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- EMDB-40569: Cryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40569
タイトルCryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome
マップデータNon-sharpened cryo-EM map
試料
  • 複合体: Cryo-EM complex of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase DDM1,Lymphoid-specific helicase chimera
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (192-MER)
    • DNA: DNA (192-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
キーワードhelicase / chimera / complex / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / DNA-mediated transformation / urogenital system development / retrotransposition / lymphocyte proliferation / pericentric heterochromatin formation / TGFBR3 expression / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway ...chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / DNA-mediated transformation / urogenital system development / retrotransposition / lymphocyte proliferation / pericentric heterochromatin formation / TGFBR3 expression / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / DNA helicase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / epigenetic regulation of gene expression / kidney development / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / hydrolase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / cell division / apoptotic process / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
HELLS, N-terminal / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site ...HELLS, N-terminal / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H2B 1.1 / Histone H3.2 / Histone H2A / Lymphoid-specific helicase / ATP-dependent DNA helicase DDM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Nartey W / Williams GJ
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04327 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM complex of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome
著者: Nartey W / Williams GJ
履歴
登録2023年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-sharpened cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.77 Å/pix.
x 448 pix.
= 344.96 Å		0.77 Å/pix.
x 448 pix.
= 344.96 Å		0.77 Å/pix.
x 448 pix.
= 344.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.043
最小 - 最大-0.19295526 - 0.38595298
平均 (標準偏差)0.000011510032 (±0.010576245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 344.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40569_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened cryo-EM map

ファイルemd_40569_additional_1.map
注釈Sharpened cryo-EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map B

ファイルemd_40569_half_map_1.map
注釈Unfiltered half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map A

ファイルemd_40569_half_map_2.map
注釈Unfiltered half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM complex of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome

全体名称: Cryo-EM complex of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome
要素
  • 複合体: Cryo-EM complex of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase DDM1,Lymphoid-specific helicase chimera
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (192-MER)
    • DNA: DNA (192-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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超分子 #1: Cryo-EM complex of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome

超分子名称: Cryo-EM complex of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: ATP-dependent DNA helicase DDM1,Lymphoid-specific helicase chimera

分子名称: ATP-dependent DNA helicase DDM1,Lymphoid-specific helicase chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: This protein is a chimera of Arabidopsis thaliana DDM1 and Homo sapiens HELLS The first 3 amino acids (SNA) are a remnant of an expression tag,This protein is a chimera of Arabidopsis ...詳細: This protein is a chimera of Arabidopsis thaliana DDM1 and Homo sapiens HELLS The first 3 amino acids (SNA) are a remnant of an expression tag,This protein is a chimera of Arabidopsis thaliana DDM1 and Homo sapiens HELLS The first 3 amino acids (SNA) are a remnant of an expression tag,This protein is a chimera of Arabidopsis thaliana DDM1 and Homo sapiens HELLS The first 3 amino acids (SNA) are a remnant of an expression tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 93.326195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMVSLRSR KVIPASEMVS DGKTEKDASG DSPTSVLNEE ENCEEKSVTV VEEEILLAKN GDSSLISEAM AQEEEQLLKL REDEEKANN AGSAVAPNLN ETQFTKLDEL LTQTQLYSEF LLEKMEDITI NGIESESQKA EPEKTGRGRK RKAASQYNNT K AKRAVAAM ...文字列:
SNAMVSLRSR KVIPASEMVS DGKTEKDASG DSPTSVLNEE ENCEEKSVTV VEEEILLAKN GDSSLISEAM AQEEEQLLKL REDEEKANN AGSAVAPNLN ETQFTKLDEL LTQTQLYSEF LLEKMEDITI NGIESESQKA EPEKTGRGRK RKAASQYNNT K AKRAVAAM ISRSKEDGET INSDLTEEET VIKLQNELCP LLTGGQLKSY QLKGVKWLIS LWQNGLNGIL ADQMGLGKTI QT IGFLSHL KGNGLDGPYL VIAPLSTLSN WFNEIARFTP SINAIIYHGD KNQRDELRRK HMPKTVGPKF PIVITSYEVA MND AKRILR HYPWKYVVID EGHRLKNHKC KLLRELKHLK MDNKLLLTGT PLQNNLSELW SLLNFILPDI FTSHDEFESW FDFS EKNKN EATKEEEEKR RAQVVSKLHG ILRPFILRRM KCDVELSLPR KKEIIMYATM TDHQKKFQEH LVNNTLEAHL GENAI RGIE LSPTGRPKRR TRKSINYSKI DDFPNELEKL ISQIQPEVDR ERAVVEVNIP VEQGWKGKLN NLVIQLRKNC NHPDLL QGQ IDGSYLYPPV EEIVGQCGKF RLLERLLVRL FANNHKVLIF SQWTKLLDIM DYYFSEKGFE VCRIDGSVKL DERRRQI KD FSDEKSSCSI FLLSTRAGGL GINLTAADTC ILYDSDWNPQ MDLQAMDRCH RIGQTKPVHV YRLSTAQSIE TRVLKRAY S KLKLEHVVIG QGQFHQERAK SSTPLEEEDI LALLKEDETA EDKLIQTDIS DADLDRLLDR SDLTITAPGE TQAAEAFPV KGPGWEVVLP SSGGMLSSLN S

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase DDM1, Lymphoid-specific helicase, ATP-dependent DNA helicase DDM1

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分子 #2: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.435126 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.381696 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SNAMSGRGKQ GGKTRAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYAERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AVRNDEELNK LLGRVTIAQG GVLPNIQSVL LPKKTESSKS AKSK

UniProtKB: Histone H2A

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分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.655948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKSAPAPKK GSKKAVTKTQ KKDGKKRRKT RKESYAIYVY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDVFER IAGEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #5: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 12.276354 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGGSENLYF Q

UniProtKB: Histone H4

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分子 #6: DNA (192-MER)

分子名称: DNA (192-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.004613 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)

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分子 #7: DNA (192-MER)

分子名称: DNA (192-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.546941 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DG) (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC)

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分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #9: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7808 / 平均露光時間: 4.95 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 84067
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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