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万見
- EMDB-39874: Cryo-EM structure of the gdTCR-CD3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39874
タイトルCryo-EM structure of the gdTCR-CD3 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: TCR-CD3
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: TRA@ protein
    • タンパク質・ペプチド: CD3
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードcomplex / immune / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / protein complex oligomerization / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / cerebellum development / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / apoptotic signaling pathway / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / protein transport / cell-cell junction / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / T cell receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / dendritic spine / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / : / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM ...T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / : / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / TRA@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Bai Y / Zhu Y / Huang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the gdTCR-CD3 complex
著者: Bai Y / Zhu Y / Huang Z
履歴
登録2024年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39874.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.37
最小 - 最大-5.9638104 - 5.9065127
平均 (標準偏差)-0.0008496243 (±0.060612947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39874_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39874_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TCR-CD3

全体名称: TCR-CD3
要素
  • 複合体: TCR-CD3
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: TRA@ protein
    • タンパク質・ペプチド: CD3
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: TCR-CD3

超分子名称: TCR-CD3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.81052 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKWKALFTAA ILQAQLPITE AQSFGLLDPK LCYLLDGILF IYGVILTALF LRVKFSRSAD APAYQQGQNQ LYNELNLGRR EEYDVLDKR RGRDPEMGGK PQRRKNPQEG LYNELQKDKM AEAYSEIGMK GERRRGKGHD GLYQGLSTAT KDTYDALHMQ A LPPRS

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

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分子 #2: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.949537 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEHSTFLSGL VLATLLSQVS PFKIPIEELE DRVFVNCNTS ITWVEGTVGT LLSDITRLDL GKRILDPRGI YRCNGTDIYK DKESTVQVH YRMCQSCVEL DPATVAGIIV TDVIATLLLA LGVFCFAGHE TGRLSGAADT QALLRNDQVY QPLRDRDDAQ Y SHLGGNWA RNK

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

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分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.174227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA ...文字列:
MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA GGRQRGQNKE RPPPVPNPDY EPIRKGQRDL YSGLNQRRI

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

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分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.493457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEQGKGLAVL ILAIILLQGT LAQSIKGNHL VKVYDYQEDG SVLLTCDAEA KNITWFKDGK MIGFLTEDKK KWNLGSNAKD PRGMYQCKG SQNKSKPLQV YYRMCQNCIE LNAATISGFL FAEIVSIFVL AVGVYFIAGQ DGVRQSRASD KQTLLPNDQL Y QPLKDRED DQYSHLQGNQ LRRN

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

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分子 #5: TRA@ protein

分子名称: TRA@ protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.389428 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLFSSLLCVF VAFSYSGSSV AQKVTQAQSS VSMPVRKAVT LNCLYETSWW SYYIFWYKQL PSKEMIFLIR QGSDEQNAKS GRYSVNFKK AAKSVALTIS ALQLEDSAKY FCALGDPGGL NTDKLIFGKG TRVTVEPRSQ PHTKPSVFVM KNGTNVACLV K EFYPKDIR ...文字列:
MLFSSLLCVF VAFSYSGSSV AQKVTQAQSS VSMPVRKAVT LNCLYETSWW SYYIFWYKQL PSKEMIFLIR QGSDEQNAKS GRYSVNFKK AAKSVALTIS ALQLEDSAKY FCALGDPGGL NTDKLIFGKG TRVTVEPRSQ PHTKPSVFVM KNGTNVACLV K EFYPKDIR INLVSSKKIT EFDPAIVISP SGKYNAVKLG KYEDSNSVTC SVQHDNKTVH STDFEVKTDS TDHVKPKETE NT KQPSKSC HKPKAIVHTE KVNMMSLTVL GLRMLFAKTV AVNFLLTAKL FFL

UniProtKB: TRA@ protein, TRA@ protein

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分子 #6: CD3

分子名称: CD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.324605 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRVALVVLLA FLSPASQKSS NLEGGTKSVT RPTRSSAEIT CDLTVINAFY IHWYLHQEGK APQRLLYYDV SNSKDVLESG LSPGKYYTH TPRRWSWILI LRNLIENDSG VYYCATWDRG NPKTHYYKKL FGSGTTLVVT DKQLDADVSP KPTIFLPSIA E TKLQKAGT ...文字列:
MRVALVVLLA FLSPASQKSS NLEGGTKSVT RPTRSSAEIT CDLTVINAFY IHWYLHQEGK APQRLLYYDV SNSKDVLESG LSPGKYYTH TPRRWSWILI LRNLIENDSG VYYCATWDRG NPKTHYYKKL FGSGTTLVVT DKQLDADVSP KPTIFLPSIA E TKLQKAGT YLCLLEKFFP DVIKIHWQEK KSNTILGSQE GNTMKTNDTY MKFSWLTVPE ESLDKEHRCI VRHENNKNGV DG EIIFPPI KTDVITMDPK DNASKDANDV ITMDPKDNWS KDANDTLLLQ LTNTSAYYTY LLLLLKSVVY FAIITCCLLR RTA FCCNGE KS

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1387252
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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