+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40046 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourner/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to GS10-X6-BE4 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | NIAID / hemagglutinin stalk binding antibody / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the broad antigenicity of the computationally optimized influenza hemagglutinin X6. 著者: Kaito A Nagashima / John V Dzimianski / Meng Yang / Jan Abendroth / Giuseppe A Sautto / Ted M Ross / Rebecca M DuBois / Thomas E Edwards / Jarrod J Mousa / 要旨: Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been ...Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been previously applied to hemagglutinin (HA). This approach integrates wild-type HA sequences into a single immunogen to expand the breadth of accessible antibody epitopes. Adding to previous studies of H1, H3, and H5 COBRA HAs, we define the structural features of another H1 subtype COBRA, X6, that incorporates HA sequences from before and after the 2009 H1N1 influenza pandemic. We determined structures of this antigen alone and in complex with COBRA-specific as well as broadly reactive and functional antibodies, analyzing its antigenicity. We found that X6 possesses features representing both historic and recent H1 HA strains, enabling binding to both head- and stem-reactive antibodies. Overall, these data confirm the integrity of broadly reactive antibody epitopes of X6 and contribute to design efforts for a next-generation vaccine. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40046.map.gz | 625.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-40046-v30.xml emd-40046.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40046_fsc.xml | 19.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40046.png | 62.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40046.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_40046_half_map_1.map.gz emd_40046_half_map_2.map.gz | 615.2 MB 615.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40046 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40046 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40046_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_40046_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40046_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40046_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40046 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40046 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 662.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.675 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40046_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40046_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourner/1/1946 (H1N1) ...
全体 | 名称: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourner/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to GS10-X6-BE4 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourner/1/1946 (H1N1) ...
超分子 | 名称: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourner/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to GS10-X6-BE4 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
分子量 | 理論値: 221 KDa |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: 1/Melbourne/1/1946(H1N1) |
分子量 | 理論値: 53.994246 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYANNK ...文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYANNK EKEVLVLWGV HHPPNIGDQR ALYHTENAYV SVVSSHYSRK FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPRYAFALS RGFGSGIITS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI PSIAGF IEGGWTGMVD GWYGYHHQNE QGSGYAADQK STQNAINGIT NKVNSVIEKM NTQFTAVGKE FNKLERRMEN LNKK VDDGF LDIWTYNAEL LVLLENERTL DFHDSNVKNL YEKVKSQLKN NAKEIGNGCF EFYHKCNNEC MESVKNGTYD YPKYS |
-分子 #2: GS10-X6-BE4 Fab Heavy chain
分子 | 名称: GS10-X6-BE4 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 16.154263 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVLGLKWVFF VVLYQGVHCE VQLVESGGGL VQPKGSLKLS CATSGFTFNT FDMHWVRQAP GKDLEWVARI RTKGNSYATY YAASVKDRI TISRDDSQSM LYLEMNSLRS EDTAMYYCVR EGGHYYGYYF DFWGQGTTLT VSS |
-分子 #3: GS10-X6-BE4 Fab light chain
分子 | 名称: GS10-X6-BE4 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.949619 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSSAQFLGLL LLCFQGTRCE IQMTQTTSSL SASLGDRVTI SCRASQDIYN YLNWYQQQPD GAVKLLIYYT SKLHSGVPSR FSGSGSGTD YSLTITNLEQ EDIATYFCQQ GYTLPYTFGG GTKLEIK |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 9 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: LACEY | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7031 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |