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万見
- EMDB-40572: Human adenylyl Cyclase 5 in complex with Gbg -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40572
タイトルHuman adenylyl Cyclase 5 in complex with Gbg
マップデータ
試料
  • 複合体: Human adenylyl cyclase 5 in complex with Gbg
    • タンパク質・ペプチド: Adenylate cyclase type 5
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: GERAN-8-YL GERAN
キーワードAdenylyl cyclase / G-proteins / complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase activating pathway / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / adenylate cyclase / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / PKA activation / neuromuscular process controlling balance / adenylate cyclase binding ...Adenylate cyclase activating pathway / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / adenylate cyclase / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / PKA activation / neuromuscular process controlling balance / adenylate cyclase binding / PKA activation in glucagon signalling / Hedgehog 'off' state / Adenylate cyclase inhibitory pathway / cellular response to forskolin / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / locomotory behavior / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / scaffold protein binding / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / intracellular signal transduction / cilium / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylate cyclase / Adenylate cyclase, N-terminal / Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylyl cyclase N-terminal extracellular and transmembrane region / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase ...Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylate cyclase / Adenylate cyclase, N-terminal / Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylyl cyclase N-terminal extracellular and transmembrane region / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylate cyclase type 5 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Yen YC / Tesmer JJG
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
American Heart Association903842 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA254402 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA221289 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of adenylyl cyclase 5 in complex with Gβγ offers insights into ADCY5-related dyskinesia.
著者: Yu-Chen Yen / Yong Li / Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Val J Watts / Carmen W Dessauer / John J G Tesmer /
要旨: The nine different membrane-anchored adenylyl cyclase isoforms (AC1-9) in mammals are stimulated by the heterotrimeric G protein, Gα, but their response to Gβγ regulation is isoform specific. In ...The nine different membrane-anchored adenylyl cyclase isoforms (AC1-9) in mammals are stimulated by the heterotrimeric G protein, Gα, but their response to Gβγ regulation is isoform specific. In the present study, we report cryo-electron microscope structures of ligand-free AC5 in complex with Gβγ and a dimeric form of AC5 that could be involved in its regulation. Gβγ binds to a coiled-coil domain that links the AC transmembrane region to its catalytic core as well as to a region (C) that is known to be a hub for isoform-specific regulation. We confirmed the Gβγ interaction with both purified proteins and cell-based assays. Gain-of-function mutations in AC5 associated with human familial dyskinesia are located at the interface of AC5 with Gβγ and show reduced conditional activation by Gβγ, emphasizing the importance of the observed interaction for motor function in humans. We propose a molecular mechanism wherein Gβγ either prevents dimerization of AC5 or allosterically modulates the coiled-coil domain, and hence the catalytic core. As our mechanistic understanding of how individual AC isoforms are uniquely regulated is limited, studies such as this may provide new avenues for isoform-specific drug development.
履歴
登録2023年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40572.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.9450669 - 3.5848818
平均 (標準偏差)0.0044464334 (±0.07509252)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40572_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40572_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human adenylyl cyclase 5 in complex with Gbg

全体名称: Human adenylyl cyclase 5 in complex with Gbg
要素
  • 複合体: Human adenylyl cyclase 5 in complex with Gbg
    • タンパク質・ペプチド: Adenylate cyclase type 5
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: GERAN-8-YL GERAN

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超分子 #1: Human adenylyl cyclase 5 in complex with Gbg

超分子名称: Human adenylyl cyclase 5 in complex with Gbg / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Adenylate cyclase type 5

分子名称: Adenylate cyclase type 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: adenylate cyclase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 139.066312 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: MSGSKSVSPP GYAAQKTAAP APRGGPEHRS AWGEADSRAN GYPHAPGGSA RGSTKKPGGA VTPQQQQRLA SRWRSDDDDD PPLSGDDPL AGGFGFSFRS KSAWQERGGD DCGRGSRRQR RGAASGGSTR APPAGGGGGS AAAAASAGGT EVRPRSVEVG L EERRGKGR ...文字列:
MSGSKSVSPP GYAAQKTAAP APRGGPEHRS AWGEADSRAN GYPHAPGGSA RGSTKKPGGA VTPQQQQRLA SRWRSDDDDD PPLSGDDPL AGGFGFSFRS KSAWQERGGD DCGRGSRRQR RGAASGGSTR APPAGGGGGS AAAAASAGGT EVRPRSVEVG L EERRGKGR AADELEAGAV EGGEGSGDGG SSADSGSGAG PGAVLSLGAC CLALLQIFRS KKFPSDKLER LYQRYFFRLN QS SLTMLMA VLVLVCLVML AFHAARPPLQ LPYLAVLAAA VGVILIMAVL CNRAAFHQDH MGLACYALIA VVLAVQVVGL LLP QPRSAS EGIWWTVFFI YTIYTLLPVR MRAAVLSGVL LSALHLAIAL RTNAQDQFLL KQLVSNVLIF SCTNIVGVCT HYPA EVSQR QAFQETRECI QARLHSQREN QQQERLLLSV LPRHVAMEMK ADINAKQEDM MFHKIYIQKH DNVSILFADI EGFTS LASQ CTAQELVMTL NELFARFDKL AAENHCLRIK ILGDCYYCVS GLPEARADHA HCCVEMGMDM IEAISLVREV TGVNVN MRV GIHSGRVHCG VLGLRKWQFD VWSNDVTLAN HMEAGGKAGR IHITKATLNY LNGDYEVEPG CGGERNAYLK EHSIETF LI LRCTQKRKEE KAMIAKMNRQ RTNSIGHNPP HWGAERPFYN HLGGNQVSKE MKRMGFEDPK DKNAQESANP EDEVDEFL G RAIDARSIDR LRSEHVRKFL LTFREPDLEK KYSKQVDDRF GAYVACASLV FLFICFVQIT IVPHSIFMLS FYLTCSLLL TLVVFVSVIY SCVKLFPSPL QTLSRKIVRS KMNSTLVGVF TITLVFLAAF VNMFTCNSRD LLGCLAQEHN ISASQVNACH VAESAVNYS LGDEQGFCGS PWPNCNFPEY FTYSVLLSLL ACSVFLQISC IGKLVLMLAI ELIYVLIVEV PGVTLFDNAD L LVTANAID FFNNGTSQCP EHATKVALKV VTPIIISVFV LALYLHAQQV ESTARLDFLW KLQATEEKEE MEELQAYNRR LL HNILPKD VAAHFLARER RNDELYYQSC ECVAVMFASI ANFSEFYVEL EANNEGVECL RLLNEIIADF DEIISEDRFR QLE KIKTIG STYMAASGLN DSTYDKVGKT HIKALADFAM KLMDQMKYIN EHSFNNFQMK IGLNIGPVVA GVIGARKPQY DIWG NTVNV ASRMDSTGVP DRIQVTTDMY QVLAANTYQL ECRGVVKVKG KGEMMTYFLN GGPPLS

UniProtKB: Adenylate cyclase type 5

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: GERAN-8-YL GERAN

分子名称: GERAN-8-YL GERAN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: GER
分子量理論値: 274.484 Da
Chemical component information

ChemComp-GER:
GERAN-8-YL GERAN / (6E,10E)-3,7,11,15-テトラメチル-2,6,10,14-ヘキサデカテトラエン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClSodium Chloride
2.7 mMKClPotassium Chloride
8.0 mMNa2HPO4Sodium hydrogen phosphate
2.0 mMKH2PO4Potassium dihydrogen phosphate
0.01 %C47H88O22LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1251384
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 61870
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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