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- EMDB-39741: Cryo-EM structure of Escherichia coli DppAR383D+D436RBCDF in pre-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39741
タイトルCryo-EM structure of Escherichia coli DppAR383D+D436RBCDF in pre-catalytic state
マップデータ
試料
  • 複合体: DppAR383DD436RBCDF bound to ATPgammaS
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport system permease protein DppB
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport system permease protein DppC
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport ATP-binding protein DppD
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport ATP-binding protein DppF
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide-binding protein
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードABC importer / SBP / Peptide transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type dipeptide transporter / dipeptide transport / heme transport / dipeptide transmembrane transporter activity / heme transmembrane transporter activity / heme transmembrane transport / peptide transmembrane transporter activity / positive chemotaxis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / : ...ABC-type dipeptide transporter / dipeptide transport / heme transport / dipeptide transmembrane transporter activity / heme transmembrane transporter activity / heme transmembrane transport / peptide transmembrane transporter activity / positive chemotaxis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / : / peptide binding / response to radiation / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Oligopeptide transport permease C-like, N-terminal domain / N-terminal TM domain of oligopeptide transport permease C / ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / : / : / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal ...: / : / : / Oligopeptide transport permease C-like, N-terminal domain / N-terminal TM domain of oligopeptide transport permease C / ABC transporter type 1, GsiC-like, N-terminal domain / : / : / Binding-prot-dependent transport system membrane comp, N-term / Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, C-terminal / Oligopeptide/dipeptide transporter, C-terminal region / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptide transport ATP-binding protein DppD / Dipeptide transport system permease protein DppB / Dipeptide transport system permease protein DppC / Dipeptide-binding protein / Dipeptide transport ATP-binding protein DppF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Li P / Huang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Escherichia coli DppAR383DD436RBCDF in the catalytic intermediate state
著者: Li P / Huang Y
履歴
登録2024年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0016944591 - 2.3873303
平均 (標準偏差)0.00046194432 (±0.015904266)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39741_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39741_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DppAR383DD436RBCDF bound to ATPgammaS

全体名称: DppAR383DD436RBCDF bound to ATPgammaS
要素
  • 複合体: DppAR383DD436RBCDF bound to ATPgammaS
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport system permease protein DppB
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport system permease protein DppC
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport ATP-binding protein DppD
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide transport ATP-binding protein DppF
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide-binding protein
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: DppAR383DD436RBCDF bound to ATPgammaS

超分子名称: DppAR383DD436RBCDF bound to ATPgammaS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

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分子 #1: Dipeptide transport system permease protein DppB

分子名称: Dipeptide transport system permease protein DppB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 37.531812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLQFILRRLG LVIPTFIGIT LLTFAFVHMI PGDPVMIMAG ERGISPERHA QLLAELGLDK PMWQQYLHYI WGVMHGDLGI SMKSRIPVW EEFVPRFQAT LELGVCAMIF ATAVGIPVGV LAAVKRGSIF DHTAVGLALT GYSMPIFWWG MMLIMLVSVH W NLTPVSGR ...文字列:
MLQFILRRLG LVIPTFIGIT LLTFAFVHMI PGDPVMIMAG ERGISPERHA QLLAELGLDK PMWQQYLHYI WGVMHGDLGI SMKSRIPVW EEFVPRFQAT LELGVCAMIF ATAVGIPVGV LAAVKRGSIF DHTAVGLALT GYSMPIFWWG MMLIMLVSVH W NLTPVSGR VSDMVFLDDS NPLTGFMLID TAIWGEDGNF IDAVAHMILP AIVLGTIPLA VIVRMTRSSM LEVLGEDYIR TA RAKGLTR MRVIIVHALR NAMLPVVTVI GLQVGTLLAG AILTETIFSW PGLGRWLIDA LQRRDYPVVQ GGVLLVATMI ILV NLLVDL LYGVVNPRIR HKK

UniProtKB: Dipeptide transport system permease protein DppB

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分子 #2: Dipeptide transport system permease protein DppC

分子名称: Dipeptide transport system permease protein DppC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 32.328295 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSQVTENKVI SAPVPMTPLQ EFWHYFKRNK GAVVGLVYVV IVLFIAIFAN WIAPYNPAEQ FRDALLAPPA WQEGGSMAHL LGTDDVGRD VLSRLMYGAR LSLLVGCLVV VLSLIMGVIL GLIAGYFGGL VDNIIMRVVD IMLALPSLLL ALVLVAIFGP S IGNAALAL ...文字列:
MSQVTENKVI SAPVPMTPLQ EFWHYFKRNK GAVVGLVYVV IVLFIAIFAN WIAPYNPAEQ FRDALLAPPA WQEGGSMAHL LGTDDVGRD VLSRLMYGAR LSLLVGCLVV VLSLIMGVIL GLIAGYFGGL VDNIIMRVVD IMLALPSLLL ALVLVAIFGP S IGNAALAL TFVALPHYVR LTRAAVLVEV NRDYVTASRV AGAGAMRQMF INIFPNCLAP LIVQASLGFS NAILDMAALG FL GMGAQPP TPEWGTMLSD VLQFAQSAWW VVTFPGLAIL LTVLAFNLMG DGLRDALDPK LKQ

