EMDB-39788: Cryo-EM structure of the L-hook of the polar flagellum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-39788

タイトル

Cryo-EM structure of the L-hook of the polar flagellum

マップデータ

Main map

試料

複合体: The polar flagellar motor-hook complex
- タンパク質・ペプチド: Flagellar hook protein FlgE

キーワード

Polar flagellum / Polar flagellar motor / Hook / MOTOR PROTEIN

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Vibrio alginolyticus (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å

データ登録者

Zhang L / Tan JX / Zhou Y / Zhu YQ

資金援助

中国, 3件

Organization	Grant number	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81925024	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	U23A20163	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2017YFA0503900	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the L-hook of the polar flagellum
著者: Zhang L / Tan JX / Zhou Y / Zhu YQ

履歴

登録	2024年4月18日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年10月22日	-
マップ公開	2025年10月22日	-
更新	2025年10月22日	-
現状	2025年10月22日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_39788.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_39788.map.gz	197.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-39788-v30.xml emd-39788.xml	18.1 KB 18.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_39788_fsc.xml	12.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_39788.png	88.7 KB
Filedesc metadata	emd-39788.cif.gz	5.8 KB
その他	emd_39788_half_map_1.map.gz emd_39788_half_map_2.map.gz	194.4 MB 194.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39788	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_39788_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_39788_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	emd_39788_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_39788_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39788	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z5yMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_39788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Main map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.2 Å/pix. x 380 pix. = 456. Å	1.2 Å/pix. x 380 pix. = 456. Å	1.2 Å/pix. x 380 pix. = 456. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.2 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.18
最小 - 最大	-1.2225052 - 1.813556
平均 (標準偏差)	0.0019075422 (±0.08776765)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half map A

ファイル

emd_39788_half_map_1.map

注釈

Half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイル

emd_39788_half_map_2.map

注釈

Half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : The polar flagellar motor-hook complex

全体	名称: The polar flagellar motor-hook complex
要素	複合体: The polar flagellar motor-hook complex タンパク質・ペプチド: Flagellar hook protein FlgE

-
超分子 #1: The polar flagellar motor-hook complex

超分子	名称: The polar flagellar motor-hook complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148

-
分子 #1: Flagellar hook protein FlgE

分子	名称: Flagellar hook protein FlgE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量	理論値: 47.434438 KDa
配列	文字列: MSYVSLSGLS AAQLDLNTTS NNIANANTYG FKESRAEFAD VYSNSLFTNA KTTPGGGAQA SQVAQQFHEG SSIYTNNPMD LRVSGTGFF AVAKERLTPQ QNELTRNGAF HLNKENYMVT ANDEFLLGYQ VDPSSGEVSS YEPQPINIPA EFGKPKQTAN I EVGVNLPA ...文字列: MSYVSLSGLS AAQLDLNTTS NNIANANTYG FKESRAEFAD VYSNSLFTNA KTTPGGGAQA SQVAQQFHEG SSIYTNNPMD LRVSGTGFF AVAKERLTPQ QNELTRNGAF HLNKENYMVT ANDEFLLGYQ VDPSSGEVSS YEPQPINIPA EFGKPKQTAN I EVGVNLPA NGDLKDPTQF DFSDPDTYNR STSSTIYDSM GQSYKLTTYY LKDQTQPNTW NTYYTVTDKE GEKPLNVAAG DA QTPTGHV GHTMKFNNDG TLASLNNGQP ITSVALGDPA TNTTPVDMNG ADPAQTLNFG LGSATQFAAP FELTKFDEDG ATT GFLTKV DFDENGSVMG TYSNGENVTL GRVALVRVPN EQGLDKKGGT QWDSTQFSGD KIWGESNKGS FGTINNGMLE QSNI DMTQE LVDLISAQRN FQANSRSLEV HNQLQQNILQ IR UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4FJD7

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
ソフトウェア	名称: EPU
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 329955
CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 32950
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア	名称: Coot
精密化	空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル	PDB-8z5y: Cryo-EM structure of the L-hook of the polar flagellum

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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-試料の構成要素

-全体 : The polar flagellar motor-hook complex

-超分子 #1: The polar flagellar motor-hook complex

-分子 #1: Flagellar hook protein FlgE

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