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万見
- EMDB-40564: CUS-3 Mature Virus Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40564
タイトルCUS-3 Mature Virus Capsid
マップデータSingle Particle Reconstruction of CUS3 Bacteriophage
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Putative coat protein
キーワードBacteriophage / Capsid / Virus
機能・相同性Major capsid protein Gp5 / P22 coat protein - gene protein 5 / viral capsid / Putative coat protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Whitehead III RD / Alexandrescu AT / White S / Teschke CM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM076661 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Not currently available
著者: Whitehead III RD / White S / Alexandrescu AT / Teschke CM
履歴
登録2023年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40564.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single Particle Reconstruction of CUS3 Bacteriophage
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.94 Å/pix.
x 800 pix.
= 748. Å		0.94 Å/pix.
x 800 pix.
= 748. Å		0.94 Å/pix.
x 800 pix.
= 748. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.935 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-8.057097000000001 - 15.758607
平均 (標準偏差)0.000000000002079 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 748.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_40564_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_40564_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterobacteria phage CUS-3

全体名称: Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Putative coat protein

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超分子 #1: Enterobacteria phage CUS-3

超分子名称: Enterobacteria phage CUS-3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 539221 / 生物種: Enterobacteria phage CUS-3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Putative coat protein

分子名称: Putative coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)
分子量理論値: 44.772359 KDa
配列文字列: ANQLAKDLEI MFENYVEGFE AACVVSRNAK KFRPGDTAMQ RAGDVLYRPQ HYHMNIEEGL DLSSKTPTAL VQRLVPSVFK EPKNILYTL DAREMRDPEH KTEAGRAAGM RLAAQIDSDL ISMVTQRATN VITMADSTAG TQGRDLWNCA AGIDATMTAI G VPQGINRR ...文字列:
ANQLAKDLEI MFENYVEGFE AACVVSRNAK KFRPGDTAMQ RAGDVLYRPQ HYHMNIEEGL DLSSKTPTAL VQRLVPSVFK EPKNILYTL DAREMRDPEH KTEAGRAAGM RLAAQIDSDL ISMVTQRATN VITMADSTAG TQGRDLWNCA AGIDATMTAI G VPQGINRR SFWNPFNYKD LAGELGHRAY AQGATLTAYE KAQIPPVASF DSYKTDISGR LPKGSTESLT VSGQPEHKVE AK DSNGMPV DNRQGTITVS ASGLQVGDAF TIAGVNSVHQ ITKDTTGQPQ VFRVLAVSGT TVTISPKILP VENTDVASRP YAN VDAKPA ESAAITILNK NAAPANLFWA DGSVELMYGK LAFPTGQGPQ VMTATTEQGA TLIMSYAFDH IKGVTTARFT TLYG CSVLV PEYTGIVIAG Q

UniProtKB: Putative coat protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.3075 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34727
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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