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- EMDB-39742: Cryo-EM structure of Escherichia coli OppBCDF in the resting state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39742
タイトルCryo-EM structure of Escherichia coli OppBCDF in the resting state
マップデータ
試料
  • 複合体: OppBCDF heterotetramer
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport system permease protein OppB
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport system permease protein OppC
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppD
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppF
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードABC importer / oligopeptide transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-associated peptide transport / oligopeptide import across plasma membrane / peptidoglycan peptide transmembrane transporter activity / ABC-type oligopeptide transporter / tripeptide import across plasma membrane / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / protein transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Oligopeptide transport permease C-like, N-terminal domain / N-terminal TM domain of oligopeptide transport permease C / ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / : / : / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like ...: / Oligopeptide transport permease C-like, N-terminal domain / N-terminal TM domain of oligopeptide transport permease C / ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / : / : / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligopeptide transport system permease protein OppB / Oligopeptide transport system permease protein OppC / Oligopeptide transport ATP-binding protein OppD / Oligopeptide transport ATP-binding protein OppF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Li P / Huang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Escherichia coli OppBCDF in the resting state
著者: Li P / Huang Y
履歴
登録2024年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39742.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39742.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.52 Å/pix.
x 512 pix.
= 266.24 Å		0.52 Å/pix.
x 512 pix.
= 266.24 Å		0.52 Å/pix.
x 512 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.0016853233 - 2.8093698
平均 (標準偏差)0.0012334933 (±0.026506731)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39742_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39742_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OppBCDF heterotetramer

全体名称: OppBCDF heterotetramer
要素
  • 複合体: OppBCDF heterotetramer
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport system permease protein OppB
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport system permease protein OppC
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppD
    • タンパク質・ペプチド: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppF
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: OppBCDF heterotetramer

超分子名称: OppBCDF heterotetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Oligopeptide transport system permease protein OppB

分子名称: Oligopeptide transport system permease protein OppB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 33.47307 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLKFILRRCL EAIPTLFILI TISFFMMRLA PGSPFTGERT LPPEVMANIE AKYHLNDPIM TQYFSYLKQL AHGDFGPSFK YKDYSVNDL VASSFPVSAK LGAAAFFLAV ILGVSAGVIA ALKQNTKWDY TVMGLAMTGV VIPSFVVAPL LVMIFAIILH W LPGGGWNG ...文字列:
MLKFILRRCL EAIPTLFILI TISFFMMRLA PGSPFTGERT LPPEVMANIE AKYHLNDPIM TQYFSYLKQL AHGDFGPSFK YKDYSVNDL VASSFPVSAK LGAAAFFLAV ILGVSAGVIA ALKQNTKWDY TVMGLAMTGV VIPSFVVAPL LVMIFAIILH W LPGGGWNG GALKFMILPM VALSLAYIAS IARITRGSMI EVLHSNFIRT ARAKGLPMRR IILRHALKPA LLPVLSYMGP AF VGIITGS MVIETIYGLP GIGQLFVNGA LNRDYSLVLS LTILVGALTI LFNAIVDVLY AVIDPKIRY

UniProtKB: Oligopeptide transport system permease protein OppB

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分子 #2: Oligopeptide transport system permease protein OppC

分子名称: Oligopeptide transport system permease protein OppC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 33.046781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMLSKKNSET LENFSEKLEV EGRSLWQDAR RRFMHNRAAV ASLIVLVLIA LFVILAPMLS QFAYDDTDWA MMSSAPDMES GHYFGTDSS GRDLLVRVAI GGRISLMVGV AAALVAVVVG TLYGSLSGYL GGKVDSVMMR LLEILNSFPF MFFVILLVTF F GQNILLIF ...文字列:
MMLSKKNSET LENFSEKLEV EGRSLWQDAR RRFMHNRAAV ASLIVLVLIA LFVILAPMLS QFAYDDTDWA MMSSAPDMES GHYFGTDSS GRDLLVRVAI GGRISLMVGV AAALVAVVVG TLYGSLSGYL GGKVDSVMMR LLEILNSFPF MFFVILLVTF F GQNILLIF VAIGMVSWLD MARIVRGQTL SLKRKEFIEA AQVGGVSTSG IVIRHIVPNV LGVVVVYASL LVPSMILFES FL SFLGLGT QEPLSSWGAL LSDGANSMEV SPWLLLFPAG FLVVTLFCFN FIGDGLRDAL DPKDR

UniProtKB: Oligopeptide transport system permease protein OppC

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分子 #3: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppD

分子名称: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type oligopeptide transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 37.114207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSVIETATVP LAQQQADALL NVKDLRVTFS TPDGDVTAVN DLNFSLRAGE TLGIVGESGS GKSQTAFALM GLLAANGRIG GSATFNGRE ILNLPEHELN KLRAEQISMI FQDPMTSLNP YMRVGEQLME VLMLHKNMSK AEAFEESVRM LDAVKMPEAR K RMKMYPHE ...文字列:
MSVIETATVP LAQQQADALL NVKDLRVTFS TPDGDVTAVN DLNFSLRAGE TLGIVGESGS GKSQTAFALM GLLAANGRIG GSATFNGRE ILNLPEHELN KLRAEQISMI FQDPMTSLNP YMRVGEQLME VLMLHKNMSK AEAFEESVRM LDAVKMPEAR K RMKMYPHE FSGGMRQRVM IAMALLCRPK LLIADEPTTA LDVTVQAQIM TLLNELKREF NTAIIMITHD LVVVAGICDK VL VMYAGRT MEYGNARDVF YQPVHPYSIG LLNAVPRLDA EGETMLTIPG NPPNLLRLPK GCPFQPRCPH AMEICSSAPP LEE FTPGRL RACFKPVEEL

UniProtKB: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppD

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分子 #4: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppF

分子名称: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type oligopeptide transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 37.133352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNAVTEGRKV LLEIADLKVH FEIKDGKQWF WQPPKTLKAV DGVTLRLYEG ETLGVVGESG CGKSTFARAI IGLVKATDGH VAWLGKELL GMKPDEWRAV RSDIQMIFQD PLASLNPRMT IGEIIAEPLR TYHPKMSRQE VRERVKAMML KVGLLPNLIN R YPHEFSGG ...文字列:
MNAVTEGRKV LLEIADLKVH FEIKDGKQWF WQPPKTLKAV DGVTLRLYEG ETLGVVGESG CGKSTFARAI IGLVKATDGH VAWLGKELL GMKPDEWRAV RSDIQMIFQD PLASLNPRMT IGEIIAEPLR TYHPKMSRQE VRERVKAMML KVGLLPNLIN R YPHEFSGG QCQRIGIARA LILEPKLIIC DEPVSALDVS IQAQVVNLLQ QLQREMGLSL IFIAHDLAVV KHISDRVLVM YL GHAVELG TYDEVYHNPL HPYTRALMSA VPIPDPDLEK NKTIQLLEGE LPSPINPPSG CVFRTRCPIA GPECAKTRPV LEG SFRHSV SCLKVDP

UniProtKB: Oligopeptide transport ATP-binding protein OppF

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 367365
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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