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- EMDB-39820: Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 mol... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39820
タイトルStructure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / CRF_07BC / Env / CD4 / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / response to methamphetamine hydrochloride / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin / T cell selection / MHC class II protein binding / positive regulation of kinase activity / interleukin-15-mediated signaling pathway ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / response to methamphetamine hydrochloride / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin / T cell selection / MHC class II protein binding / positive regulation of kinase activity / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / response to vitamin D / regulation of T cell activation / extracellular matrix structural constituent / Other interleukin signaling / T cell receptor complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of protein kinase activity / regulation of calcium ion transport / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / T cell differentiation / immunoglobulin binding / Co-inhibition by PD-1 / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Vpu mediated degradation of CD4 / host cell endosome membrane / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein phosphorylation / MHC class II protein complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / transmembrane signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / response to estradiol / signaling receptor activity / virus receptor activity / response to ethanol / defense response to Gram-negative bacterium / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / positive regulation of viral entry into host cell / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / viral protein processing / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / enzyme binding / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / T-cell surface glycoprotein CD4
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Li D / Wang T
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Intermediate open state of CD4-bound HIV-1 env heterotrimers in asia CRFs.
著者: Dan Li / Li Liu / Xuejun Ye / Yuyang Chen / Qiaoju Ren / ShaoJian Xu / Yan Ren / He Cao / Tao Wang /
要旨: The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) plays crucial role in viral infection by facilitating viral attachment to host cells and inducing fusion of the virus with the host cell membrane. This fusion ...The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) plays crucial role in viral infection by facilitating viral attachment to host cells and inducing fusion of the virus with the host cell membrane. This fusion allows the HIV-1 viral genome to enter the target cell then triggering various stages of the viral life cycle. The native Env directly interacts with the main receptor CD4 and the co-receptor (CCR5 or CXCR4) in human cell membrane then induces membrane fusion. The elucidation of the structure of Env with CD4 and co-receptors in different HIV-1 subtypes is essential for the understanding of the mechanism of virus entry. Here we report the Cryo-EM structure of the CD4-bound HIV-1 heterotrimeric Env from Asia prevalent CRF07_BC CH119 strain. In this structure, the binding of three CD4 molecules with Env induced extensively conformational changes in gp120, resulting in the transformation of the Env from close state to intermediate open state. Additionally, the conformational shift of V1/V2 loops of the heterotrimeric Env allosterically expose the V3 loop and promoting the further interactions with co-receptor CCR5 or CXCR4. These findings not only illustrate the structural complexity and plasticity of HIV-1 Env but also give new insights how the biological trimeric Env initialize the immune recognition and membrane fusion.
履歴
登録2024年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 415. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 415. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 415. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.049
最小 - 最大-1.1794897 - 1.5211313
平均 (標準偏差)0.00056501105 (±0.019692048)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 415.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39820_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39820_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 mol...

全体名称: Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules
要素
  • 複合体: Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 mol...

超分子名称: Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 58.258125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAVGNL WVTVYYGVPV WKEATTTLFC ASDAKAYDTE VHNVWATHAC VPTDPSPQE LVLENVTENF NMWKNEMVNQ MHEDVISLWD QSLKPCVKLT PLCVTLECSK VSNNETDKYN GTEEMKNCSF N ATTVVRDR ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAVGNL WVTVYYGVPV WKEATTTLFC ASDAKAYDTE VHNVWATHAC VPTDPSPQE LVLENVTENF NMWKNEMVNQ MHEDVISLWD QSLKPCVKLT PLCVTLECSK VSNNETDKYN GTEEMKNCSF N ATTVVRDR QQKVYALFYR LDIVPLTEKN SSENSSKYYR LINCNTSAIT QACPKVSFEP IPIHYCTPAG YAILKCNDKT FN GTGPCHN VSTVQCTHGI KPVVSTQLLL NGSLAEGEII IRSENLTNNV KTILVHLNQS VEIVCTRPNN NTRKSIRIGP GQT FYATGD IIGDIRQAHC NISKWHETLK RVSEKLAEHF PNKTINFTSS SGGDLEITTH SFTCRGEFFY CNTSGLFNST YMPN GTYLH GDTNSNSSIT IPCRIKQIIN MWQEVGRAMY APPIEGNITC KSNITGLLLV RDGGTESNNT ETNNTEIFRP GGGDM RDNW RSELYKYKVV EIKPLGVAPT ACKRRVVERR RRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 18.285703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGVAGSTMG AASMTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLQLTVW GIKQLQTRVL AIERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICCTAVPW NSSWSNKSQK EIWDNMTWMQ WDKEISNYTN TIYKLLEDSQ NQQESNEKDL LALDGGGGGH H HHHH

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD4

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.67532 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNRGVPFRHL LLVLQLALLP AATQGKKVVL GKKGDTVELT CTASQKKSIQ FHWKNSNQIK ILGNQGSFLT KGPSKLNDRA DSRRSLWDQ GNFPLIIKNL KIEDSDTYIC EVEDQKEEVQ LLVFGLTANS DTHLLQGQSL TLTLESPPGS SPSVQCRSPR G KNIQGGKT ...文字列:
MNRGVPFRHL LLVLQLALLP AATQGKKVVL GKKGDTVELT CTASQKKSIQ FHWKNSNQIK ILGNQGSFLT KGPSKLNDRA DSRRSLWDQ GNFPLIIKNL KIEDSDTYIC EVEDQKEEVQ LLVFGLTANS DTHLLQGQSL TLTLESPPGS SPSVQCRSPR G KNIQGGKT LSVSQLELQD SGTWTCTVLQ NQKKVEFKID IVVLAFQKAS SIVYKKEGEQ VEFSFPLAFT VEKLTGSGEL WW QAERASS SKSWITFDLK NKEVSVKRVT QDPKLQMGKK LPLHLTLPQA LPQYAGSGNL TLALEAKTGK LHQEVNLVVM RAT QLQKNL TCEVWGPTSP KLMLSLKLEN KEAKVSKREK AVWVLNPEAG MWQCLLSDSG QVLLESNIKV LPTWSTGSGH HHHH H

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD4

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1045667
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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