLEMTGL LTNLSDQDLA DIAAYFASQK MSVGMADPN LVAQGEALFR GGKIAEGMPA CTGCHSPSGV GIATAGFPHL GGQHATYVAK QLTDFREGTR TNDGDTKIMQ S IAAKLSNK DIAAISSYIQ GLH

UniProtKB: C-type cytochrome

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分子 #5: Cytochrome C5

分子名称: Cytochrome C5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 13.475439 KDa
配列文字列:
MLAAQAAVLA LWAVSAQATT TDDAIAKRLE PVGKVCVQGK ECEGVGAVAA AAGGGGARSG EDIVGKTCNT CHGTGLLGAP KVGDKAEWG KRAKEQGGLD GLLAKAISGI NAMPPKGTCA DCSDDELKAA IKHMSGL

UniProtKB: Cytochrome C5

+
分子 #6: cytochrome-c oxidase

分子名称: cytochrome-c oxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 52.586527 KDa
配列文字列: PAYNYKVVRQ FAIMTVVWGV IGMGLGVLIA SQLVWPQMNF DLPWTSFGRL RPLHTNLVIF AFGGCALFAT SYYTVQRTCQ VRLFSDTLA AFTFWGWQAV AVILLVSLPL GNTTTKEYAE IEFTGAIWLA IVWVAYAVVF FGTLIKRKVK HIYVGNWFFG S FILTTAML ...文字列:
PAYNYKVVRQ FAIMTVVWGV IGMGLGVLIA SQLVWPQMNF DLPWTSFGRL RPLHTNLVIF AFGGCALFAT SYYTVQRTCQ VRLFSDTLA AFTFWGWQAV AVILLVSLPL GNTTTKEYAE IEFTGAIWLA IVWVAYAVVF FGTLIKRKVK HIYVGNWFFG S FILTTAML HIVNHMSLPV SWFKSYSMYS GATDAMVQWW YGHNAVGFFL TTGFLGMMYY FVPKQAGRPV YSYRLSIVHF WA LITLYIW AGPHHLHYTA LPDWAQSLGM VMSLILLAPS WGGMINGMMT LSGAWHKLRD DPILRFLVVS LAFYGMSTFE GPM MAIKTV NALSHYTDWT IGHVHAGALG WVAMITIGSL YHLIPKVYGV EKMHSVGLIN AHFWLATIGT VLYIASLWVN GITQ GLMWR AVNEDGTLTY SFVESLVASH PGFIVRLVGG GFFLTGMLLM SYNTWRTVRQ ARPEGILAAA RMA

UniProtKB: シトクロムcオキシダーゼ

+
分子 #7: Cbb3-type Cytochrome C oxidase subunit II

分子名称: Cbb3-type Cytochrome C oxidase subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 22.417715 KDa
配列文字列: MKNHEILEKN VGLLAIFMVI AVSIGGLTQI VPLFFQDVTN TPVEGMKPRT ALELEGRDIY IREGCVGCHS QMVRPFRAET ERYGHYSVA GESVWDHPFL WGSKRTGPDL ARVGGRYSDD WHRAHLYNPR NVVPESKMPA YPWLVENKLD GKDTATKMEV L RKLGVPYT ...文字列:
MKNHEILEKN VGLLAIFMVI AVSIGGLTQI VPLFFQDVTN TPVEGMKPRT ALELEGRDIY IREGCVGCHS QMVRPFRAET ERYGHYSVA GESVWDHPFL WGSKRTGPDL ARVGGRYSDD WHRAHLYNPR NVVPESKMPA YPWLVENKLD GKDTATKMEV L RKLGVPYT DEDIAGAREA VKGKTEMDAL VAFLQGLGTS IK

UniProtKB: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II

+
分子 #8: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit

分子名称: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 34.078703 KDa
配列文字列: MTTFWSLYIT ALTLGTLLAL TWLIFATRKG QRSSTTDETV GHSYDGIEEY DNPLPKWWFM LFVGTLVFAV GYLALYPGLG TWKGLMPGY QSADEFADKE KGWTGVHQWE KEMAKADEKY GPIFAKFAAM PIEEVAKDPQ AVKMGGRLFA SNCSICHGSD A KGAYGFPN ...文字列:
MTTFWSLYIT ALTLGTLLAL TWLIFATRKG QRSSTTDETV GHSYDGIEEY DNPLPKWWFM LFVGTLVFAV GYLALYPGLG TWKGLMPGY QSADEFADKE KGWTGVHQWE KEMAKADEKY GPIFAKFAAM PIEEVAKDPQ AVKMGGRLFA SNCSICHGSD A KGAYGFPN LTDADWRWGG EPETIKTTIM AGRHAAMPAW GEVIGEEGVK NVAAFVLTQM DGRKLPEGAK ADIEAGKQVF AT TCVACHG PEGKGTPAMG APDLTHPGAF IYGSSFAQLQ QTIRYGRQGV MPAQQEHLGN DKVHLLAAYV YSLSH

UniProtKB: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit

+
分子 #9: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #11: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン

+
分子 #12: (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl ...

分子名称: (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: I7Y
分子量理論値: 855.06 Da
Chemical component information

ChemComp-I7Y:
(2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

+
分子 #13: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 9 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

+
分子 #14: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION / 銅

+
分子 #15: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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