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- EMDB-40571: Cryo-EM structure of PAPP-A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40571
タイトルCryo-EM structure of PAPP-A2
マップデータ
試料
  • 複合体: PAPP-A2
    • タンパク質・ペプチド: Pappalysin-2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水
キーワードProtease (プロテアーゼ) / zinc binding (亜鉛) / growth factor signaling / peptide binding (ペプチド) / HYDROLASE (加水分解酵素) / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone morphogenesis / response to salt stress / regulation of cell growth / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell surface receptor signaling pathway / apical plasma membrane ...protein metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone morphogenesis / response to salt stress / regulation of cell growth / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell surface receptor signaling pathway / apical plasma membrane / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / パパリシン-1 / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / LNR domain / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 ...Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / パパリシン-1 / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / LNR domain / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Fibronectin type III superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Judge RA / Stoll VS / Eaton D / Hao Q / Bratkowski MA
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of human PAPP-A2 and mechanism of substrate recognition.
著者: Janani Sridar / Amirhossein Mafi / Russell A Judge / Jun Xu / Kailyn A Kong / John C K Wang / Vincent S Stoll / Georgios Koukos / Reyna J Simon / Dan Eaton / Matthew Bratkowski / Qi Hao /
要旨: Pregnancy-Associated Plasma Protein A isoforms, PAPP-A and PAPP-A2, are metalloproteases that cleave insulin-like growth factor binding proteins (IGFBPs) to modulate insulin-like growth factor ...Pregnancy-Associated Plasma Protein A isoforms, PAPP-A and PAPP-A2, are metalloproteases that cleave insulin-like growth factor binding proteins (IGFBPs) to modulate insulin-like growth factor signaling. The structures of homodimeric PAPP-A in complex with IGFBP5 anchor peptide, and inhibitor proteins STC2 and proMBP have been recently reported. Here, we present the single-particle cryo-EM structure of the monomeric, N-terminal LG, MP, and the M1 domains (with the exception of LNR1/2) of human PAPP-A2 to 3.13 Å resolution. Our structure together with functional studies provides insight into a previously reported patient mutation that inactivates PAPP-A2 in a distal region of the protein. Using a combinational approach, we suggest that PAPP-A2 recognizes IGFBP5 in a similar manner as PAPP-A and show that PAPP-A2 cleaves IGFBP5 less efficiently due to differences in the M2 domain. Overall, our studies characterize the cleavage mechanism of IGFBP5 by PAPP-A2 and shed light onto key differences with its paralog PAPP-A.
履歴
登録2023年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40571.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.669 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.265
最小 - 最大-1.9302498 - 2.7913728
平均 (標準偏差)0.001816292 (±0.053929724)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 240.84001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40571_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40571_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40571_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PAPP-A2

全体名称: PAPP-A2
要素
  • 複合体: PAPP-A2
    • タンパク質・ペプチド: Pappalysin-2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水

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超分子 #1: PAPP-A2

超分子名称: PAPP-A2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Pappalysin-2

分子名称: Pappalysin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 174.259766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PPEESNQNGG EGSYREAETF NSQVGLPILY FSGRRERLLL RPEVLAEIPR EAFTVEAWVK PEGGQNNPAI IAGVFDNCSH TVSDKGWAL GIRSGKDKGK RDARFFFSLC TDRVKKATIL ISHSRYQPGT WTHVAATYDG RHMALYVDGT QVASSLDQSG P LNSPFMAS ...文字列:
PPEESNQNGG EGSYREAETF NSQVGLPILY FSGRRERLLL RPEVLAEIPR EAFTVEAWVK PEGGQNNPAI IAGVFDNCSH TVSDKGWAL GIRSGKDKGK RDARFFFSLC TDRVKKATIL ISHSRYQPGT WTHVAATYDG RHMALYVDGT QVASSLDQSG P LNSPFMAS CRSLLLGGDS SEDGHYFRGH LGTLVFWSTA LPQSHFQHSS QHSSGEEEAT DLVLTASFEP VNTEWVPFRD EK YPRLEVL QGFEPEPEIL SPLQPPLCGQ TVCDNVELIS QYNGYWPLRG EKVIRYQVVN ICDDEGLNPI VSEEQIRLQH EAL NEAFSR YNISWQLSVH QVHNSTLRHR VVLVNCEPSK IGNDHCDPEC EHPLTGYDGG DCRLQGRCYS WNRRDGLCHV ECNN MLNDF DDGDCCDPQV ADVRKTCFDP DSPKRAYMSV KELKEALQLN STHFLNIYFA SSVREDLAGA ATWPWDKDAV THLGG IVLS PAYYGMPGHT DTMIHQVGHV LGLYHVFKGV SERESCNDPC KETVPSMETG DLCADTAPTP KSELCREPEP TSDTCG FTR FPGAPFTNYM SYTDDNCTDN FTPNQVARMH CYLDLVYQQW TESRKPTPIP IPPMVIGQTN KSLTIHWLPP ISGVVYD RA SGSLCGACTE DGTFRQYVHT ASSRRVCDSS GYWTPEEAVG PPDVDQPCEP SLQAWSPEVH LYHMNMTVPC PTEGCSLE L LFQHPVQADT LTLWVTSFFM ESSQVLFDTE ILLENKESVH LGPLDTFCDI PLTIKLHVDG KVSGVKVYTF DERIEIDAA LLTSQPHSPL CSGCRPVRYQ VLRDPPFASG LPVVVTHSHR KFTDVEVTPG QMYQYQVLAE AGGELGEASP PLNHIHGAPY CGDGKVSER LGEECDDGDL VSGDGCSKVC ELEEGFNCVG EPSLCYMYEG DGICEPFERK TSIVDCGIYT PKGYLDQWAT R AYSSHEDK KKCPVSLVTG EPHSLICTSY HPDLPNHRPL TGWFPCVASE NETQDDRSEQ PEGSLKKEDE VWLKVCFNRP GE ARAIFIF LTTDGLVPGE HQQPTVTLYL TDVRGSNHSL GTYGLSCQHN PLIINVTHHQ NVLFHHTTSV LLNFSSPRVG ISA VALRTS SRIGLSAPSN CISEDEGQNH QGQSCIHRPC GKQDSCPSLL LDHADVVNCT SIGPGLMKCA ITCQRGFALQ ASSG QYIRP MQKEILLTCS SGHWDQNVSC LPVDCGVPDP SLVNYANFSC SEGTKFLKRC SISCVPPAKL QGLSPWLTCL EDGLW SLPE VYCKLECDAP PIILNANLLL PHCLQDNHDV GTICKYECKP GYYVAESAEG KVRNKLLKIQ CLEGGIWEQG SCIPVV CEP PPPVFEGMYE CTNGFSLDSQ CVLNCNQERE KLPILCTKEG LWTQEFKLCE NLQGECPPPP SELNSVEYKC EQGYGIG AV CSPLCVIPPS DPVMLPENIT ADTLEHWMEP VKVQSIVCTG RRQWHPDPVL VHCIQSCEPF QADGWCDTIN NRAYCHYD G GDCCSSTLSS KKVIPFAADC DLDECTCRDP KAEENQTRTG GDYKDDDDK

UniProtKB: Pappalysin-2

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold model
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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