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万見
- EMDB-39726: Cryo-EM structure of human ELAC2-tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39726
タイトルCryo-EM structure of human ELAC2-tRNA
マップデータELAC2-tRNA
試料
  • 複合体: ELAC2-tRNA
    • 複合体: tRNA
      • RNA: Homo sapiens mitochondrion pre-tRNA-Tyr
    • 複合体: ELAC2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードendonuclease Zinc phosphodiesterase / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNase Z / mitochondrial tRNA processing / rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / tRNA 3'-end processing / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay ...tRNase Z / mitochondrial tRNA processing / rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / tRNA 3'-end processing / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / tRNA processing in the nucleus / mitochondrial nucleoid / RNA endonuclease activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNase Z endonuclease / : / tRNase Z endonuclease / Beta-lactamase superfamily domain / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Liu ZM / Xue CY
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural insights into human ELAC2 as a tRNA 3' processing enzyme.
著者: Chenyang Xue / Junshan Tian / Yanhong Chen / Zhongmin Liu /
要旨: Human elaC ribonuclease Z 2 (ELAC2) removes the 3' trailer of precursor transfer ribonucleic acid (pre-tRNA). Mutations in ELAC2 are highly associated with the development of prostate cancer and ...Human elaC ribonuclease Z 2 (ELAC2) removes the 3' trailer of precursor transfer ribonucleic acid (pre-tRNA). Mutations in ELAC2 are highly associated with the development of prostate cancer and hypertrophic cardiomyopathy. However, the catalytic mechanism of ELAC2 remains unclear. We determined the cryogenic electron microscopy structures of human ELAC2 in various states, including the apo, pre-tRNA-bound and tRNA-bound states, which enabled us to identify the structural basis for its binding to pre-tRNA and cleavage of the 3' trailer. Notably, conformational rearrangement of the C-terminal helix was related to feeding of the 3' trailer into the cleavage site, possibly explaining why its mutations are associated with disease. We further used biochemical assays to analyse the structural effects of disease-related mutations of human ELAC2. Collectively, our data provide a comprehensive structural basis for how ELAC2 recruits pre-tRNA via its flexible arm domain and guides the 3' trailer of pre-tRNA into the active centre for cleavage by its C-terminal helix.
履歴
登録2024年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ELAC2-tRNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 400 pix.
= 210.4 Å		0.53 Å/pix.
x 400 pix.
= 210.4 Å		0.53 Å/pix.
x 400 pix.
= 210.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.526 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0083
最小 - 最大-0.10150639 - 0.11108368
平均 (標準偏差)0.000059734175 (±0.004475889)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 210.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: ELAC2-tRNA-halfB

ファイルemd_39726_half_map_1.map
注釈ELAC2-tRNA-halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ELAC2-tRNA-halfA

ファイルemd_39726_half_map_2.map
注釈ELAC2-tRNA-halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ELAC2-tRNA

全体名称: ELAC2-tRNA
要素
  • 複合体: ELAC2-tRNA
    • 複合体: tRNA
      • RNA: Homo sapiens mitochondrion pre-tRNA-Tyr
    • 複合体: ELAC2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: ELAC2-tRNA

超分子名称: ELAC2-tRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293F

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超分子 #2: tRNA

超分子名称: tRNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: ELAC2 protein

超分子名称: ELAC2 protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Homo sapiens mitochondrion pre-tRNA-Tyr

分子名称: Homo sapiens mitochondrion pre-tRNA-Tyr / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.72241 KDa
配列文字列:
GGUAAAAUGG CUGAGUGAAG CAUUGGACUG UAAAUCUAAA GACAGGGGUU AGGCCUCUUU UUACCAGCUC CGAGGUGAUU UUCAUA

GENBANK: GENBANK: MK617241.1

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分子 #2: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2

分子名称: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNase Z
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.348117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWALCSLLRS AAGRTMSQGR TISQAPARRE RPRKDPLRHL RTREKRGPSG CSGGPNTVYL QVVAAGSRDS GAALYVFSEF NRYLFNCGE GVQRLMQEHK LKVARLDNIF LTRMHWSNVG GLSGMILTLK ETGLPKCVLS GPPQLEKYLE AIKIFSGPLK G IELAVRPH ...文字列:
MWALCSLLRS AAGRTMSQGR TISQAPARRE RPRKDPLRHL RTREKRGPSG CSGGPNTVYL QVVAAGSRDS GAALYVFSEF NRYLFNCGE GVQRLMQEHK LKVARLDNIF LTRMHWSNVG GLSGMILTLK ETGLPKCVLS GPPQLEKYLE AIKIFSGPLK G IELAVRPH SAPEYEDETM TVYQIPIHSE QRRGKHQPWQ SPERPLSRLS PERSSDSESN ENEPHLPHGV SQRRGVRDSS LV VAFICKL HLKRGNFLVL KAKEMGLPVG TAAIAPIIAA VKDGKSITHE GREILAEELC TPPDPGAAFV VVECPDESFI QPI CENATF QRYQGKADAP VALVVHMAPA SVLVDSRYQQ WMERFGPDTQ HLVLNENCAS VHNLRSHKIQ TQLNLIHPDI FPLL TSFRC KKEGPTLSVP MVQGECLLKY QLRPRREWQR DAIITCNPEE FIVEALQLPN FQQSVQEYRR SAQDGPAPAE KRSQY PEII FLGTGSAIPM KIRNVSATLV NISPDTSLLL DCGEGTFGQL CRHYGDQVDR VLGTLAAVFV SHLHADHHTG LPSILL QRE RALASLGKPL HPLLVVAPNQ LKAWLQQYHN QCQEVLHHIS MIPAKCLQEG AEISSPAVER LISSLLRTCD LEEFQTC LV RHCKHAFGCA LVHTSGWKVV YSGDTMPCEA LVRMGKDATL LIHEATLEDG LEEEAVEKTH STTSQAISVG MRMNAEFI M LNHFSQRYAK VPLFSPNFSE KVGVAFDHMK VCFGDFPTMP KLIPPLKALF AGDIEEMEER REKRELRQVR AALLSRELA GGLEDGEPQQ KRAHTEEPQA KKVRAQ

UniProtKB: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34974
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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