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- EMDB-40477: KLHDC2 in complex with EloB and EloC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40477
タイトルKLHDC2 in complex with EloB and EloC
マップデータ
試料
  • 複合体: Full-length KLHDC2 in complex with EloB and EloC
    • タンパク質・ペプチド: Kelch domain-containing protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
キーワードKLHDC2 / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation ...ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galactose oxidase, central domain / Elongin B / Elongin-C / Kelch-type beta propeller / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family ...Galactose oxidase, central domain / Elongin B / Elongin-C / Kelch-type beta propeller / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongin-C / Elongin-B / Kelch domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Digianantonio KM / Bekes M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Co-opting the E3 ligase KLHDC2 for targeted protein degradation by small molecules.
著者: Christopher M Hickey / Katherine M Digianantonio / Kurt Zimmermann / Alicia Harbin / Connor Quinn / Avani Patel / Peter Gareiss / Amanda Chapman / Bernadette Tiberi / Jennifer Dobrodziej / ...著者: Christopher M Hickey / Katherine M Digianantonio / Kurt Zimmermann / Alicia Harbin / Connor Quinn / Avani Patel / Peter Gareiss / Amanda Chapman / Bernadette Tiberi / Jennifer Dobrodziej / John Corradi / Angela M Cacace / David R Langley / Miklós Békés /
要旨: Targeted protein degradation (TPD) by PROTAC (proteolysis-targeting chimera) and molecular glue small molecules is an emerging therapeutic strategy. To expand the roster of E3 ligases that can be ...Targeted protein degradation (TPD) by PROTAC (proteolysis-targeting chimera) and molecular glue small molecules is an emerging therapeutic strategy. To expand the roster of E3 ligases that can be utilized for TPD, we describe the discovery and biochemical characterization of small-molecule ligands targeting the E3 ligase KLHDC2. Furthermore, we functionalize these KLHDC2-targeting ligands into KLHDC2-based BET-family and AR PROTAC degraders and demonstrate KLHDC2-dependent target-protein degradation. Additionally, we offer insight into the assembly of the KLHDC2 E3 ligase complex. Using biochemical binding studies, X-ray crystallography and cryo-EM, we show that the KLHDC2 E3 ligase assembles into a dynamic tetramer held together via its own C terminus, and that this assembly can be modulated by substrate and ligand engagement.
履歴
登録2023年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40477.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0493
最小 - 最大-0.76971555 - 1.0691468
平均 (標準偏差)0.0012418639 (±0.015256168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40477_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_40477_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40477_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40477_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-length KLHDC2 in complex with EloB and EloC

全体名称: Full-length KLHDC2 in complex with EloB and EloC
要素
  • 複合体: Full-length KLHDC2 in complex with EloB and EloC
    • タンパク質・ペプチド: Kelch domain-containing protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C

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超分子 #1: Full-length KLHDC2 in complex with EloB and EloC

超分子名称: Full-length KLHDC2 in complex with EloB and EloC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Kelch domain-containing protein 2

分子名称: Kelch domain-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.909402 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GHHHHHHADG NEDLRADDLP GPAFESYESM ELACPAERSG HVAVSDGRHM FVWGGYKSNQ VRGLYDFYLP REELWIYNME TGRWKKINT EGDVPPSMSG SCAVCVDRVL YLFGGHHSRG NTNKFYMLDS RSTDRVLQWE RIDCQGIPPS SKDKLGVWVY K NKLIFFGG ...文字列:
GHHHHHHADG NEDLRADDLP GPAFESYESM ELACPAERSG HVAVSDGRHM FVWGGYKSNQ VRGLYDFYLP REELWIYNME TGRWKKINT EGDVPPSMSG SCAVCVDRVL YLFGGHHSRG NTNKFYMLDS RSTDRVLQWE RIDCQGIPPS SKDKLGVWVY K NKLIFFGG YGYLPEDKVL GTFEFDETSF WNSSHPRGWN DHVHILDTET FTWSQPITTG KAPSPRAAHA CATVGNRGFV FG GRYRDAR MNDLHYLNLD TWEWNELIPQ GICPVGRSWH SLTPVSSDHL FLFGGFTTDK QPLSDAWTYC ISKNEWIQFN HPY TEKPRL WHTACASDEG EVIVFGGCAN NLLVHHRAAH SNEILIFSVQ PKSLVRLSLE AVICFKEMLA NSWNCLPKHL LHSV NQRFG SNNTSGS

UniProtKB: Kelch domain-containing protein 2

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分子 #2: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.748406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMK

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #3: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.84342 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: SPT Labtech Quantifoil Active Grid nanowire grids were used (1.2uM/0.8uM). The grids were glow-discharged with the in-line glow discharge to activate the nanowires at 12mA. Approximately 6 nL ...詳細: SPT Labtech Quantifoil Active Grid nanowire grids were used (1.2uM/0.8uM). The grids were glow-discharged with the in-line glow discharge to activate the nanowires at 12mA. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at ambient temperature with 75% relative humidity.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: SPOTITON
詳細This sample was crosslinked with BS3 prior to freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10382 / 平均電子線量: 58.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4153896
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: ab-initio reconstruction with 6 classes, and one class demonstrated good density for 4 KLHDC2 Kelch domains (cryoSPARC 3.3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / 使用した粒子像数: 185914
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 詳細: homogeneous refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 詳細: non-uniform refinement
最終 3次元分類クラス数: 20 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / 詳細: 3DVA analyzed in cluster mode with 20 clusters
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5t35

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5t35

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

l_v4

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 337
得られたモデル

PDB-8sh2:
KLHDC2 in complex with EloB and EloC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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