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- EMDB-4030: An engineered human cohesin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4030
タイトルAn engineered human cohesin complex
マップデータNone
試料
  • 複合体: Tetrameric bonsai cohesin complex
    • タンパク質・ペプチド: SMC1_truncated
    • タンパク質・ペプチド: SMC3_truncated
    • タンパク質・ペプチド: SCC1
    • タンパク質・ペプチド: SA1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Hons MT / Huis in't Veld PJ / Stark H / Peters J-M
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Topology and structure of an engineered human cohesin complex bound to Pds5B.
著者: Michael T Hons / Pim J Huis In 't Veld / Jan Kaesler / Pascaline Rombaut / Alexander Schleiffer / Franz Herzog / Holger Stark / Jan-Michael Peters /
要旨: The cohesin subunits Smc1, Smc3 and Scc1 form large tripartite rings which mediate sister chromatid cohesion and chromatin structure. These are thought to entrap DNA with the help of the associated ...The cohesin subunits Smc1, Smc3 and Scc1 form large tripartite rings which mediate sister chromatid cohesion and chromatin structure. These are thought to entrap DNA with the help of the associated proteins SA1/2 and Pds5A/B. Structural information is available for parts of cohesin, but analyses of entire cohesin complexes are limited by their flexibility. Here we generated a more rigid 'bonsai' cohesin by truncating the coiled coils of Smc1 and Smc3 and used single-particle electron microscopy, chemical crosslinking-mass spectrometry and in silico modelling to generate three-dimensional models of cohesin bound to Pds5B. The HEAT-repeat protein Pds5B forms a curved structure around the nucleotide-binding domains of Smc1 and Smc3 and bridges the Smc3-Scc1 and SA1-Scc1 interfaces. These results indicate that Pds5B forms an integral part of the cohesin ring by contacting all other cohesin subunits, a property that may reflect the complex role of Pds5 proteins in controlling cohesin-DNA interactions.
履歴
登録2016年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月7日-
マップ公開2016年9月7日-
更新2018年2月28日-
現状2018年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4030.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.51 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0141 / ムービー #1: 0.0141
最小 - 最大-0.034161184 - 0.13795762
平均 (標準偏差)0.00019770915 (±0.0029963213)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 451.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.512.512.51
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z451.800451.800451.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0340.1380.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric bonsai cohesin complex

全体名称: Tetrameric bonsai cohesin complex
要素
  • 複合体: Tetrameric bonsai cohesin complex
    • タンパク質・ペプチド: SMC1_truncated
    • タンパク質・ペプチド: SMC3_truncated
    • タンパク質・ペプチド: SCC1
    • タンパク質・ペプチド: SA1

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超分子 #1: Tetrameric bonsai cohesin complex

超分子名称: Tetrameric bonsai cohesin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: Sf9 / 組換プラスミド: pFL (multiBac) - derived
分子量理論値: 367 KDa

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分子 #1: SMC1_truncated

分子名称: SMC1_truncated / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGFLKLIEIE NFKSYKGRQI IGPFQRFTAI IGPNGSGKSN LMDAISFVLG EKTSNLRVKT LRDLIHGAPV GKPAANRAFV SMVYSEEGAE DRTFARVIVG GSSEYKINNK VVQLHEYSEE LEKLGILIKA RNFLVFQGAV ESIAMKNPKE RTALFEEISR SGELAQEYDK ...文字列:
MGFLKLIEIE NFKSYKGRQI IGPFQRFTAI IGPNGSGKSN LMDAISFVLG EKTSNLRVKT LRDLIHGAPV GKPAANRAFV SMVYSEEGAE DRTFARVIVG GSSEYKINNK VVQLHEYSEE LEKLGILIKA RNFLVFQGAV ESIAMKNPKE RTALFEEISR SGELAQEYDK RKKEMVKAEE DTQFNYHRKK NIAAERKEAK PGRKAEIMES IKRLYPGSVY GRLIDLCQPT QKKYQIAVTK VLGKNMDAII VDSEKTGRDC IQYIKEQRGE PETFLPLDYL EVKPTDEKLR ELKGAKLVID VIRYEPPHIK KALQYACGNA LVCDNVEDAR RIAFGGHQRH KTVALDGTLF QKSGVISGGA SDLKAKARRW DEKAVDKLKS RLIEIDYGDL CEDLKDAQAE EEIKQEMNTL QQKLNEQQSV LQRIAAPNMK AMEKLESVRD KFQETSDEFE AARKRAKKAK QAFEQIKKER FDRFNACFES VATNIDEIYK ALSRNSSAQA FLGPENPEEP YLDGINYNCV APGKRFRPMD NLSGGEKTVA ALALLFAIHS YKPAPFFVLD EIDAALDNTN IGKVANYIKE QSTCNFQAIV ISLKEEFYTK AESLIGVYPE QGDCVISKVL TFDLTKYPDA NPNPNEQ

