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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40054 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of fish immunogloblin M-Fc | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Immunoglobulin M / IgM / immune system | |||||||||
生物種 | Oncorhynchus mykiss (アルビノ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Lyu M / Stadtmueller BM / Malyutin AG | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The structure of the teleost Immunoglobulin M core provides insights on polymeric antibody evolution, assembly, and function. 著者: Mengfan Lyu / Andrey G Malyutin / Beth M Stadtmueller / 要旨: Polymeric (p) immunoglobulins (Igs) serve broad functions during vertebrate immune responses. Typically, pIgs contain between two and six Ig monomers, each with two antigen binding fragments and one ...Polymeric (p) immunoglobulins (Igs) serve broad functions during vertebrate immune responses. Typically, pIgs contain between two and six Ig monomers, each with two antigen binding fragments and one fragment crystallization (Fc). In addition, many pIgs assemble with a joining-chain (JC); however, the number of monomers and potential to include JC vary with species and heavy chain class. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of IgM from a teleost (t) species, which does not encode JC. The structure reveals four tIgM Fcs linked through eight C-terminal tailpieces (Tps), which adopt a single β-sandwich-like domain (Tp assembly) located between two Fcs. Specifically, two of eight heavy chains fold uniquely, resulting in a structure distinct from mammalian IgM, which typically contains five IgM monomers, one JC and a centrally-located Tp assembly. Together with mutational analysis, structural data indicate that pIgs have evolved a range of assembly mechanisms and structures, each likely to support unique antibody effector functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40054.map.gz | 83.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40054-v30.xml emd-40054.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40054_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40054.png | 84.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40054.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_40054_half_map_1.map.gz emd_40054_half_map_2.map.gz | 154.3 MB 154.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40054 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40054_validation.pdf.gz | 759.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40054_full_validation.pdf.gz | 758.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40054_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40054_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40054 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40054_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40054_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) immunoglobulin M Fc
全体 | 名称: rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) immunoglobulin M Fc |
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要素 |
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-超分子 #1: rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) immunoglobulin M Fc
超分子 | 名称: rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) immunoglobulin M Fc タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Heavy chain constant domains 3 and 4 including C-terminal tailpiece |
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由来(天然) | 生物種: Oncorhynchus mykiss (アルビノ) |
-分子 #1: Teleost immunoglobulin M protein
分子 | 名称: Teleost immunoglobulin M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oncorhynchus mykiss (アルビノ) |
分子量 | 理論値: 26.998514 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: HHHHHHHGHL VVITIIEPSL EDMLMNKKAQ LVCDVNELVP GFLSVKWEND NGKTLTSRKG VTDKIAILDI TYEDWSNGTV FYCAVDHME NLGDLVKKAY KRETGGVPQR PSVFLLAPAE QTSDNTVTLT CYVKDFYPKD VLVAWLVDDE PVERTSSSAL Y QFNTTSQI ...文字列: HHHHHHHGHL VVITIIEPSL EDMLMNKKAQ LVCDVNELVP GFLSVKWEND NGKTLTSRKG VTDKIAILDI TYEDWSNGTV FYCAVDHME NLGDLVKKAY KRETGGVPQR PSVFLLAPAE QTSDNTVTLT CYVKDFYPKD VLVAWLVDDE PVERTSSSAL Y QFNTTSQI QSGRTYSVYS QLTFSNDLWK NEEVVYSCVV YHESMIKSTN IIMRTIDRTS NQPNLVNLSL NVPQRCMAQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.029 kPa / 詳細: Pelco easiGlow at 25 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3618 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: Images were collected with SerialEM using beam image-shift in a 3x3x3 pattern. A total of ~60 e/A2 was fractionated into 40 frames movies. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |