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- EMDB-39854: Cryo-EM structure of RIPK1 RHIM PFFs cross seeded RIPK3 RHIM amyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39854
タイトルCryo-EM structure of RIPK1 RHIM PFFs cross seeded RIPK3 RHIM amyloid fibril
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: RIPK1 RHIM PFFs cross seeded human RIPK3 RHIM fibril
    • タンパク質・ペプチド: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードamyloid fibril / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / TRIF-mediated programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / regulation of type II interferon production ...regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / TRIF-mediated programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / regulation of type II interferon production / programmed necrotic cell death / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / necroptotic signaling pathway / activation of protein kinase activity / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / T cell homeostasis / necroptotic process / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / thymus development / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / apoptotic signaling pathway / protein modification process / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / amyloid fibril formation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / transcription coactivator activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.56 Å
データ登録者Ma Y / Zhao K / Liu C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82188101 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of RIPK1 RHIM PFFs cross seeded RIPK3 RHIM amyloid fibril
著者: Ma Y / Zhao K / Liu C
履歴
登録2024年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39854.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0121
最小 - 最大-0.07183689 - 0.09688397
平均 (標準偏差)0.00007323035 (±0.0015859249)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39854_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39854_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RIPK1 RHIM PFFs cross seeded human RIPK3 RHIM fibril

全体名称: RIPK1 RHIM PFFs cross seeded human RIPK3 RHIM fibril
要素
  • 細胞器官・細胞要素: RIPK1 RHIM PFFs cross seeded human RIPK3 RHIM fibril
    • タンパク質・ペプチド: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3

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超分子 #1: RIPK1 RHIM PFFs cross seeded human RIPK3 RHIM fibril

超分子名称: RIPK1 RHIM PFFs cross seeded human RIPK3 RHIM fibril
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3

分子名称: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.311755 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSDSMAQP PQTPETSTFR NQMPSPTSTG TPSPGPRGNQ GAERQGMNWS CRTPEPNPVT GRPLVNIYNC SGVQVGDNNY LTMQQTTAL PTWGLAPSGK GRGLQHPPPV GSQEGPKDPE AWSRPQGWYN HSGKLEHHHH HH

UniProtKB: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.8 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -7.53 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45526
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7da4

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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