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分子 #2: SMC3_truncated

分子名称: SMC3_truncated / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MYIKQVIIQG FRSYRDQTIV DPFSSKHNVI VGRNGSGKSN FFYAIQFVLS DEFSHLRPEQ RLALLHEGTG PRVISAFVEI IFDNSDNRLP IDKEEVSLRR VIGAKKDQYF LDKKMVTKND VMNLLESAGF SRSNPYYIVK QGKINQMATA PDSQRLKLLR EVAGTRVYDE ...文字列:
MYIKQVIIQG FRSYRDQTIV DPFSSKHNVI VGRNGSGKSN FFYAIQFVLS DEFSHLRPEQ RLALLHEGTG PRVISAFVEI IFDNSDNRLP IDKEEVSLRR VIGAKKDQYF LDKKMVTKND VMNLLESAGF SRSNPYYIVK QGKINQMATA PDSQRLKLLR EVAGTRVYDE RKEESISLMK ETEGKREKIN ELLKYIEERL HTLEGTKKQQ LLRAATGKAI LNGIDSINKV LDHFRRKGIN QHVQNGYHGI VMNNFECEPA FYTCVEVTAG NRLFYHIVDS DEVSTKILME FNKMNLPGEV TFLPLNKLDV RDTAYPETND AIPMISKLRY NPRFDKAFKH VFGKTLICRS MEVSTQLARA FTMDCITLEG DQVSHRGALT GGYYDTRKSR LELQKDVRKA ARYQTLSLKQ LFRKLEQCNT ELKKYSHVNK KALDQFVNFS EQKEKLIKRQ EELDRGYKSI MELMNVLELR KYEAIQLTFK QVSKNFSEVF QKLVPGGKAT LVMKKGDVEG SQSQDEGEGS GESERGSGSQ SSVPSVDQFT GVGIRVSFTG KQGEMREMQQ LSGGQKSLVA LALIFAIQKC DPAPFYLFDE IDQALDAQHR KAVSDMIMEL AVHAQFITTT FRPELLESAD KFYGVKFRNK VSHIDVITAE MAKDFVEDDT THGDYKDDDD K

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分子 #3: SCC1

分子名称: SCC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFYAHFVLSK RGPLAKIWLA AHWDKKLTKA HVFECNLESS VESIISPKVK MALRTSGHLL LGVVRIYHRK AKYLLADCNE AFIKIKMAFR PGVVDLPEEN REAAYNAITL PEEFHDFDQP LPDLDDIDVA QQFSLNQSRV EEITMREEVG NISILQENDF GDFGMDDREI ...文字列:
MFYAHFVLSK RGPLAKIWLA AHWDKKLTKA HVFECNLESS VESIISPKVK MALRTSGHLL LGVVRIYHRK AKYLLADCNE AFIKIKMAFR PGVVDLPEEN REAAYNAITL PEEFHDFDQP LPDLDDIDVA QQFSLNQSRV EEITMREEVG NISILQENDF GDFGMDDREI MREGSAFEDD DMLVSTTTSN LLLESEQSTS NLNEKINHLE YEDQYKDDNF GEGNDGGILD DKLISNNDGG IFDDPPALSE AGVMLPEQPA HDDMDEDDNV SMGGPDSPDS VDPVEPMPTM TDQTTLVPNE EEAFALEPID ITVKETKAKR KRKLIVDSVK ELDSKTIRAQ LSDYSDIVTT LDLAPPTKKL MMWKETGGVE KLFSLPAQPL WNNRLLKLFT RCLTPLVPED LRKRRKGGEA DNLDEFLKEF ENPEVPREDQ QQQHQQRDVI DEPIIEEPSR LQESVMEASR TNIDESAMPP PPPQGVKRKA GQIDPEPVMP PQQVEQMEIP PVELPPEEPP NICQLIPELE LLPEKEKEKE KEKEDDEEEE DEDASGGDQD QEERRWNKRT QQMLHGLQRA LAKTGAESIS LLELCRNTNR KQAAAKFYSF LVLKKQQAIE LTQEEPYSDI IATPGPRFHI I

