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- EMDB-40307: Sub-tomogram average of the RSV F pairs (with over-dosed particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40307
タイトルSub-tomogram average of the RSV F pairs (with over-dosed particles removed) from the surface of native virions released from RSV-infected BEAS-2B cells cultured on EM grids collected via montage parallel array cryo- tomography (MPACT)
マップデータSTA of RSV F pair from native RSV virion collected via parallel array montage cryo-ET
試料
  • ウイルス: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
キーワードnatively folded / class I viral fusion protein / pre-fusion native state / whole virion / VIRUS
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.5 Å
データ登録者Yang J / Wright ER
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM114561 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM139168 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023
タイトル: Correlative montage parallel array cryo-tomography for in situ structural cell biology.
著者: Jie E Yang / Matthew R Larson / Bryan S Sibert / Joseph Y Kim / Daniel Parrell / Juan C Sanchez / Victoria Pappas / Anil Kumar / Kai Cai / Keith Thompson / Elizabeth R Wright /
要旨: Imaging large fields of view while preserving high-resolution structural information remains a challenge in low-dose cryo-electron tomography. Here we present robust tools for montage parallel array ...Imaging large fields of view while preserving high-resolution structural information remains a challenge in low-dose cryo-electron tomography. Here we present robust tools for montage parallel array cryo-tomography (MPACT) tailored for vitrified specimens. The combination of correlative cryo-fluorescence microscopy, focused-ion-beam milling, substrate micropatterning, and MPACT supports studies that contextually define the three-dimensional architecture of cells. To further extend the flexibility of MPACT, tilt series may be processed in their entirety or as individual tiles suitable for sub-tomogram averaging, enabling efficient data processing and analysis.
履歴
登録2023年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈STA of RSV F pair from native RSV virion collected via parallel array montage cryo-ET
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 320.384 Å		2.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 320.384 Å		2.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 320.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.503 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0667
最小 - 最大-0.20355995 - 0.32130158
平均 (標準偏差)0.00026867745 (±0.031157127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 320.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: STA of RSV F pair from native RSV...

ファイルemd_40307_half_map_1.map
注釈STA of RSV F pair from native RSV virion collected via parallel array montage cryo-ET
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: STA of RSV F pair from native RSV...

ファイルemd_40307_half_map_2.map
注釈STA of RSV F pair from native RSV virion collected via parallel array montage cryo-ET
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory syncytial virus A2

全体名称: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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超分子 #1: Respiratory syncytial virus A2

超分子名称: Respiratory syncytial virus A2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The strain was kindly provided by Dr. Martin L. Moore. The reference is PMCID: PMC3492879/PMID:23062737
NCBI-ID: 1972429 / 生物種: Respiratory syncytial virus A2 / Sci species strain: rA2-mK+ / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 17
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 303 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細Respiratory syncytial virus released from infected whole BEAS-2B mammalian cells (human non-tumorigenic lung epithelial cell)

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
詳細: Tilt series of defocus collection ranging from -3 to -6 micrometer, with a step of -0.5 micrometer
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 6.8500000000000005 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 3.3200000000000003 µm
照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細5760 x 4092 (counting mode, bin 1x)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.11) / 使用したサブトモグラム数: 9332
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 15000 / 手法: Semi-automatic and manual picking / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.11)
詳細: The initial reference model was generated from the manually picked particles. The first round of reference was used for template-matching picking in some tomograms. For those tomograms ...詳細: The initial reference model was generated from the manually picked particles. The first round of reference was used for template-matching picking in some tomograms. For those tomograms without good template matching picking, manual picking was done.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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