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- EMDB-39749: Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39749
タイトルCryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0
    • タンパク質・ペプチド: Ovarian cancer G-protein coupled receptor 1
キーワードpH6.0 / hGPR68 / MEMBRANE PROTE / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of osteoclast development / negative regulation of monocyte differentiation / cellular response to pH / osteoclast development / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / insulin secretion / monocyte differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / G protein-coupled receptor activity / G alpha (q) signalling events ...positive regulation of osteoclast development / negative regulation of monocyte differentiation / cellular response to pH / osteoclast development / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / insulin secretion / monocyte differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / G protein-coupled receptor activity / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
OGR1 sphingosylphosphorylcholine receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Ovarian cancer G-protein coupled receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhong YN / Guo LL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773704 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0
著者: Zhong YN / Guo LL
履歴
登録2024年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39749.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.028593859 - 2.724518
平均 (標準偏差)0.00095803227 (±0.018575318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 222.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39749_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39749_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39749_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0

全体名称: Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0
    • タンパク質・ペプチド: Ovarian cancer G-protein coupled receptor 1

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0

超分子名称: Cryo-EM structure of the receptor of hGPR68-Gs complex in pH6.0
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ovarian cancer G-protein coupled receptor 1

分子名称: Ovarian cancer G-protein coupled receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.511469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGNITADNSS MSCTIDHTIH QTLAPVVYVT VLVVGFPANC LSLYFGYLQI KARNELGVYL CNLTVADLFY ICSLPFWLQY VLQHDNWSH GDLSCQVCGI LLYENIYISV GFLCCISVDR YLAVAHPFRF HQFRTLKAAV GVSVVIWAKE LLTSIYFLMH E EVIEDENQ ...文字列:
MGNITADNSS MSCTIDHTIH QTLAPVVYVT VLVVGFPANC LSLYFGYLQI KARNELGVYL CNLTVADLFY ICSLPFWLQY VLQHDNWSH GDLSCQVCGI LLYENIYISV GFLCCISVDR YLAVAHPFRF HQFRTLKAAV GVSVVIWAKE LLTSIYFLMH E EVIEDENQ HRVCFEHYPI QAWQRAINYY RFLVGFLFPI CLLLASYQGI LRAVRRSHGT QKSRKDQIQR LVLSTVVIFL AC FLPYHVL LLVRSVWEAS CDFAKGVFNA YHFSLLLTSF NCVADPVLYC FVSETTHRDL ARLRGACLAF LTCSRTGRAR EA

UniProtKB: Ovarian cancer G-protein coupled receptor 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.875 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134460
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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