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- EMDB-39762: Structure of human 18_14D scFv and 1G01 scFv in complex with infl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39762
タイトルStructure of human 18_14D scFv and 1G01 scFv in complex with influenza virus neuraminidase from A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of human 18_14D C and 1G01 scFv in complex with influenza virus neuraminidase from A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 18_14D scFv
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 18_14D scFv
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 1G01 scFv
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 1G01 scFv
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードinfluenza virus / neuraminidase / human monoclonal antibody / immunogen / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang M / Peng Q / Gao Y / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32192452 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A human monoclonal antibody targeting the monomeric N6 neuraminidase confers protection against avian H5N6 influenza virus infection.
著者: Min Wang / Yuan Gao / Chenguang Shen / Wei Yang / Qi Peng / Jinlong Cheng / Han-Ming Shen / Yang Yang / George Fu Gao / Yi Shi /
要旨: The influenza neuraminidase (NA) is a potential target for the development of a next-generation influenza vaccine, but its antigenicity is not well understood. Here, we isolate an anti-N6 human ...The influenza neuraminidase (NA) is a potential target for the development of a next-generation influenza vaccine, but its antigenicity is not well understood. Here, we isolate an anti-N6 human monoclonal antibody, named 18_14D, from an H5N6 avian influenza virus (AIV) infected patient. The antibody weakly inhibits enzymatic activity but confers protection in female mice, mainly via ADCC function. The cryo-EM structure shows that 18_14D binds to a unique epitope on the lateral surface of the N6 tetramer, preventing the formation of tightly closed NA tetramers. These findings contribute to the molecular understanding of protective immune responses to NA of AIVs in humans and open an avenue for the rational design of NA-based vaccines.
履歴
登録2024年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.0017897475 - 2.5807133
平均 (標準偏差)0.0008184878 (±0.021541344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39762_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39762_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of human 18_14D C and 1G01 scFv in complex with influen...

全体名称: Structure of human 18_14D C and 1G01 scFv in complex with influenza virus neuraminidase from A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)
要素
  • 複合体: Structure of human 18_14D C and 1G01 scFv in complex with influenza virus neuraminidase from A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 18_14D scFv
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 18_14D scFv
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 1G01 scFv
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 1G01 scFv
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Structure of human 18_14D C and 1G01 scFv in complex with influen...

超分子名称: Structure of human 18_14D C and 1G01 scFv in complex with influenza virus neuraminidase from A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for Influenza A virus (A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)) is not available at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A0K0YAP8.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 42.155621 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RTFLNLTKPL CEVNSWHILS KDNAIRIGED AHILVTREPY LSCDPQGCRM FALSQGTTLR GRHANGTIHD KSPFRALISW EMGQAPSPY NTRVECIGWS STSCHDGISR MSICISGPNN NASAVVWYRG RPVTEIPSWV GNILRTQESE CVCHKGICPV V MTDGPANN ...文字列:
RTFLNLTKPL CEVNSWHILS KDNAIRIGED AHILVTREPY LSCDPQGCRM FALSQGTTLR GRHANGTIHD KSPFRALISW EMGQAPSPY NTRVECIGWS STSCHDGISR MSICISGPNN NASAVVWYRG RPVTEIPSWV GNILRTQESE CVCHKGICPV V MTDGPANN KAATKIIYFK EGKIQKIEEL QGNAQHIEEC SCYGAAGMIK CVCRDNWKGA NRPIITIDPE MMTHTSKYLC SK ILTDTSR PNDPTNGNCD EPITGGSPDP GVKGFAFLDG ENSWLGRTIS KDSRSGYEML KVPNAETDTQ SGPTSYQLIV NNQ NWSGYS GAFIDYWANK ECFNPCFYVE LIRGRPKEID VLWASNSMVA LCGSRERLGS WSW

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #2: Light chain of 18_14D scFv

分子名称: Light chain of 18_14D scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: According to author, Entity 2 (Light chain of 18_14D scFV, 216 aa, chain B) and Entity 3 (Heavy chain of 18_14D scFV, 236 aa, chain C) are not expressed as one chain.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.813119 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSYTSSSTW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVLTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSYTSSSTW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #3: Heavy chain of 18_14D scFv

分子名称: Heavy chain of 18_14D scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.064055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYAISWVRQA PGQGLEWMGG IIPIFGTANY AQKFQGRVTI TADESTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCARG QLRYFDWPTI PSSYYGMDVW GQGTTVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYAISWVRQA PGQGLEWMGG IIPIFGTANY AQKFQGRVTI TADESTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCARG QLRYFDWPTI PSSYYGMDVW GQGTTVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE PKSCDKTH

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分子 #4: Heavy chain of 1G01 scFv

分子名称: Heavy chain of 1G01 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: According to author, Entity 4 (Heavy chain of 1G01 scFv, 232 aa, chain E) and Entity 5 (Light chain of 1G01 scFV, 216 aa, chain F) are not expressed as one chain.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.933908 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGR ALRPGGSLRL SCAASGFKFD DYAMSWVRQV PGKGLEFVSG LNWNGDITAY TDSVKGRFTV SRDNAKNSLY LHINSPKPE DTALYYCART SSWGDYTRGP EPKITWYFDL WGRGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
EVQLVESGGR ALRPGGSLRL SCAASGFKFD DYAMSWVRQV PGKGLEFVSG LNWNGDITAY TDSVKGRFTV SRDNAKNSLY LHINSPKPE DTALYYCART SSWGDYTRGP EPKITWYFDL WGRGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKS

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分子 #5: Light chain of 1G01 scFv

分子名称: Light chain of 1G01 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.677273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DDIQLTQSPS FLSASVGDRI TITCRASQGI DGYLAWYQQR PGKAPNLLIY AASLLQSGVP SRFSGSGYGT EFTLTISSLQ PEDFATYYC QHLDSYPLFT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
DDIQLTQSPS FLSASVGDRI TITCRASQGI DGYLAWYQQR PGKAPNLLIY AASLLQSGVP SRFSGSGYGT EFTLTISSLQ PEDFATYYC QHLDSYPLFT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116206
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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