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- EMDB-40407: Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40407
タイトルCryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex (Form 2)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex (Form 2)
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein ISG15
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
キーワードLigase / Signaling Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / RSV-host interactions / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / ubiquitin ligase complex / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / ubiquitin binding / integrin-mediated signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / response to virus / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / protein modification process / ISG15 antiviral mechanism / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / positive regulation of type II interferon production / ubiquitin-protein transferase activity / protein tag activity / Interferon alpha/beta signaling / integrin binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain ...: / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / : / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / Ubiquitin-like protein ISG15 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Afsar M / Jia L / Ruben EA / Olsen SK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of Uba7 reveal the molecular basis for ISG15 activation and E1-E2 thioester transfer.
著者: Mohammad Afsar / GuanQun Liu / Lijia Jia / Eliza A Ruben / Digant Nayak / Zuberwasim Sayyad / Priscila Dos Santos Bury / Kristin E Cano / Anindita Nayak / Xiang Ru Zhao / Ankita Shukla / ...著者: Mohammad Afsar / GuanQun Liu / Lijia Jia / Eliza A Ruben / Digant Nayak / Zuberwasim Sayyad / Priscila Dos Santos Bury / Kristin E Cano / Anindita Nayak / Xiang Ru Zhao / Ankita Shukla / Patrick Sung / Elizabeth V Wasmuth / Michaela U Gack / Shaun K Olsen /
要旨: ISG15 plays a crucial role in the innate immune response and has been well-studied due to its antiviral activity and regulation of signal transduction, apoptosis, and autophagy. ISG15 is a ubiquitin- ...ISG15 plays a crucial role in the innate immune response and has been well-studied due to its antiviral activity and regulation of signal transduction, apoptosis, and autophagy. ISG15 is a ubiquitin-like protein that is activated by an E1 enzyme (Uba7) and transferred to a cognate E2 enzyme (UBE2L6) to form a UBE2L6-ISG15 intermediate that functions with E3 ligases that catalyze conjugation of ISG15 to target proteins. Despite its biological importance, the molecular basis by which Uba7 catalyzes ISG15 activation and transfer to UBE2L6 is unknown as there is no available structure of Uba7. Here, we present cryo-EM structures of human Uba7 in complex with UBE2L6, ISG15 adenylate, and ISG15 thioester intermediate that are poised for catalysis of Uba7-UBE2L6-ISG15 thioester transfer. Our structures reveal a unique overall architecture of the complex compared to structures from the ubiquitin conjugation pathway, particularly with respect to the location of ISG15 thioester intermediate. Our structures also illuminate the molecular basis for Uba7 activities and for its exquisite specificity for ISG15 and UBE2L6. Altogether, our structural, biochemical, and human cell-based data provide significant insights into the functions of Uba7, UBE2L6, and ISG15 in cells.
履歴
登録2023年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.952 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.952 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.952 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.94834894 - 1.4205289
平均 (標準偏差)-0.00011660488 (±0.023266155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 299.952 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40407_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40407_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40407_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thio...

全体名称: Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex (Form 2)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex (Form 2)
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein ISG15
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thio...

超分子名称: Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex (Form 2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7

分子名称: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 111.822102 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDALDASKLL DEELYSRQLY VLGSPAMQRI QGARVLVSGL QGLGAEVAKN LVLMGVGSLT LHDPHPTCWS DLAAQFLLSE QDLERSRAE ASQELLAQLN RAVQVVVHTG DITEDLLLDF QVVVLTAAKL EEQLKVGTLC HKHGVCFLAA DTRGLVGQLF C DFGEDFTV ...文字列:
MDALDASKLL DEELYSRQLY VLGSPAMQRI QGARVLVSGL QGLGAEVAKN LVLMGVGSLT LHDPHPTCWS DLAAQFLLSE QDLERSRAE ASQELLAQLN RAVQVVVHTG DITEDLLLDF QVVVLTAAKL EEQLKVGTLC HKHGVCFLAA DTRGLVGQLF C DFGEDFTV QDPTEAEPLT AAIQHISQGS PGILTLRKGA NTHYFRDGDL VTFSGIEGMV ELNDCDPRSI HVREDGSLEI GD TTTFSRY LRGGAITEVK RPKTVRHKSL DTALLQPHVV AQSSQEVHHA HCLHQAFCAL HKFQHLHGRP PQPWDPVDAE TVV GLARDL EPLKRTEEEP LEEPLDEALV RTVALSSAGV LSPMVAMLGA VAAQEVLKAI SRKFMPLDQW LYFDALDCLP EDGE LLPSP EDCALRGSRY DGQIAVFGAG FQEKLRRQHY LLVGAGAIGC ELLKVFALVG LGAGNSGGLT VVDMDHIERS NLSRQ FLFR SQDVGRPKAE VAAAAARGLN PDLQVIPLTY PLDPTTEHIY GDNFFSRVDG VAAALDSFQA RRYVAARCTH YLKPLL EAG TSGTWGSATV FMPHVTEAYR APASAAASED APYPVCTVRY FPSTAEHTLQ WARHEFEELF RLSAETINHH QQAHTSL AD MDEPQTLTLL KPVLGVLRVR PQNWQDCVAW ALGHWKLCFH YGIKQLLRHF PPNKVLEDGT PFWSGPKQCP QPLEFDTN Q DTHLLYVLAA ANLYAQMHGL PGSQDWTALR ELLKLLPQPD PQQMAPIFAS NLELASASAE FGPEQQKELN KALEVWSVG PPLKPLMFEK DDDSNFHVDF VVAAASLRCQ NYGIPPVNRA QSKRIVGQII PAIATTTAAV AGLLGLELYK VVSGPRPRSA FRHSYLHLA ENYLIRYMPF APAIQTFHHL KWTSWDRLKV PAGQPERTLE SLLAHLQEQH GLRVRILLHG SALLYAAGWS P EKQAQHLP LRVTELVQQL TGQAPAPGQR VLVLELSCEG DDEDTAFPPL HYEL

UniProtKB: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7

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分子 #2: Ubiquitin-like protein ISG15

分子名称: Ubiquitin-like protein ISG15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.163701 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGWDLTVKML AGNEFQVSLS SSMSVSELKA QITQKIGVHA FQQRLAVHPS GVALQDRVPL ASQGLGPGST VLLVVDKCDE PLSILVRNN KGRSSTYEVR LTQTVAHLKQ QVSGLEGVQD DLFWLTFEGK PLEDQLPLGE YGLKPLSTVF MNLRLRGG

UniProtKB: Ubiquitin-like protein ISG15

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分子 #3: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6

分子名称: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.643377 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MASMRVVKEL EDLQKKPPPY LRNLSSDDAN VLVWHALLLP DQPPYHLKAF NLRISFPPEY PFKPPMIKFT TKIYHPNVDE NGQICLPII SSENWKPSTK TSQVLEALNV LVNRPNIREP KRMDLADLLT QNPELFRKNA EEFTLRFGVD RPS

UniProtKB: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6

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分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.888 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 149051
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 10
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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