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- EMDB-39802: Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39802
タイトルStructure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1.
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1.
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin,Spike glycoprotein,Fibritin,Spike glycoprotein,Fibritin,Expression Tag
    • タンパク質・ペプチド: CYFN1006-1 light chain
    • タンパク質・ペプチド: CYFN1006-1 heavy chain
キーワードantibody / viral protein / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Wang YJ / Sun L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1.
著者: Wang YJ / Sun L
履歴
登録2024年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39802.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39802.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.24 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.24 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.011846775 - 0.039996125
平均 (標準偏差)0.00003214039 (±0.0016166343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 298.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39802_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39802_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with anti...

全体名称: Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1.
要素
  • 複合体: Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1.
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin,Spike glycoprotein,Fibritin,Spike glycoprotein,Fibritin,Expression Tag
    • タンパク質・ペプチド: CYFN1006-1 light chain
    • タンパク質・ペプチド: CYFN1006-1 heavy chain

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超分子 #1: Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with anti...

超分子名称: Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: Omicron/XBB.1.16

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分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin,Spike glycoprotein,Fibritin,Spike gly...

分子名称: Spike glycoprotein,Fibritin,Spike glycoprotein,Fibritin,Spike glycoprotein,Fibritin,Expression Tag
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 143.630156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TRTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDN PALPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYQKNNKSW M ESEFRVYS ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TRTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDN PALPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYQKNNKSW M ESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLVG KEGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LERDLPQGFS ALEPLVDLPI GI NITRFQT LLALHRSYLT PVDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIY QTSNFR VQPTESIVRF PNITNLCPFH EVFNATTFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVIY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFT NVYAD SFVIRGNEVS QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKPSGN YNYLYRLFRK SKLKPFERDI STEIY QAGN RPCNGVAGPN CYSPLQSYGF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLT ESN KKFLPFQQFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTW RV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAS SKRSSVASQS IIAYTMSLGA ENSVAYSN N SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLKRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIY KTPPIKYFGG FNFSQILPDP SKPSKRSPIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFNGLT VLPPLLTDEM IAQYTSALL AGTITSGWTF GAGPALQIPF PMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN SAIGKIQDSL SSTPSALGKL Q DVVNHNAQ ALNTLVKQLS SKFGAISSVL NDILSRLDPP EAEVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQQLIRAAE IRASANLAAT KM SECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQSA PHGVVFLHVT YVPAQEKNFT TAPAICHDGK AHFPREGVFV SNGTHWFVTQ RNF YEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEV AKNLN ESLIDLQELG KYEQGSGYIP EAPRDGQAYV RKDGEWVFLS TFLSGLEVLF QGPGGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSA WSHP QFEKGGSHHH HHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin

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分子 #2: CYFN1006-1 light chain

分子名称: CYFN1006-1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.73023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPRSV SGSLGQSVTI SCTGISSDVG GDNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV PDRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CCSYALSRVV FGGGTMLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS ...文字列:
QSALTQPRSV SGSLGQSVTI SCTGISSDVG GDNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV PDRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CCSYALSRVV FGGGTMLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

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分子 #3: CYFN1006-1 heavy chain

分子名称: CYFN1006-1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.553875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QMQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSGYTFS YYWIGWVRQM PGKGLEWMGI IYPGDSDTRY SPSFQGQVTI SADKSISTAY LHWSSLKAS DTAMYYCARQ GDLGDWILLG YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QMQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSGYTFS YYWIGWVRQM PGKGLEWMGI IYPGDSDTRY SPSFQGQVTI SADKSISTAY LHWSSLKAS DTAMYYCARQ GDLGDWILLG YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTH TCPPCPAPEL LG GPSVFLF PPKPKDTLMI SRTPEVTCVV VDVSHEDPEV KFNWYVDGVE VHNAKTKPRE EQYNSTYRVV SVLTVLHQDW LNG KEYKCK VSNKALPAPI EKTISKAKGQ PREPQVYTLP PSRDELTKNQ VSLTCLVKGF YPSDIAVEWE SNGQPENNYK TTPP VLDSD GSFFLYSKLT VDKSRWQQGN VFSCSVMHEA LHNHYTQKSL SLSPGK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Predict the initial structure with SWISS.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 540576
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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