UniProtKB: Dipeptide transport system permease protein DppC

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分子 #3: Dipeptide transport ATP-binding protein DppD

分子名称: Dipeptide transport ATP-binding protein DppD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type dipeptide transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 35.886363 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MALLNVDKLS VHFGDESAPF RAVDRISYSV KQGEVVGIVG ESGSGKSVSS LAIMGLIDYP GRVMAEKLEF NGQDLQRISE KERRNLVGA EVAMIFQDPM TSLNPCYTVG FQIMEAIKVH QGGNKSTRRQ RAIDLLNQVG IPDPASRLDV YPHQLSGGMS Q RVMIAMAI ...文字列:
MALLNVDKLS VHFGDESAPF RAVDRISYSV KQGEVVGIVG ESGSGKSVSS LAIMGLIDYP GRVMAEKLEF NGQDLQRISE KERRNLVGA EVAMIFQDPM TSLNPCYTVG FQIMEAIKVH QGGNKSTRRQ RAIDLLNQVG IPDPASRLDV YPHQLSGGMS Q RVMIAMAI ACRPKLLIAD QPTTALDVTI QAQIIELLLE LQQKENMALV LITHDLALVA EAAHKIIVMY AGQVVETGDA HA IFHAPRH PYTQALLRAL PEFAQDKERL ASLPGVVPGK YDRPNGCLLN PRCPYATDRC RAEEPALNML ADGRQSKCHY PLD DAGRPT L

UniProtKB: Dipeptide transport ATP-binding protein DppD

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分子 #4: Dipeptide transport ATP-binding protein DppF

分子名称: Dipeptide transport ATP-binding protein DppF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type dipeptide transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 37.610453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSTQEATLQQ PLLQAIDLKK HYPVKKGMFA PERLVKALDG VSFNLERGKT LAVVGESGCG KSTLGRLLTM IEMPTGGELY YQGQDLLKH DPQAQKLRRQ KIQIVFQNPY GSLNPRKKVG QILEEPLLIN TSLSKEQRRE KALSMMAKVG LKTEHYDRYP H MFSGGQRQ ...文字列:
MSTQEATLQQ PLLQAIDLKK HYPVKKGMFA PERLVKALDG VSFNLERGKT LAVVGESGCG KSTLGRLLTM IEMPTGGELY YQGQDLLKH DPQAQKLRRQ KIQIVFQNPY GSLNPRKKVG QILEEPLLIN TSLSKEQRRE KALSMMAKVG LKTEHYDRYP H MFSGGQRQ RIAIARGLML DPDVVIADQP VSALDVSVRA QVLNLMMDLQ QELGLSYVFI SHDLSVVEHI ADEVMVMYLG RC VEKGTKD QIFNNPRHPY TQALLSATPR LNPDDRRERI KLSGELPSPL NPPPGCAFNA RCRRRFGPCT QLQPQLKDYG GQL VACFAV DQDENPQR

UniProtKB: Dipeptide transport ATP-binding protein DppF

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分子 #5: Dipeptide-binding protein

分子名称: Dipeptide-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 60.366531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRISLKKSGM LKLGLSLVAM TVAASVQAKT LVYCSEGSPE GFNPQLFTSG TTYDASSVPL YNRLVEFKIG TTEVIPGLAE KWEVSEDGK TYTFHLRKGV KWHDNKEFKP TRELNADDVV FSFDRQKNAQ NPYHKVSGGS YEYFEGMGLP ELISEVKKVD D NTVQFVLT ...文字列:
MRISLKKSGM LKLGLSLVAM TVAASVQAKT LVYCSEGSPE GFNPQLFTSG TTYDASSVPL YNRLVEFKIG TTEVIPGLAE KWEVSEDGK TYTFHLRKGV KWHDNKEFKP TRELNADDVV FSFDRQKNAQ NPYHKVSGGS YEYFEGMGLP ELISEVKKVD D NTVQFVLT RPEAPFLADL AMDFASILSK EYADAMMKAG TPEKLDLNPI GTGPFQLQQY QKDSRIRYKA FDGYWGTKPQ ID TLVFSIT PDASVRYAKL QKNECQVMPY PNPADIARMK QDKSINLMEM PGLNVGYLSY NVQKKPLDDV KVRQALTYAV NKD AIIKAV YQGAGVSAKN LIPPTMWGYN DDVQDYTYDP EKAKALLKEA GLEKGFSIDL WAMPVQDPYN PNARRMAEMI QADW AKVGV QAKIVTYEWG EYLKRAKDGE HQTVMMGWTG RNGDPDNFFA TLFSCAASEQ GSNYSKWCYK PFEDLIQPAR ATDDH NKRV ELYKQAQVVM HDQAPALIIA HSTVFEPVRK EVKGYVVDPL GKHHFENVSI E

UniProtKB: Dipeptide-binding protein

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分子 #6: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #7: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 375658
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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