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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | WT CRISPR-Cas12a with a 5bp R-loop | |||||||||
![]() | 5bp R-loop unsharpened map | |||||||||
![]() |
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![]() | CRISPR / R-loop / endonuclease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Bacillus subtilis ribonuclease / : / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Strohkendl I / Taylor DW | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: WT CRISPR-Cas12a with a 5bp R-loop 著者: Strohkendl I / Taylor DW | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 888.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 888 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8sfhMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 5bp R-loop unsharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.833 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: 5bp R-loop half map A
ファイル | emd_40441_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 5bp R-loop half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 5bp R-loop half map B
ファイル | emd_40441_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 5bp R-loop half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : WT AsCas12a incubated with 8bp-complementary target DNA.
全体 | 名称: WT AsCas12a incubated with 8bp-complementary target DNA. |
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要素 |
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-超分子 #1: WT AsCas12a incubated with 8bp-complementary target DNA.
超分子 | 名称: WT AsCas12a incubated with 8bp-complementary target DNA. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas12a
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas12a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: deoxyribonuclease I |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 151.418953 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTQFEGFTNL YQVSKTLRFE LIPQGKTLKH IQEQGFIEED KARNDHYKEL KPIIDRIYKT YADQCLQLVQ LDWENLSAAI DSYRKEKTE ETRNALIEEQ ATYRNAIHDY FIGRTDNLTD AINKRHAEIY KGLFKAELFN GKVLKQLGTV TTTEHENALL R SFDKFTTY ...文字列: MTQFEGFTNL YQVSKTLRFE LIPQGKTLKH IQEQGFIEED KARNDHYKEL KPIIDRIYKT YADQCLQLVQ LDWENLSAAI DSYRKEKTE ETRNALIEEQ ATYRNAIHDY FIGRTDNLTD AINKRHAEIY KGLFKAELFN GKVLKQLGTV TTTEHENALL R SFDKFTTY FSGFYENRKN VFSAEDISTA IPHRIVQDNF PKFKENCHIF TRLITAVPSL REHFENVKKA IGIFVSTSIE EV FSFPFYN QLLTQTQIDL YNQLLGGISR EAGTEKIKGL NEVLNLAIQK NDETAHIIAS LPHRFIPLFK QILSDRNTLS FIL EEFKSD EEVIQSFCKY KTLLRNENVL ETAEALFNEL NSIDLTHIFI SHKKLETISS ALCDHWDTLR NALYERRISE LTGK ITKSA KEKVQRSLKH EDINLQEIIS AAGKELSEAF KQKTSEILSH AHAALDQPLP TTLKKQEEKE ILKSQLDSLL GLYHL LDWF AVDESNEVDP EFSARLTGIK LEMEPSLSFY NKARNYATKK PYSVEKFKLN FQMPTLASGW DVNKEKNNGA ILFVKN GLY YLGIMPKQKG RYKALSFEPT EKTSEGFDKM YYDYFPDAAK MIPKCSTQLK AVTAHFQTHT TPILLSNNFI EPLEITK EI YDLNNPEKEP KKFQTAYAKK TGDQKGYREA LCKWIDFTRD FLSKYTKTTS IDLSSLRPSS QYKDLGEYYA ELNPLLYH I SFQRIAEKEI MDAVETGKLY LFQIYNKDFA KGHHGKPNLH TLYWTGLFSP ENLAKTSIKL NGQAELFYRP KSRMKRMAH RLGEKMLNKK LKDQKTPIPD TLYQELYDYV NHRLSHDLSD EARALLPNVI TKEVSHEIIK DRRFTSDKFF FHVPITLNYQ AANSPSKFN QRVNAYLKEH PETPIIGIDR GERNLIYITV IDSTGKILEQ RSLNTIQQFD YQKKLDNREK ERVAARQAWS V VGTIKDLK QGYLSQVIHE IVDLMIHYQA VVVLENLNFG FKSKRTGIAE KAVYQQFEKM LIDKLNCLVL KDYPAEKVGG VL NPYQLTD QFTSFAKMGT QSGFLFYVPA PYTSKIDPLT GFVDPFVWKT IKNHESRKHF LEGFDFLHYD VKTGDFILHF KMN RNLSFQ RGLPGFMPAW DIVFEKNETQ FDAKGTPFIA GKRIVPVIEN HRFTGRYRDL YPANELIALL EEKGIVFRDG SNIL PKLLE NDDSHAIDTM VALIRSVLQM RNSNAATGED YINSPVRDLN GVCFDSRFQN PEWPMDADAN GAYHIALKGQ LLLNH LKES KDLKLQNGIS NQDWLAYIQE LRN UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas12a |
-分子 #2: RNA (27-MER)
分子 | 名称: RNA (27-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.598088 KDa |
配列 | 文字列: AAUUUCUACU CUUGUAGAUG UGAUAAG |
-分子 #3: DNA (32-MER)
分子 | 名称: DNA (32-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.882405 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT) (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG) |
-分子 #4: DNA (32-MER)
分子 | 名称: DNA (32-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.797312 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60595 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |