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万見
- EMDB-39776: Cryo-EM structure of the LPHT ring -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39776
タイトルCryo-EM structure of the LPHT ring
マップデータMain map
試料
  • 複合体: The polar flagellar motor-hook complex
    • タンパク質・ペプチド: Component of sodium-driven polar flagellar motor
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-type flagellar motor component
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar L-ring protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
    • タンパク質・ペプチド: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar P-ring protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagella basal-body protein
キーワードPolar flagellum / Polar flagellar motor / LPHT ring / Bushing / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Flagellar protein FlgP ...Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Flagellar protein FlgP / : / FlgT, N-terminal domain superfamily / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar assembly lipoprotein FlgP / : / : / Flagella basal-body protein / Component of sodium-driven polar flagellar motor / Sodium-type flagellar motor component
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Zhang L / Tan JX / Zhou Y / Zhu YQ
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81925024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U23A20163 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the LPHT ring
著者: Zhang L / Tan JX / Zhou Y / Zhu YQ
履歴
登録2024年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39776.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 909.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 620 pix.
= 744. Å		1.2 Å/pix.
x 620 pix.
= 744. Å		1.2 Å/pix.
x 620 pix.
= 744. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-2.6612427 - 3.8611612
平均 (標準偏差)0.00019218415 (±0.119865805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ620620620
Spacing620620620
セルA=B=C: 744.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_39776_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_39776_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The polar flagellar motor-hook complex

全体名称: The polar flagellar motor-hook complex
要素
  • 複合体: The polar flagellar motor-hook complex
    • タンパク質・ペプチド: Component of sodium-driven polar flagellar motor
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-type flagellar motor component
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar L-ring protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
    • タンパク質・ペプチド: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar P-ring protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagella basal-body protein

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超分子 #1: The polar flagellar motor-hook complex

超分子名称: The polar flagellar motor-hook complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148

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分子 #1: Component of sodium-driven polar flagellar motor

分子名称: Component of sodium-driven polar flagellar motor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量理論値: 33.528008 KDa
配列文字列: MKKWLITSGV VFSLFSTSSF AVMGKRYVAT PQQSQWEMVV NTPLECQLVH PIPSFGDAVF SSRANKKINL DFELKMRRPM GETRNVSLI SMPPPWRPGE HADRITNLKF FKQFDGYVGG QTAWGILSEL EKGRYPTFSY QDWQSRDQRI EVALSSVLFQ N KYNAFSDC ...文字列:
MKKWLITSGV VFSLFSTSSF AVMGKRYVAT PQQSQWEMVV NTPLECQLVH PIPSFGDAVF SSRANKKINL DFELKMRRPM GETRNVSLI SMPPPWRPGE HADRITNLKF FKQFDGYVGG QTAWGILSEL EKGRYPTFSY QDWQSRDQRI EVALSSVLFQ N KYNAFSDC ISNLLKYSFE DIAFTILHYE RQGDQLTKAS KKRLSQIADY IRHNQDIDLV LVATYTDSTD GKSASQSLSE RR AESLRDY FQSLGLPEDR IQVQGYGKRR PIADNGSPIG KDKNRRVVIS LGRTQV

UniProtKB: Component of sodium-driven polar flagellar motor

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分子 #2: Sodium-type flagellar motor component

分子名称: Sodium-type flagellar motor component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量理論値: 24.088613 KDa
配列文字列: MKLRTVAASL LLTLVATTAK ANVADVGAPV PIYTEAELIK LIEQNKHLQR VRADNCQLVE DIVARATRIN LPAYEFLYGD MLAWGVCVE QDVELGLYYI ENAAHQGLPA ALEQIGRYYS RGTLVQQDKE RAIPYLREAA SMGNLNARIH LAELLLRDYG S PLDYEDAY ...文字列:
MKLRTVAASL LLTLVATTAK ANVADVGAPV PIYTEAELIK LIEQNKHLQR VRADNCQLVE DIVARATRIN LPAYEFLYGD MLAWGVCVE QDVELGLYYI ENAAHQGLPA ALEQIGRYYS RGTLVQQDKE RAIPYLREAA SMGNLNARIH LAELLLRDYG S PLDYEDAY RWLYNSVTAD KRQHKRITVL RNGLEQRMPQ NVIARAKRRD TFW

UniProtKB: Sodium-type flagellar motor component

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分子 #3: Flagellar L-ring protein

