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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40055 | |||||||||
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タイトル | Focused map of Pex region of Trypanosoma docking complex, (MDH)4-(Pex5)1-(Pex14)1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Peroxisomal transport / Import / PEX / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Sonani RR / Artur B / Jemiola-Rzeminska M / Lipinski O / Patel SN / Sood T / Dubin G | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Trypanosoma MDH4-Pex5, close conformation 著者: Sonani RR / Dubin G | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40055.map.gz | 203.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40055-v30.xml emd-40055.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40055_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40055.png | 56.2 KB | ||
マスクデータ | emd_40055_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-40055.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_40055_half_map_1.map.gz emd_40055_half_map_2.map.gz | 200.6 MB 200.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40055 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40055_validation.pdf.gz | 939.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40055_full_validation.pdf.gz | 939.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40055_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40055_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40055 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40055_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40055_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40055_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of MDH-tetramer and PEX5
全体 | 名称: Complex of MDH-tetramer and PEX5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of MDH-tetramer and PEX5
超分子 | 名称: Complex of MDH-tetramer and PEX5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 42.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |