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- EMDB-3989: Morphology V - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNV... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3989
タイトルMorphology V - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
マップデータ
試料
  • 複合体: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of a Human AL Patient
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å
データ登録者Close W / Faendrich M
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Physical basis of amyloid fibril polymorphism.
著者: William Close / Matthias Neumann / Andreas Schmidt / Manuel Hora / Karthikeyan Annamalai / Matthias Schmidt / Bernd Reif / Volker Schmidt / Nikolaus Grigorieff / Marcus Fändrich /
要旨: Polymorphism is a key feature of amyloid fibril structures but it remains challenging to explain these variations for a particular sample. Here, we report electron cryomicroscopy-based ...Polymorphism is a key feature of amyloid fibril structures but it remains challenging to explain these variations for a particular sample. Here, we report electron cryomicroscopy-based reconstructions from different fibril morphologies formed by a peptide fragment from an amyloidogenic immunoglobulin light chain. The observed fibril morphologies vary in the number and cross-sectional arrangement of a structurally conserved building block. A comparison with the theoretically possible constellations reveals the experimentally observed spectrum of fibril morphologies to be governed by opposing sets of forces that primarily arise from the β-sheet twist, as well as peptide-peptide interactions within the fibril cross-section. Our results provide a framework for rationalizing and predicting the structure and polymorphism of cross-β fibrils, and suggest that a small number of physical parameters control the observed fibril architectures.
履歴
登録2017年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2018年2月28日-
更新2018年2月28日-
現状2018年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 183
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 183
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3989.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 54.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.1 Å/pix.
x 1440 pix.
= 3024. Å		2.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 210. Å		2.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 210. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 183. / ムービー #1: 183
最小 - 最大-405.229600000000005 - 566.714799999999968
平均 (標準偏差)28.494734000000001 (±117.652050000000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin95955
サイズ1001001440
Spacing1001001440
セルA: 209.99998 Å / B: 209.99998 Å / C: 3023.9998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.12.12.1
M x/y/z1001001440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z210.000210.0003024.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS95955
NC/NR/NS1001001440
D min/max/mean-405.230566.71528.495

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain...

全体名称: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of a Human AL Patient
要素
  • 複合体: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of a Human AL Patient

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超分子 #1: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain...

超分子名称: Amyloidogenic Fragment IGSNVVTWYQQL of Immunoglobulin Light Chain of a Human AL Patient
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度5.00 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: Tris
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細: Incubation of fibril solution on glow discharged holey carbon grid for 30 seconds and backside blotting for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-73 / 実像数: 458 / 平均露光時間: 21.9 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.69 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0.84 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIX (ver. 1.1) / 使用した粒子像数: 1673
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0.4)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Startup model was generated using FREALIX
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIX (ver. 1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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