分子名称: Flagellar L-ring protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量理論値: 27.929951 KDa
配列文字列: MKRICLLALI ATMSGCAMLE PIETDEVTQA TTVVDAVEGD KSKEESSGIV DTLRGRSDPV AGDPAWAPIH PKKKPEHYAA ATGSLFSAE HITDLYDDSK PRGIGDIITV TLDETTSATK SANADLSKTN EAQMDPLQVG GEELQIGGKY NFSYDLNNSN S FAGDSSAK ...文字列:
MKRICLLALI ATMSGCAMLE PIETDEVTQA TTVVDAVEGD KSKEESSGIV DTLRGRSDPV AGDPAWAPIH PKKKPEHYAA ATGSLFSAE HITDLYDDSK PRGIGDIITV TLDETTSATK SANADLSKTN EAQMDPLQVG GEELQIGGKY NFSYDLNNSN S FAGDSSAK QSNSISGYIT VEVIEVLANG NLVIRGEKWM TLNTGDEYIR LSGTIRPDDI SFDNTIASNR VSNARIQYSG TG VQQDMQE PGFLARFFNV AL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4BB53

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分子 #4: Flagellar assembly lipoprotein FlgP

分子名称: Flagellar assembly lipoprotein FlgP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量理論値: 16.30376 KDa
配列文字列:
MKKLLFIVAT LILVGCQPLQ QMRQDEILVA VGYASVSEQT GRTVEEKRVR AMRASKIDAY RELAEQVYGM RVSGRAELQD QRLGIESTT GAVDGVIRGA EVVRSYLVED SYVTELRLDI RKMDKLRDYG EVQQVPEKRQ QTLF

UniProtKB: Flagellar assembly lipoprotein FlgP

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分子 #5: The N-terminus of Flagellar L-ring protein

分子名称: The N-terminus of Flagellar L-ring protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量理論値: 1.45063 KDa
配列文字列:
CAMLEPIETD EVT

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分子 #6: Flagellar P-ring protein

分子名称: Flagellar P-ring protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量理論値: 37.892234 KDa
配列文字列: MKKLLLILMS VALFSTAAQA ARIKDVAQVA GVRSNQLVGY GLVSGLPGTG EANPFTEQSF AAMLQNFGIQ MPPGTKPKIK NVAAVMVTA ELPPFSKPGQ QVDVTVSSIG SAKSLRGGTL LQTFLKGLDG QVYAVAQGNL VVSGFSAEGA DGSKIVGNNP T VGLISSGA ...文字列:
MKKLLLILMS VALFSTAAQA ARIKDVAQVA GVRSNQLVGY GLVSGLPGTG EANPFTEQSF AAMLQNFGIQ MPPGTKPKIK NVAAVMVTA ELPPFSKPGQ QVDVTVSSIG SAKSLRGGTL LQTFLKGLDG QVYAVAQGNL VVSGFSAEGA DGSKIVGNNP T VGLISSGA TVEREIPNPF GRGDYITFNL LESDFTTAQR MADAVNNFLG PQMASAVDAT SVRVRAPRDV SQRVAFLSAI EN LEFDPAD GAAKIIVNSR TGTIVVGKHV RLKPAAVTHG GMTVAIKENL NVSQPNGFSG GQTVVVPDSD IEVSEEQGKM FKF EPGLTL DDLVRAVNQV GAAPSDLMAI LQALKQAGAI EGQLIII

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4BSQ4

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分子 #7: Flagella basal-body protein

分子名称: Flagella basal-body protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
分子量理論値: 42.417168 KDa
配列文字列: MKKILNSLFS ITLVMLVPFK VMASWYEVTG VATIVSSEET ARLHALEDAL FKAVNFSGAD IGSISNLMPL LEESRNEYQF TNHEVRYIL VESERKRRGK VEVKIRVDIY PSATGCHTDQ YKKTILVGNI EVASPQQAVM GQIYQVGDDF SRVVNRQLDQ T SRSFVSVG ...文字列:
MKKILNSLFS ITLVMLVPFK VMASWYEVTG VATIVSSEET ARLHALEDAL FKAVNFSGAD IGSISNLMPL LEESRNEYQF TNHEVRYIL VESERKRRGK VEVKIRVDIY PSATGCHTDQ YKKTILVGNI EVASPQQAVM GQIYQVGDDF SRVVNRQLDQ T SRSFVSVG TTDYSISSNY PARTQMIAQD NGAQYIIGGV ITDLTATVES QLLQDDIINR QFALEMKVFD GKTGHEVFNK AY REVARWP FAKTSQVDTR SARFWASTYG EMMLRVSRNI MLDLESELSC KITLPEVVAV FGNTVTMDLG RMHGVKEGDK LQL WHTASF IDQNGLPRNK VSQSEITLTV SRIYEHEAEL TIDQPNLASS VQIGDVMNKI L

UniProtKB: Flagella basal-body protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 329955
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 45233
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: ModelAngelo
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8z5n:
Cryo-EM structure of the LPHT ring

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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