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- EMDB-40519: E. coli 50S intermediate, srmB deletion strain, class: dead-B-a2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40519
タイトルE. coli 50S intermediate, srmB deletion strain, class: dead-B-a2
マップデータdead-B-a2 class Particle stack from (https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851) was analyzed by CryoSPARC ab-initio subclassification. Aligned to 50S ref and resample to same grid.
試料
  • 複合体: E. coli 50S assembly intermediate from deaD-deletion strain, grow at 19 degree celsius
キーワードRibosome / 50S intermediate / RNP
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.41 Å
データ登録者Sheng K / Williamson JR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-136412 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Assembly landscape for the bacterial large ribosomal subunit.
著者: Kai Sheng / Ning Li / Jessica N Rabuck-Gibbons / Xiyu Dong / Dmitry Lyumkis / James R Williamson /
要旨: Assembly of ribosomes in bacteria is highly efficient, taking ~2-3 min, but this makes the abundance of assembly intermediates very low, which is a challenge for mechanistic understanding. Genetic ...Assembly of ribosomes in bacteria is highly efficient, taking ~2-3 min, but this makes the abundance of assembly intermediates very low, which is a challenge for mechanistic understanding. Genetic perturbations of the assembly process create bottlenecks where intermediates accumulate, facilitating structural characterization. We use cryo-electron microscopy, with iterative subclassification to identify intermediates in the assembly of the 50S ribosomal subunit from E. coli. The analysis of the ensemble of intermediates that spans the entire biogenesis pathway for the 50 S subunit was facilitated by a dimensionality reduction and cluster picking approach using PCA-UMAP-HDBSCAN. The identity of the cooperative folding units in the RNA with associated proteins is revealed, and the hierarchy of these units reveals a complete assembly map for all RNA and protein components. The assembly generally proceeds co-transcriptionally, with some flexibility in the landscape to ensure efficiency for this central cellular process under a variety of growth conditions.
履歴
登録2023年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40519.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈dead-B-a2 class Particle stack from (https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851) was analyzed by CryoSPARC ab-initio subclassification. Aligned to 50S ref and resample to same grid.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 160 pix.
= 419.2 Å		2.62 Å/pix.
x 160 pix.
= 419.2 Å		2.62 Å/pix.
x 160 pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-1.2284751 - 3.9572687
平均 (標準偏差)-0.001457029 (±0.18332379)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: dead-B-a2 class Particle stack from (https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851) was analyzed...

ファイルemd_40519_half_map_1.map
注釈dead-B-a2 class Particle stack from (https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851) was analyzed by CryoSPARC ab-initio subclassification.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: dead-B-a2 class Particle stack from (https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851) was analyzed...

ファイルemd_40519_half_map_2.map
注釈dead-B-a2 class Particle stack from (https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851) was analyzed by CryoSPARC ab-initio subclassification.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 50S assembly intermediate from deaD-deletion strain, grow...

全体名称: E. coli 50S assembly intermediate from deaD-deletion strain, grow at 19 degree celsius
要素
  • 複合体: E. coli 50S assembly intermediate from deaD-deletion strain, grow at 19 degree celsius

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超分子 #1: E. coli 50S assembly intermediate from deaD-deletion strain, grow...

超分子名称: E. coli 50S assembly intermediate from deaD-deletion strain, grow at 19 degree celsius
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
100.0 mMammonium chlorideNH4Cl
10.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
0.5 mMEDTA
6.0 mMbeta-mercaptoethanol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
詳細: data were collected with tilts ranging from 0 to 60 degree at 10-degree increments
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3303
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Homogeneous refinement in CryoSPARC was used.
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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