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- EMDB-40044: cryo-EM structure of hSlo1 in plasma membrane vesicles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40044
タイトルcryo-EM structure of hSlo1 in plasma membrane vesicles
マップデータcryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles, sharpened with a B-factor of 59.1
試料
  • 複合体: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードSlo1 / BK channel / Ca2+- and voltage-activated K+ channel / ion channel / plasma membrane vesicles / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / large conductance calcium-activated potassium channel activity / Ca2+ activated K+ channels / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / response to carbon monoxide / response to osmotic stress / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / large conductance calcium-activated potassium channel activity / Ca2+ activated K+ channels / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / response to carbon monoxide / response to osmotic stress / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / cGMP effects / intracellular potassium ion homeostasis / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / response to calcium ion / caveola / potassium ion transport / vasodilation / actin binding / postsynaptic membrane / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tao X / Zhao C / MacKinnon R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Jane Coffin Childs (JCC) Fund 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Membrane protein isolation and structure determination in cell-derived membrane vesicles.
著者: Xiao Tao / Chen Zhao / Roderick MacKinnon /
要旨: Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of ...Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of proteins in membrane vesicles derived directly from cells. Structures of the ion channel Slo1 from total cell membranes and from cell plasma membranes were determined at 3.8 Å and 2.7 Å resolution, respectively. The plasma membrane environment stabilizes Slo1, revealing an alteration of global helical packing, polar lipid, and cholesterol interactions that stabilize previously unresolved regions of the channel and an additional ion binding site in the Ca regulatory domain. The two methods presented enable structural analysis of both internal and plasma membrane proteins without disrupting weakly interacting proteins, lipids, and cofactors that are essential to biological function.
履歴
登録2023年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles, sharpened with a B-factor of 59.1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 416 pix.
= 309.088 Å		0.74 Å/pix.
x 416 pix.
= 309.088 Å		0.74 Å/pix.
x 416 pix.
= 309.088 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.743 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.508687 - 0.9203312
平均 (標準偏差)0.0013251947 (±0.030779773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 309.08798 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened cryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles

ファイルemd_40044_additional_1.map
注釈unsharpened cryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 of hSlo1 in plasma membrane vesicles

ファイルemd_40044_half_map_1.map
注釈half map 1 of hSlo1 in plasma membrane vesicles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 of hSlo1 in plasma membrane vesicles

ファイルemd_40044_half_map_2.map
注釈half map 2 of hSlo1 in plasma membrane vesicles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ALFA-hSlo1-eGFP ion channel

全体名称: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel
要素
  • 複合体: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel

超分子名称: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

分子名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 122.440102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPSRLEEEL RRRLTEPDAL IIPVTMEVPC DSRGQRMWWA FLASSMVTFF GGLFIILLWR TLKYLWTVCC HCGGKTKEAQ KINNGSSQA DGTLKPVDEK EEAVAAEVGW MTSVKDWAGV MISAQTLTGR VLVVLVFALS IGALVIYFID SSNPIESCQN F YKDFTLQI ...文字列:
MAPSRLEEEL RRRLTEPDAL IIPVTMEVPC DSRGQRMWWA FLASSMVTFF GGLFIILLWR TLKYLWTVCC HCGGKTKEAQ KINNGSSQA DGTLKPVDEK EEAVAAEVGW MTSVKDWAGV MISAQTLTGR VLVVLVFALS IGALVIYFID SSNPIESCQN F YKDFTLQI DMAFNVFFLL YFGLRFIAAN DKLWFWLEVN SVVDFFTVPP VFVSVYLNRS WLGLRFLRAL RLIQFSEILQ FL NILKTSN SIKLVNLLSI FISTWLTAAG FIHLVENSGD PWENFQNNQA LTYWECVYLL MVTMSTVGYG DVYAKTTLGR LFM VFFILG GLAMFASYVP EIIELIGNRK KYGGSYSAVS GRKHIVVCGH ITLESVSNFL KDFLHKDRDD VNVEIVFLHN ISPN LELEA LFKRHFTQVE FYQGSVLNPH DLARVKIESA DACLILANKY CADPDAEDAS NIMRVISIKN YHPKIRIITQ MLQYH NKAH LLNIPSWNWK EGDDAICLAE LKLGFIAQSC LAQGLSTMLA NLFSMRSFIK IEEDTWQKYY LEGVSNEMYT EYLSSA FVG LSFPTVCELC FVKLKLLMIA IEYKSANRES RILINPGNHL KIQEGTLGFF IASDAKEVKR AFFYCKACHD DITDPKR IK KCGCKRLEDE QPSTLSPKKK QRNGGMRNSP NTSPKLMRHD PLLIPGNDQI DNMDSNVKKY DSTGMFHWCA PKEIEKVI L TRSEAAMTVL SGHVVVCIFG DVSSALIGLR NLVMPLRASN FHYHELKHIV FVGSIEYLKR EWETLHNFPK VSILPGTPL SRADLRAVNI NLCDMCVILS ANQNNIDDTS LQDKECILAS LNIKSMQFDD SIGVLQANSQ GFTPPGMDRS SPDNSPVHGM LRQPSITTG VNIPIITELV NDTNVQFLDQ DDDDDPDTEL YLTQPFACGT AFAVSVLDSL MSATYFNDNI LTLIRTLVTG G ATPELEAL IAEENALRGG YSTPQTLANR DRCRVAQLAL LDGPFADLGD GGCYGDLFCK ALKTYNMLCF GIYRLRDAHL ST PSQCTKR YVITNPPYEF ELVPTDLIFC LMQFD(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 88 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 24 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #6: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 22 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 6 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio model by cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 32063
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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