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- EMDB-40448: WT CRISPR-Cas12a post nontarget strand-cleavage with the the RuvC... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40448
タイトルWT CRISPR-Cas12a post nontarget strand-cleavage with the the RuvC active site exposed.
マップデータWT CRISPR-Cas12a post nontarget strand-cleavage with the the RuvC active site exposed
試料
  • 複合体: WT AsCas12a incubated with 20bp-complementary target DNA with phosphorothioate-modified target strand.
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas12a
    • RNA: RNA (39-MER)
    • DNA: DNA (34-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
キーワードCRISPR / R-loop / endonuclease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacillus subtilis ribonuclease / : / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 REC2 domain / CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas12a
類似検索 - 構成要素
生物種Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Strohkendl I / Taylor DW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138348 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: WT CRISPR-Cas12a post nontarget strand-cleavage with the the RuvC active site exposed.
著者: Strohkendl I / Taylor DW
履歴
登録2023年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈WT CRISPR-Cas12a post nontarget strand-cleavage with the the RuvC active site exposed
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-0.25399834 - 0.84220105
平均 (標準偏差)-0.000629501 (±0.030740546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_40448_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_40448_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : WT AsCas12a incubated with 20bp-complementary target DNA with pho...

全体名称: WT AsCas12a incubated with 20bp-complementary target DNA with phosphorothioate-modified target strand.
要素
  • 複合体: WT AsCas12a incubated with 20bp-complementary target DNA with phosphorothioate-modified target strand.
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas12a
    • RNA: RNA (39-MER)
    • DNA: DNA (34-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')

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超分子 #1: WT AsCas12a incubated with 20bp-complementary target DNA with pho...

超分子名称: WT AsCas12a incubated with 20bp-complementary target DNA with phosphorothioate-modified target strand.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)

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分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas12a

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas12a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: deoxyribonuclease I
由来(天然)生物種: Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
分子量理論値: 151.705234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GAASMTQFEG FTNLYQVSKT LRFELIPQGK TLKHIQEQGF IEEDKARNDH YKELKPIIDR IYKTYADQCL QLVQLDWENL SAAIDSYRK EKTEETRNAL IEEQATYRNA IHDYFIGRTD NLTDAINKRH AEIYKGLFKA ELFNGKVLKQ LGTVTTTEHE N ALLRSFDK ...文字列:
GAASMTQFEG FTNLYQVSKT LRFELIPQGK TLKHIQEQGF IEEDKARNDH YKELKPIIDR IYKTYADQCL QLVQLDWENL SAAIDSYRK EKTEETRNAL IEEQATYRNA IHDYFIGRTD NLTDAINKRH AEIYKGLFKA ELFNGKVLKQ LGTVTTTEHE N ALLRSFDK FTTYFSGFYE NRKNVFSAED ISTAIPHRIV QDNFPKFKEN CHIFTRLITA VPSLREHFEN VKKAIGIFVS TS IEEVFSF PFYNQLLTQT QIDLYNQLLG GISREAGTEK IKGLNEVLNL AIQKNDETAH IIASLPHRFI PLFKQILSDR NTL SFILEE FKSDEEVIQS FCKYKTLLRN ENVLETAEAL FNELNSIDLT HIFISHKKLE TISSALCDHW DTLRNALYER RISE LTGKI TKSAKEKVQR SLKHEDINLQ EIISAAGKEL SEAFKQKTSE ILSHAHAALD QPLPTTLKKQ EEKEILKSQL DSLLG LYHL LDWFAVDESN EVDPEFSARL TGIKLEMEPS LSFYNKARNY ATKKPYSVEK FKLNFQMPTL ASGWDVNKEK NNGAIL FVK NGLYYLGIMP KQKGRYKALS FEPTEKTSEG FDKMYYDYFP DAAKMIPKCS TQLKAVTAHF QTHTTPILLS NNFIEPL EI TKEIYDLNNP EKEPKKFQTA YAKKTGDQKG YREALCKWID FTRDFLSKYT KTTSIDLSSL RPSSQYKDLG EYYAELNP L LYHISFQRIA EKEIMDAVET GKLYLFQIYN KDFAKGHHGK PNLHTLYWTG LFSPENLAKT SIKLNGQAEL FYRPKSRMK RMAHRLGEKM LNKKLKDQKT PIPDTLYQEL YDYVNHRLSH DLSDEARALL PNVITKEVSH EIIKDRRFTS DKFFFHVPIT LNYQAANSP SKFNQRVNAY LKEHPETPII GIDRGERNLI YITVIDSTGK ILEQRSLNTI QQFDYQKKLD NREKERVAAR Q AWSVVGTI KDLKQGYLSQ VIHEIVDLMI HYQAVVVLEN LNFGFKSKRT GIAEKAVYQQ FEKMLIDKLN CLVLKDYPAE KV GGVLNPY QLTDQFTSFA KMGTQSGFLF YVPAPYTSKI DPLTGFVDPF VWKTIKNHES RKHFLEGFDF LHYDVKTGDF ILH FKMNRN LSFQRGLPGF MPAWDIVFEK NETQFDAKGT PFIAGKRIVP VIENHRFTGR YRDLYPANEL IALLEEKGIV FRDG SNILP KLLENDDSHA IDTMVALIRS VLQMRNSNAA TGEDYINSPV RDLNGVCFDS RFQNPEWPMD ADANGAYHIA LKGQL LLNH LKESKDLKLQ NGISNQDWLA YIQELRN

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas12a

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分子 #2: RNA (39-MER)

分子名称: RNA (39-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.351995 KDa
配列文字列:
UUUUUAAUUU CUACUCUUGU AGAUGUGAUA AGUGGAAUGC CAUGUGGA

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分子 #3: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.211082 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA) ...文字列:
(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG) (DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*AP...

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.299061 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104326
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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