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分子 #4: SA1

分子名称: SA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HAGGAITSEL PVLQDSTNET TAHSDAGSEL EETEVKGKRK RGRPGRPPST NKKPRKSPGE KSRIEAGIRG AGRGRANGHP QQNGEGEPVT LFEVVKLGKS AMQSVVDDWI ESYKQDRDIA LLDLINFFIQ CSGCRGTVRI EMFRNMQNAE IIRKMTEEFD ...文字列:
MHHHHHHHHH HAGGAITSEL PVLQDSTNET TAHSDAGSEL EETEVKGKRK RGRPGRPPST NKKPRKSPGE KSRIEAGIRG AGRGRANGHP QQNGEGEPVT LFEVVKLGKS AMQSVVDDWI ESYKQDRDIA LLDLINFFIQ CSGCRGTVRI EMFRNMQNAE IIRKMTEEFD EDSGDYPLTM PGPQWKKFRS NFCEFIGVLI RQCQYSIIYD EYMMDTVISL LTGLSDSQVR AFRHTSTLAA MKLMTALVNV ALNLSIHQDN TQRQYEAERN KMIGKRANER LELLLQKRKE LQENQDEIEN MMNSIFKGIF VHRYRDAIAE IRAICIEEIG VWMKMYSDAF LNDSYLKYVG WTLHDRQGEV RLKCLKALQS LYTNRELFPK LELFTNRFKD RIVSMTLDKE YDVAVEAIRL VTLILHGSEE ALSNEDCENV YHLVYSAHRP VAVAAGEFLH KKLFSRHDPQ AEEALAKRRG RNSPNGNLIR MLVLFFLESE LHEHAAYLVD SLWESSQELL KDWECMTELL LEEPVQGEEA MSDRQESALI ELMVCTIRQA AEAHPPVGRG TGKRVLTAKE RKTQIDDRNK LTEHFIITLP MLLSKYSADA EKVANLLQIP QYFDLEIYST GRMEKHLDAL LKQIKFVVEK HVESDVLEAC SKTYSILCSE EYTIQNRVDI ARSQLIDEFV DRFNHSVEDL LQEGEEADDD DIYNVLSTLK RLTSFHNAHD LTKWDLFGNC YRLLKTGIEH GAMPEQIVVQ ALQCSHYSIL WQLVKITDGS PSKEDLLVLR KTVKSFLAVC QQCLSNVNTP VKEQAFMLLC DLLMIFSHQL MTGGREGLQP LVFNPDTGLQ SELLSFVMDH VFIDQDEENQ SMEGDEEDEA NKIEALHKRR NLLAAFSKLI IYDIVDMHAA ADIFKHYMKY YNDYGDIIKE TLSKTRQIDK IQCAKTLILS LQQLFNELVQ EQGPNLDRTS AHVSGIKELA RRFALTFGLD QIKTREAVAT LHKDGIEFAF KYQNQKGQEY PPPNLAFLEV LSEFSSKLLR QDKKTVHSYL EKFLTEQMME RREDVWLPLI SYRNSLVTGG EDDRMSVNSG SSSSKTSSVR NKKGRPPLHK KRVEDESLDN TWLNRTDTMI QTPGPLPAPQ LTSTVLRENS RPMGDQIQEP ESEHGSEPDF LHNPQMQISW LGQPKLEDLN RKDRTGMNYM KVRTGVRHAV RGLMEEDAEP IFEDVMMSSR SQLEDMNEEF EDTMVIDLPP SRNRRERAEL RPDFFDSAAI IEDDSGFGMP MF

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHepes pH 7.5
150.0 mMNaCl
2.0 mMMgCl2
0.183 mMATPgammaS

詳細: Continuous 15-40% (v/v) glycerol gradients with a 10% glycerol cushion (0.1 mL): 25 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 2mM MgCl2 0.183 mM ATPgammaS stabilization was accomplished by a modified ...詳細: Continuous 15-40% (v/v) glycerol gradients with a 10% glycerol cushion (0.1 mL): 25 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 2mM MgCl2 0.183 mM ATPgammaS stabilization was accomplished by a modified GraFix protocol: 0.1% (v/v) glutaraldehyde in the 40% glycerol fraction 1 mM N-(p-Maleimidophenyl)isocyanate (PMPI) in DMSO in the 15% glycerol fraction
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 113000
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10546
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 10437
ソフトウェア - 詳細: Relion 1.3 was used for 3D classification

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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