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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in apo state | ||||||||||||||||||
![]() | Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in apo state | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / monoatomic cation homeostasis / varicosity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity ...intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / monoatomic cation homeostasis / varicosity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle / protein tetramerization / calcium channel activity / memory / synaptic vesicle membrane / calcium ion transport / kinase activity / actin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Nadezhdin KD / Neuberger A / Sobolevsky AI | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanisms of TRPM7 activation and inhibition. 著者: Kirill D Nadezhdin / Leonor Correia / Chamali Narangoda / Dhilon S Patel / Arthur Neuberger / Thomas Gudermann / Maria G Kurnikova / Vladimir Chubanov / Alexander I Sobolevsky / ![]() ![]() 要旨: The transient receptor potential channel TRPM7 is a master regulator of the organismal balance of divalent cations that plays an essential role in embryonic development, immune responses, cell ...The transient receptor potential channel TRPM7 is a master regulator of the organismal balance of divalent cations that plays an essential role in embryonic development, immune responses, cell mobility, proliferation, and differentiation. TRPM7 is implicated in neuronal and cardiovascular disorders, tumor progression and has emerged as a new drug target. Here we use cryo-EM, functional analysis, and molecular dynamics simulations to uncover two distinct structural mechanisms of TRPM7 activation by a gain-of-function mutation and by the agonist naltriben, which show different conformational dynamics and domain involvement. We identify a binding site for highly potent and selective inhibitors and show that they act by stabilizing the TRPM7 closed state. The discovered structural mechanisms provide foundations for understanding the molecular basis of TRPM7 channelopathies and drug development. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 83 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.4 MB 95.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8si2MC ![]() 8si3C ![]() 8si4C ![]() 8si5C ![]() 8si6C ![]() 8si7C ![]() 8si8C ![]() 8siaC ![]() 8sibC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in apo state | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_40496_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_40496_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : sample 1
全体 | 名称: sample 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: sample 1
超分子 | 名称: sample 1 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 146.888875 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SQKSWIESTL TKRECVYIIP SSKDPHRCLP GCQICQQLVR CFCGRLVKQH ACFTASLAMK YSDVKLGEHF NQAIEEWSVE KHTEQSPTD AYGVINFQGG SHSYRAKYVR LSYDTKPEII LQLLLKEWQM ELPKLVISVH GGMQKFELHP RIKQLLGKGL I KAAVTTGA ...文字列: SQKSWIESTL TKRECVYIIP SSKDPHRCLP GCQICQQLVR CFCGRLVKQH ACFTASLAMK YSDVKLGEHF NQAIEEWSVE KHTEQSPTD AYGVINFQGG SHSYRAKYVR LSYDTKPEII LQLLLKEWQM ELPKLVISVH GGMQKFELHP RIKQLLGKGL I KAAVTTGA WILTGGVNTG VAKHVGDALK EHASRSSRKI CTIGIAPWGV IENRNDLVGR DVVAPYQTLL NPLSKLNVLN NL HSHFILV DDGTVGKYGA EVRLRRELEK TINQQRIHAR IGQGVPVVAL IFEGGPNVIL TVLEYLQESP PVPVVVCEGT GRA ADLLAY IHKQTEEGGN LPDAAEPDII STIKKTFNFG QSEAVHLFQT MMECMKKKEL ITVFHIGSED HQDIDVAILT ALLK GTNAS AFDQLILTLA WDRVDIAKNH VFVYGQQWLV GSLEQAMLDA LVMDRVSFVK LLIENGVSMH KFLTIPRLEE LYNTK QGPT NPMLFHLIRD VKQGNLPPGY KITLIDIGLV IEYLMGGTYR CTYTRKRFRL IYNSLGGNNR RSGRNTSSST PQLRKS HET FGNRADKKEK MRHNHFIKTA QPYRPKMDAS MEEGKKKRTK DEIVDIDDPE TKRFPYPLNE LLIWACLMKR QVMARFL WQ HGEESMAKAL VACKIYRSMA YEAKQSDLVD DTSEELKQYS NDFGQLAVEL LEQSFRQDET MAMKLLTYEL KNWSNSTC L KLAVSSRLRP FVAHTCTQML LSDMWMGRLN MRKNSWYKVI LSILVPPAIL MLEYKTKAEM SHIPQSQDAH QMTMEDSEN NFHNITEEIP MEVFKEVKIL DSSDGKNEME IHIKSKKLPI TRKFYAFYHA PIVKFWFNTL AYLGFLMLYT FVVLVKMEQL PSVQEWIVI AYIFTYAIEK VREVFMSEAG KISQKIKVWF SDYFNVSDTI AIISFFVGFG LRFGAKWNYI NAYDNHVFVA G RLIYCLNI IFWYVRLLDF LAVNQQAGPY VMMIGKMVAN MFYIVVIMAL VLLSFGVPRK AILYPHEEPS WSLAKDIVFH PY WMIFGEV YAYEIDVCAN DSTLPTICGP GTWLTPFLQA VYLFVQYIIM VNLLIAFFNN VYLQVKAISN IVWKYQRYHF IMA YHEKPV LPPPLIILSH IVSLFCCVCK RRKKDKTSDG PKLFLTEEDQ KKLHDFEEQC VEMYFDEKDD KFNSGSEERI RVTF ERVEQ MSIQIKEVGD RVNYIKRSLQ SLDSQIGHLQ DLSALTVDTL KTLTAQKASE ASKVHNEITR ELSISKHLAQ NLID |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 64 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #3: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #4: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13...
分子 | 名称: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: DU0 |
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分子量 | 理論値: 516.752 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DU0: |
-分子 #5: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 168 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | mouse TRPM7 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5087 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8si2: |