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- EMDB-39879: EmrAB-TolC MFS-type tripartite multidrug efflux pump EA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39879
タイトルEmrAB-TolC MFS-type tripartite multidrug efflux pump EA
マップデータ
試料
  • 複合体: EmrAB-TolC
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug export protein EmrA
  • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
  • タンパク質・ペプチド: Multidrug export protein EmrB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / response to steroid hormone / bile acid and bile salt transport ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / response to steroid hormone / bile acid and bile salt transport / porin activity / monoatomic ion channel activity / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / response to toxic substance / cell outer membrane / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Drug resistance transporter EmrB-like / Efflux pump membrane protein / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein ...Drug resistance transporter EmrB-like / Efflux pump membrane protein / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC / Multidrug export protein EmrB / Multidrug export protein EmrA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Du D / Zhong Z / Tuerxunjiang M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971133 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EmrAB-TolC MFS-type tripartite multidrug efflux pump EA
著者: Du D / Zhong Z / Tuerxunjiang M
履歴
登録2024年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 436. Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 436. Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 436. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.006272217 - 1.8081024
平均 (標準偏差)0.00084149005 (±0.022026004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 436.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39879_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_39879_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39879_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EmrAB-TolC

全体名称: EmrAB-TolC
要素
  • 複合体: EmrAB-TolC
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug export protein EmrA
  • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
  • タンパク質・ペプチド: Multidrug export protein EmrB

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超分子 #1: EmrAB-TolC

超分子名称: EmrAB-TolC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Multidrug export protein EmrA

分子名称: Multidrug export protein EmrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 37.594523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: RHFEETDDAY VAGNQIQIMS QVSGSVTKVW ADNTDFVKEG DVLVTLDPTD ARQAFEKAKT ALASSVRQTH QLMINSKQLQ ANIEVQKIA LAKAQSDYNR RVPLGNANLI GREELQHARD AVTSAQAQLD VAIQQYNANQ AMILGTKLED QPAVQQAATE V RNAWLALE ...文字列:
RHFEETDDAY VAGNQIQIMS QVSGSVTKVW ADNTDFVKEG DVLVTLDPTD ARQAFEKAKT ALASSVRQTH QLMINSKQLQ ANIEVQKIA LAKAQSDYNR RVPLGNANLI GREELQHARD AVTSAQAQLD VAIQQYNANQ AMILGTKLED QPAVQQAATE V RNAWLALE RTRIISPMTG YVSRRAVQPG AQISPTTPLM AVVPATNMWV DANFKETQIA NMRIGQPVTI TTDIYGDDVK YT GKVVGLD MGTGSAFSLL PAQNATGNWI KVVQRLPVRI ELDQKQLEQY PLRIGLSTLV SVNTTNRDGQ VLANKVRSTP VAV STAREI SLAPVNKLID DIVKANAG

UniProtKB: Multidrug export protein EmrA

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分子 #2: Outer membrane protein TolC

分子名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 47.00384 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: ENLMQVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIFDMSK WRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AITDVQNARA Q YDTVLANE ...文字列:
ENLMQVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIFDMSK WRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AITDVQNARA Q YDTVLANE LTARNNLDNA VEQLRQITGN YYPELAALNV ENFKTDKPQP VNALLKEAEK RNLSLLQARL SQDLAREQIR QA QDGHLPT LDLTASTGIS DTSYSGSKTR GAAGTQYDDS NMGQNKVGLS FSLPIYQGGM VNSQVKQAQY NFVGASEQLE SAH RSVVQT VRSSFNNINA SISSINAYKQ AVVSAQSSLD AMEAGYSVGT RTIVDVLDAT TTLYNAKQEL ANARYNYLIN QLNI KSALG TLNEQDLLAL NNALSKPVST NPE

UniProtKB: Outer membrane protein TolC

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分子 #3: Multidrug export protein EmrB

分子名称: Multidrug export protein EmrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 53.991133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: AQLVIMTIAL SLATFMQVLD STIANVAIPT IAGNLGSSLS QGTWVITSFG VANAISIPLT GWLAKRVGEV KLFLWSTIAF AIASWACGV SSSLNMLIFF RVIQGIVAGP LIPLSQSLLL NNYPPAKRSI ALALWSMTVI VAPICGPILG GYISDNYHWG W IFFINVPI ...文字列:
AQLVIMTIAL SLATFMQVLD STIANVAIPT IAGNLGSSLS QGTWVITSFG VANAISIPLT GWLAKRVGEV KLFLWSTIAF AIASWACGV SSSLNMLIFF RVIQGIVAGP LIPLSQSLLL NNYPPAKRSI ALALWSMTVI VAPICGPILG GYISDNYHWG W IFFINVPI GVAVVLMTLQ TLRGRETRTE RRRIDAVGLA LLVIGIGSLQ IMLDRGKELD WFSSQEIIIL TVVAVVAICF LI VWELTDD NPIVDLSLFK SRNFTIGCLC ISLAYMLYFG AIVLLPQLLQ EVYGYTATWA GLASAPVGII PVILSPIIGR FAH KLDMRR LVTFSFIMYA VCFYWRAYTF EPGMDFGASA WPQFIQGFAV ACFFMPLTTI TLSGLPPERL AAASSLSNFT RTLA GSIGT SITTTMWTNR ESMHHAQLTE SVNPFNPNAQ AMYSQLEGLG MTQQQASGWI AQQITNQGLI ISANEIFWMS AGIFL VLLG LVWFAKPPFG

UniProtKB: Multidrug export protein EmrB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/HE
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19180
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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