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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39753 | ||||||||||||
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タイトル | Activation mechanism and novel binding site of the BKCa channel activator CTIBD | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | BKca channel / Slo1 / CTIBD / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / cGMP effects / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / caveola / response to calcium ion / vasodilation / actin binding / postsynaptic membrane / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lee N / Kim S / Jo H / Lee NY / Jin MS / Park CS | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024 タイトル: Activation mechanism and novel binding sites of the BK channel activator CTIBD. 著者: Narasaem Lee / Subin Kim / Na Young Lee / Heeji Jo / Pyeonghwa Jeong / Haushabhau S Pagire / Suvarna H Pagire / Jin Hee Ahn / Mi Sun Jin / Chul-Seung Park / 要旨: The large-conductance calcium-activated potassium (BK) channel, which is crucial for urinary bladder smooth muscle relaxation, is a potential target for overactive bladder treatment. Our prior work ...The large-conductance calcium-activated potassium (BK) channel, which is crucial for urinary bladder smooth muscle relaxation, is a potential target for overactive bladder treatment. Our prior work unveiled CTIBD as a promising BK channel activator, altering and This study investigates CTIBD's activation mechanism, revealing its independence from the Ca and membrane voltage sensing of the BK channel. Cryo-electron microscopy disclosed that two CTIBD molecules bind to hydrophobic regions on the extracellular side of the lipid bilayer. Key residues (W22, W203, and F266) are important for CTIBD binding, and their replacement with alanine reduces CTIBD-mediated channel activation. The triple-mutant (W22A/W203A/F266A) channel showed the smallest shift with a minimal impact on activation and deactivation kinetics by CTIBD. At the single-channel level, CTIBD treatment was much less effective at increasing in the triple mutant, mainly because of a drastically increased dissociation rate compared with the WT. These findings highlight CTIBD's mechanism, offering crucial insights for developing small-molecule treatments for BK-related pathophysiological conditions. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39753.map.gz | 28.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39753-v30.xml emd-39753.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_39753.png | 108.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39753.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_39753_half_map_1.map.gz emd_39753_half_map_2.map.gz | 27.9 MB 27.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39753 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39753 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39753_validation.pdf.gz | 823.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39753_full_validation.pdf.gz | 823.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39753_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39753_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39753 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39753 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8z3sMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39753_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39753_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 (Slo1)
全体 | 名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 (Slo1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 (Slo1)
超分子 | 名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 (Slo1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
分子 | 名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 125.541461 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDALIIPVTM EVPCDSRGQR MWWAFLASSM VTFFGGLFII LLWRTLKYLW TVCCHCGGKT KEAQKINNGS SQADGTLKPV DEKEEAVAA EVGWMTSVKD WAGVMISAQT LTGRVLVVLV FALSIGALVI YFIDSSNPIE SCQNFYKDFT LQIDMAFNVF F LLYFGLRF ...文字列: MDALIIPVTM EVPCDSRGQR MWWAFLASSM VTFFGGLFII LLWRTLKYLW TVCCHCGGKT KEAQKINNGS SQADGTLKPV DEKEEAVAA EVGWMTSVKD WAGVMISAQT LTGRVLVVLV FALSIGALVI YFIDSSNPIE SCQNFYKDFT LQIDMAFNVF F LLYFGLRF IAANDKLWFW LEVNSVVDFF TVPPVFVSVY LNRSWLGLRF LRALRLIQFS EILQFLNILK TSNSIKLVNL LS IFISTWL TAAGFIHLVE NSGDPWENFQ NNQALTYWEC VYLLMVTMST VGYGDVYAKT TLGRLFMVFF ILGGLAMFAS YVP EIIELI GNRKKYGGSY SAVSGRKHIV VCGHITLESV SNFLKDFLHK DRDDVNVEIV FLHNISPNLE LEALFKRHFT QVEF YQGSV LNPHDLARVK IESADACLIL ANKYCADPDA EDASNIMRVI SIKNYHPKIR IITQMLQYHN KAHLLNIPSW NWKEG DDAI CLAELKLGFI AQSCLAQGLS TMLANLFSMR SFIKIEEDTW QKYYLEGVSN EMYTEYLSSA FVGLSFPTVC ELCFVK LKL LMIAIEYKSA NRESRILINP GNHLKIQEGT LGFFIASDAK EVKRAFFYCK ACHDDITDPK RIKKCGCKRP KMSIYKR MR RACCFDCGRS ERDCSCMSGR VRGNVDTLER AFPLSSVSVN DCSTSFRAFE DEQPSTLSPK KKQRNGGMRN SPNTSPKL M RHDPLLIPGN DQIDNMDSNV KKYDSTGMFH WCAPKEIEKV ILTRSEAAMT VLSGHVVVCI FGDVSSALIG LRNLVMPLR ASNFHYHELK HIVFVGSIEY LKREWETLHN FPKVSILPGT PLSRADLRAV NINLCDMCVI LSANQNNIDD TSLQDKECIL ASLNIKSMQ FDDSIGVLQA NSQGFTPPGM DRSSPDNSPV HGMLRQPSIT TGVNIPIITE LVNDTNVQFL DQDDDDDPDT E LYLTQPFA CGTAFAVSVL DSLMSATYFN DNILTLIRTL VTGGATPELE ALIAEENALR GGYSTPQTLA NRDRCRVAQL AL LDGPFAD LGDGGCYGDL FCKALKTYNM LCFGIYRLRD AHLSTPSQCT KRYVITNPPY EFELVPTDLI FCLMQFD UniProtKB: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 |
-分子 #2: 4-[4-(4-chlorophenyl)-3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]benzene...
分子 | 名称: 4-[4-(4-chlorophenyl)-3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]benzene-1,3-diol タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: A1L04 |
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分子量 | 理論値: 355.696 Da |
-分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.5 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 4806 / 平均露光時間: 13.67 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 73000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |