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万見
- EMDB-40007: Local map of SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40007
タイトルLocal map of SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21B10
マップデータLocal refinement map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to antibody 002-S21B10. Used in construction of composite map EMD-29950.
試料
  • 複合体: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
    • 複合体: Antibody 002-S21B10
    • 複合体: Spike glycoprotein trimer
キーワードantibody / spike / SARS-CoV-2 / viral protein-immune system complex / viral protein
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Patel A / Ortlund EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5U19 AI14237-04 (subaward 000520244-SP008-SC014) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Elucidating the mechanism of SARS-CoV-2 Omicron variant escape from a RBD class-3 human antibody
著者: Patel A / Kumar S / Lai L / Chakravarthy C / Valanparambil R / Keen M / Laughlin ZT / Frank F / Cheedarla N / Verkerke HP / Neish AS / Roback JD / Davis CW / Wrammert J / Ahmed R / Suthar MS ...著者: Patel A / Kumar S / Lai L / Chakravarthy C / Valanparambil R / Keen M / Laughlin ZT / Frank F / Cheedarla N / Verkerke HP / Neish AS / Roback JD / Davis CW / Wrammert J / Ahmed R / Suthar MS / Murali-Krishna K / Chandele A / Ortlund EA
履歴
登録2023年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40007.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to antibody 002-S21B10. Used in construction of composite map EMD-29950.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 416 pix.
= 440.211 Å		1.06 Å/pix.
x 416 pix.
= 440.211 Å		1.06 Å/pix.
x 416 pix.
= 440.211 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0582 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0992
最小 - 最大-1.1721083 - 1.7947717
平均 (標準偏差)-0.0004985869 (±0.015352613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 440.2112 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of local refinement map of SARS-CoV-2...

ファイルemd_40007_half_map_1.map
注釈Half map of local refinement map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to antibody 002-S21B10.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of local refinement map of SARS-CoV-2...

ファイルemd_40007_half_map_2.map
注釈Half map of local refinement map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to antibody 002-S21B10.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer

全体名称: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
要素
  • 複合体: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
    • 複合体: Antibody 002-S21B10
    • 複合体: Spike glycoprotein trimer

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超分子 #1: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer

超分子名称: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Antibody 002-S21B10

超分子名称: Antibody 002-S21B10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Spike glycoprotein trimer

超分子名称: Spike glycoprotein trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClSodium Chloride
2.7 mMKClPotassium Chloride
8.0 mMNa2HPO4Sodium phosphate dibasic
2.0 mMKH2PO4Potassium phosphate monobasic
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9054 / 平均電子線量: 54.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1021598
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 326424
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 255399 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 100.25 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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