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万見
- EMDB-39834: SLC19A2-Pyridoxine inward structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39834
タイトルSLC19A2-Pyridoxine inward structure
マップデータ
試料
  • 複合体: SLC19A3-Thiamine complex
    • タンパク質・ペプチド: Thiamine transporter 1
  • リガンド: 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol
キーワードThiamine transporter / MFS / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid transmembrane transporter activity / pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine transport / thiamine diphosphate biosynthetic process / transmembrane transport / spermatogenesis ...folic acid transmembrane transporter activity / pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine transport / thiamine diphosphate biosynthetic process / transmembrane transport / spermatogenesis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thiamine transporter 1 / Reduced folate carrier / Reduced folate carrier / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamine transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Li PP / Zhu ZN / Wang Y / Gao P / Qu QH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Substrate transport and drug interaction of human thiamine transporters SLC19A2/A3.
著者: Peipei Li / Zhini Zhu / Yong Wang / Xuyuan Zhang / Chuanhui Yang / Yalan Zhu / Zixuan Zhou / Yulin Chao / Yonghui Long / Yina Gao / Songqing Liu / Liguo Zhang / Pu Gao / Qianhui Qu /
要旨: Thiamine and pyridoxine are essential B vitamins that serve as enzymatic cofactors in energy metabolism, protein and nucleic acid biosynthesis, and neurotransmitter production. In humans, thiamine ...Thiamine and pyridoxine are essential B vitamins that serve as enzymatic cofactors in energy metabolism, protein and nucleic acid biosynthesis, and neurotransmitter production. In humans, thiamine transporters SLC19A2 and SLC19A3 primarily regulate cellular uptake of both vitamins. Genetic mutations in these transporters, which cause thiamine and pyridoxine deficiency, have been implicated in severe neurometabolic diseases. Additionally, various prescribed medicines, including metformin and fedratinib, manipulate thiamine transporters, complicating the therapeutic effect. Despite their physiological and pharmacological significance, the molecular underpinnings of substrate and drug recognition remain unknown. Here we present ten cryo-EM structures of human thiamine transporters SLC19A3 and SLC19A2 in outward- and inward-facing conformations, complexed with thiamine, pyridoxine, metformin, fedratinib, and amprolium. These structural insights, combined with functional characterizations, illuminate the translocation mechanism of diverse chemical entities, and enhance our understanding of drug-nutrient interactions mediated by thiamine transporters.
履歴
登録2024年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39834.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-4.879629 - 4.643675
平均 (標準偏差)0.0006001817 (±0.046803705)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 279.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39834_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39834_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SLC19A3-Thiamine complex

全体名称: SLC19A3-Thiamine complex
要素
  • 複合体: SLC19A3-Thiamine complex
    • タンパク質・ペプチド: Thiamine transporter 1
  • リガンド: 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol

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超分子 #1: SLC19A3-Thiamine complex

超分子名称: SLC19A3-Thiamine complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Thiamine transporter 1

分子名称: Thiamine transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.432605 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDVPGPVSRR AAAAAATVLL RTARVRRECW FLPTALLCAY GFFASLRPSE PFLTPYLLGP DKNLTEREVF NEIYPVWTYS YLVLLFPVF LATDYLRYKP VVLLQGLSLI VTWFMLLYAQ GLLAIQFLEF FYGIATATEI AYYSYIYSVV DLGMYQKVTS Y CRSATLVG ...文字列:
MDVPGPVSRR AAAAAATVLL RTARVRRECW FLPTALLCAY GFFASLRPSE PFLTPYLLGP DKNLTEREVF NEIYPVWTYS YLVLLFPVF LATDYLRYKP VVLLQGLSLI VTWFMLLYAQ GLLAIQFLEF FYGIATATEI AYYSYIYSVV DLGMYQKVTS Y CRSATLVG FTVGSVLGQI LVSVAGWSLF SLNVISLTCV SVAFAVAWFL PMPQKSLFFH HIPSTCQRVN GIKVQNGGIV TD TPASNHL PGWEDIESKI PLNMEEPPVE EPEPKPDRLL VLKVLWNDFL MCYSSRPLLC WSVWWALSTC GYFQVVNYTQ GLW EKVMPS RYAAIYNGGV EAVSTLLGAV AVFAVGYIKI SWSTWGEMTL SLFSLLIAAA VYIMDTVGNI WVCYASYVVF RIIY MLLIT IATFQIAANL SMERYALVFG VNTFIALALQ TLLTLIVVDA SGLGLEITTQ FLIYASYFAL IAVVFLASGA VSVMK KCRK LEDPQSSSQV TTS

UniProtKB: Thiamine transporter 1

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分子 #2: 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol

分子名称: 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: UEG
分子量理論値: 169.178 Da
Chemical component information

ChemComp-UEG:
4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 157332
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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