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万見
- EMDB-40468: In situ human cardiac thick filament in the relaxed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40468
タイトルIn situ human cardiac thick filament in the relaxed state
マップデータHuman cardiac thick filament in the relaxed state
試料
  • 複合体: In situ human cardiac thick filament in the relaxed state
キーワードmyosin / cMyBP-C / titin / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Chen L / Liu J / Rastegarpouyani H / Janssen PML / Pinto JR / Taylor KA
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL128683 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL160966 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R21 AR077802 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI087846 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI152421 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM139616 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure of mavacamten-free human cardiac thick filaments within the sarcomere by cryoelectron tomography.
著者: Liang Chen / Jun Liu / Hosna Rastegarpouyani / Paul M L Janssen / Jose R Pinto / Kenneth A Taylor /
要旨: Heart muscle has the unique property that it can never rest; all cardiomyocytes contract with each heartbeat which requires a complex control mechanism to regulate cardiac output to physiological ...Heart muscle has the unique property that it can never rest; all cardiomyocytes contract with each heartbeat which requires a complex control mechanism to regulate cardiac output to physiological requirements. Changes in calcium concentration regulate the thin filament activation. A separate but linked mechanism regulates the thick filament activation, which frees sufficient myosin heads to bind the thin filament, thereby producing the required force. Thick filaments contain additional nonmyosin proteins, myosin-binding protein C and titin, the latter being the protein that transmits applied tension to the thick filament. How these three proteins interact to control thick filament activation is poorly understood. Here, we show using 3-D image reconstruction of frozen-hydrated human cardiac muscle myofibrils lacking exogenous drugs that the thick filament is structured to provide three levels of myosin activation corresponding to the three crowns of myosin heads in each 429Å repeat. In one crown, the myosin heads are almost completely activated and disordered. In another crown, many myosin heads are inactive, ordered into a structure called the interacting heads motif. At the third crown, the myosin heads are ordered into the interacting heads motif, but the stability of that motif is affected by myosin-binding protein C. We think that this hierarchy of control explains many of the effects of length-dependent activation as well as stretch activation in cardiac muscle control.
履歴
登録2023年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40468.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40468.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human cardiac thick filament in the relaxed state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2368 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.115
最小 - 最大-0.63768333 - 0.6925983
平均 (標準偏差)0.025764126 (±0.035650723)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 813.46564 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Curved layer composed of five human cardiac myosin II tail of IHM-C.

ファイルemd_40468_additional_1.map
注釈Curved layer composed of five human cardiac myosin II tail of IHM-C.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Curved layer composed of five human cardiac myosin II tail of IHM-D.

ファイルemd_40468_additional_2.map
注釈Curved layer composed of five human cardiac myosin II tail of IHM-D.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Curved layer composed of five human cardiac myosin II tail of IHM-S.

ファイルemd_40468_additional_3.map
注釈Curved layer composed of five human cardiac myosin II tail of IHM-S.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human cardiac myosin II tail of IHM-D segmented...

ファイルemd_40468_additional_4.map
注釈Human cardiac myosin II tail of IHM-D segmented from three stacked repeating units of the thick filament backbone map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human cardiac myosin II tail of IHM-S segmented...

ファイルemd_40468_additional_5.map
注釈Human cardiac myosin II tail of IHM-S segmented from three stacked repeating units of the thick filament backbone map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human cardiac myosin II tail of IHM-C segmented...

ファイルemd_40468_additional_6.map
注釈Human cardiac myosin II tail of IHM-C segmented from three stacked repeating units of the thick filament backbone map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cMyBP-C domains C8, C9, C10

ファイルemd_40468_additional_7.map
注釈cMyBP-C domains C8, C9, C10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Eleven domains of C-zone titin-C

ファイルemd_40468_additional_8.map
注釈Eleven domains of C-zone titin-C
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Eleven domains of C-zone titin-M

ファイルemd_40468_additional_9.map
注釈Eleven domains of C-zone titin-M
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human cardiac thick filament in the relaxed state even half map

ファイルemd_40468_half_map_1.map
注釈Human cardiac thick filament in the relaxed state even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human cardiac thick filament in the relaxed state odd half map

ファイルemd_40468_half_map_2.map
注釈Human cardiac thick filament in the relaxed state odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In situ human cardiac thick filament in the relaxed state

全体名称: In situ human cardiac thick filament in the relaxed state
要素
  • 複合体: In situ human cardiac thick filament in the relaxed state

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超分子 #1: In situ human cardiac thick filament in the relaxed state

超分子名称: In situ human cardiac thick filament in the relaxed state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 757
抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 11369
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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