+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40406 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | In situ structure of Helicobacter pylori flagellar motor from PilN and PilO deletion mutant | |||||||||
マップデータ | A subtomogram averaged structure of Helicobacter pylori flagellar motor from PilN and PilO deletion mutant | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | H.pylori / Flagella / PilN / PilO / MOTOR PROTEIN | |||||||||
生物種 | Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 39.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Tachiyama S / Liu J | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Bacterial flagella hijack type IV pili proteins to control motility. 著者: Xiaolin Liu / Shoichi Tachiyama / Xiaotian Zhou / Rommel A Mathias / Sharmin Q Bonny / Mohammad F Khan / Yue Xin / Anna Roujeinikova / Jun Liu / Karen M Ottemann / 要旨: Bacterial flagella and type IV pili (TFP) are surface appendages that enable motility and mechanosensing through distinct mechanisms. These structures were previously thought to have no components in ...Bacterial flagella and type IV pili (TFP) are surface appendages that enable motility and mechanosensing through distinct mechanisms. These structures were previously thought to have no components in common. Here, we report that TFP and some flagella share proteins PilO, PilN, and PilM, which we identified as part of the flagellar motor. mutants lacking PilO or PilN migrated better than wild type in semisolid agar because they continued swimming rather than aggregated into microcolonies, mimicking the TFP-regulated surface response. Like their TFP homologs, flagellar PilO/PilN heterodimers formed a peripheral cage that encircled the flagellar motor. These results indicate that PilO and PilN act similarly in flagella and TFP by differentially regulating motility and microcolony formation when bacteria encounter surfaces. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40406.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-40406-v30.xml emd-40406.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40406.png | 79.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40406.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_40406_half_map_1.map.gz emd_40406_half_map_2.map.gz | 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40406 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40406_validation.pdf.gz | 877 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_40406_full_validation.pdf.gz | 876.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40406_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40406_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40406 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | A subtomogram averaged structure of Helicobacter pylori flagellar motor from PilN and PilO deletion mutant | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.592 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: An EM half map of Helicobacter pylori flagellar...
ファイル | emd_40406_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | An EM half map of Helicobacter pylori flagellar motor from PilN and PilO deletion mutant | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: An EM half map of Helicobacter pylori flagellar...
ファイル | emd_40406_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | An EM half map of Helicobacter pylori flagellar motor from PilN and PilO deletion mutant | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helicobacter pylori
全体 | 名称: Helicobacter pylori (ピロリ菌) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Helicobacter pylori
超分子 | 名称: Helicobacter pylori / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.81 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C18 (18回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 39.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 6928 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 166 / 使用した粒子像数: 478 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |