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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40221 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the TnsC(1-503)-TnsD(1-318)-DNA complex in a 7:2:1 stoichiometry from E. coli Tn7 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Transposon / AAA+ ATPase / Oligomer / Complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen Y / Guarne A | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Assembly of the Tn7 targeting complex by a regulated stepwise process. 著者: Yao Shen / Shreya S Krishnan / Michael T Petassi / Mark A Hancock / Joseph E Peters / Alba Guarné / 要旨: The Tn7 family of transposons is notable for its highly regulated integration mechanisms, including programmable RNA-guided transposition. The targeting pathways rely on dedicated target selection ...The Tn7 family of transposons is notable for its highly regulated integration mechanisms, including programmable RNA-guided transposition. The targeting pathways rely on dedicated target selection proteins from the TniQ family and the AAA+ adaptor TnsC to recruit and activate the transposase at specific target sites. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of TnsC bound to the TniQ domain of TnsD from prototypical Tn7 and unveil key regulatory steps stemming from unique behaviors of ATP- versus ADP-bound TnsC. We show that TnsD recruits ADP-bound dimers of TnsC and acts as an exchange factor to release one protomer with exchange to ATP. This loading process explains how TnsC assembles a heptameric ring unidirectionally from the target site. This unique loading process results in functionally distinct TnsC protomers within the ring, providing a checkpoint for target immunity and explaining how insertions at programmed sites precisely occur in a specific orientation across Tn7 elements. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40221.map.gz | 227.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40221-v30.xml emd-40221.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40221_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40221.png | 162.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40221.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_40221_additional_1.map.gz emd_40221_additional_2.map.gz emd_40221_half_map_1.map.gz emd_40221_half_map_2.map.gz | 230 MB 230 MB 226.6 MB 226.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40221 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40221 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40221_validation.pdf.gz | 866.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40221_full_validation.pdf.gz | 865.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40221_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40221_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40221 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40221 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_40221_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_40221_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40221_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40221_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of TnsC(1-503) bound to TnsD(1-318) and DNA with cofactor...
全体 | 名称: Complex of TnsC(1-503) bound to TnsD(1-318) and DNA with cofactors ATP and ADP |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of TnsC(1-503) bound to TnsD(1-318) and DNA with cofactor...
超分子 | 名称: Complex of TnsC(1-503) bound to TnsD(1-318) and DNA with cofactors ATP and ADP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 550 KDa |
-分子 #1: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
分子 | 名称: Transposon Tn7 transposition protein TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 59.318926 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGATRIQAVY RDTGVEAYRD NPFIEALPPL QESVNSAASL KSSLQLTSSD LQKSRVIRAH TICRIPDDYF QPLGTHLLLS ERISVMIRG GYVGRNPKTG DLQKHLQNGY ERVQTGELET FRFEEARSTA QSLLLIGCSG SGKTTSLHRI LATYPQVIYH R ELNVEQVV ...文字列: MGATRIQAVY RDTGVEAYRD NPFIEALPPL QESVNSAASL KSSLQLTSSD LQKSRVIRAH TICRIPDDYF QPLGTHLLLS ERISVMIRG GYVGRNPKTG DLQKHLQNGY ERVQTGELET FRFEEARSTA QSLLLIGCSG SGKTTSLHRI LATYPQVIYH R ELNVEQVV YLKIDCSHNG SLKEICLNFF RALDRALGSN YERRYGLKRH GIETMLALMS QIANAHALGL LVIDEIQHLS RS RSGGSQE MLNFFVTMVN IIGVPVMLIG TPKAREIFEA DLRSARRGAG FGAIFWDPIQ QTQRGKPNQE WIAFTDNLWQ LQL LQRKDA LLSDEVRDVW YELSQGVMDI VVKLFVLAQL RALALGNERI TAGLLRQVYQ DELKPVHPML EALRSGIPER IARY SDLVV PEIDKRLIQL QLDIAAIQEQ TPEEKALQEL DTEDQRHLYL MLKEDYDSSL LIPTIKKAFS QNPTMTRQKL LPLVL QWLM EGETVVSELE KPSKSKKVSP NSSSVDKLAA ALEHHHHHH UniProtKB: Transposon Tn7 transposition protein TnsC |
-分子 #2: Transposon Tn7 transposition protein TnsD
分子 | 名称: Transposon Tn7 transposition protein TnsD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 36.63602 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRNFPVPYSN ELIYSTIARA GVYQGIVSPK QLLDEVYGNR KVVATLGLPS HLGVIARHLH QTGRYAVQQL IYEHTLFPLY APFVGKERR DEAIRLMEYQ AQGAVHLMLG VAASRVKSDN RFRYCPDCVA LQLNRYGEAF WQRDWYLPAL PYCPKHGALV F FDRAVDDH ...文字列: MRNFPVPYSN ELIYSTIARA GVYQGIVSPK QLLDEVYGNR KVVATLGLPS HLGVIARHLH QTGRYAVQQL IYEHTLFPLY APFVGKERR DEAIRLMEYQ AQGAVHLMLG VAASRVKSDN RFRYCPDCVA LQLNRYGEAF WQRDWYLPAL PYCPKHGALV F FDRAVDDH RHQFWALGHT ELLSDYPKDS LSQLTALAAY IAPLLDAPRA QELSPSLEQW TLFYQRLAQD LGLTKSKHIR HD LVAERVR QTFSDEALEK LDLKLAENKD TCWLKSIFRK HRKAFSYLQH SIVWQALLPK LTVIEALQQA SALTEHSITT R UniProtKB: Transposon Tn7 transposition protein TnsD |
-分子 #3: DNA (50-MER)
分子 | 名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 15.438931 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA) (DC)(DG) |
-分子 #4: DNA (50-MER)
分子 | 名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 15.366818 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DG) (DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DT) |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #8: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 1.4 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM MgCl2 |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 79.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |