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- EMDB-39717: Cryo-EM structure of haptophyte photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39717
タイトルCryo-EM structure of haptophyte photosystem I
マップデータCryo-EM structure of haptophyte photosystem I
試料
  • 複合体: Photosystem I of haptophyte
    • タンパク質・ペプチド: x 31種
  • リガンド: x 12種
キーワードHaptophyte / Photosystem I / evolution / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit XI
類似検索 - 構成要素
生物種Isochrysis galbana (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者He FY / Zhao LS / Li K / Zhang YZ / Liu LN
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2023YFA0914600 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the assembly and energy transfer of haptophyte photosystem I-light-harvesting supercomplex.
著者: Fei-Yu He / Long-Sheng Zhao / Xin-Xiao Qu / Kang Li / Jian-Ping Guo / Fang Zhao / Ning Wang / Bing-Yue Qin / Xiu-Lan Chen / Jun Gao / Lu-Ning Liu / Yu-Zhong Zhang /
要旨: Haptophyta represents a major taxonomic group, with plastids derived from the primary plastids of red algae. Here, we elucidated the cryoelectron microscopy structure of the photosystem I-light- ...Haptophyta represents a major taxonomic group, with plastids derived from the primary plastids of red algae. Here, we elucidated the cryoelectron microscopy structure of the photosystem I-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) supercomplex from the haptophyte . The PSI core comprises 12 subunits, which have evolved differently from red algae and cryptophytes by losing the PsaO subunit while incorporating the PsaK subunit, which is absent in diatoms and dinoflagellates. The PSI core is encircled by 22 fucoxanthin-chlorophyll /-binding light-harvesting antenna proteins (iFCPIs) that form a trilayered antenna arrangement. Moreover, a pigment-binding subunit, L, which has not been identified in any other previously characterized PSI-LHCI supercomplexes, was determined in PSI-iFCPI, presumably facilitating the interactions and energy transfer between peripheral iFCPIs and the PSI core. Calculation of excitation energy transfer rates by computational simulations revealed that the intricate pigment network formed within PSI-iFCPI ensures efficient transfer of excitation energy. Overall, our study provides a solid structural foundation for understanding the light-harvesting and energy transfer mechanisms in haptophyte PSI-iFCPI and provides insights into the evolution and structural variations of red-lineage PSI-LHCIs.
履歴
登録2024年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of haptophyte photosystem I
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.18227711 - 5.577181
平均 (標準偏差)0.06502798 (±0.12944712)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of haptophyte photosystem I

ファイルemd_39717_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of haptophyte photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryo-EM structure of haptophyte photosystem I

ファイルemd_39717_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of haptophyte photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I of haptophyte

全体名称: Photosystem I of haptophyte
要素
  • 複合体: Photosystem I of haptophyte
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-7
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-1
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-11
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-6
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-5
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-8
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-13
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-10
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-3
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-9
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-4
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-12
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-15/14/16
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-17
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-20/19/21
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-18
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-22
    • タンパク質・ペプチド: iFCPI-2
    • タンパク質・ペプチド: L-iFP
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: PHYLLOQUINONE

+
超分子 #1: Photosystem I of haptophyte

超分子名称: Photosystem I of haptophyte / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)

+
分子 #1: iFCPI-7

分子名称: iFCPI-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 22.841299 KDa
配列文字列: MLSIALSSLS YSPAAMPAVQ VSRGAVNMAI AKPSNAVPFL TAPPCQSSKL AGAETGFDPL YLSEFIDLKW AREAELKHGR ICMLAAPGY FFQEFFQLPG FPGYSPNGIE AVSSVSPEAL AQIVIFMSVI EYNSNLNKWT MDTMFADPKR EPGNLGFDPL K FGENKNTR ...文字列:
MLSIALSSLS YSPAAMPAVQ VSRGAVNMAI AKPSNAVPFL TAPPCQSSKL AGAETGFDPL YLSEFIDLKW AREAELKHGR ICMLAAPGY FFQEFFQLPG FPGYSPNGIE AVSSVSPEAL AQIVIFMSVI EYNSNLNKWT MDTMFADPKR EPGNLGFDPL K FGENKNTR ARLEMAELKN GRLAMLAFSG MVHQTFVTGK PVWASLQDIF A

+
分子 #2: iFCPI-1

分子名称: iFCPI-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 22.262721 KDa
配列文字列: MLSISVGSLS LATPMRPVVA PRAPVPKASI FEAGMAQYNA DYPWLAKYGF GPSVKAERWN GRHAMFGWVA ILATGVAKSH GLLPAGDLM LTYQDWGGLA QQGFNTYISN ERAVIMIAHV HALAVSFAAA FGPQVLGDSL TLLDGEKDEE PYGFLPPMQF G LTPAAEIA ...文字列:
MLSISVGSLS LATPMRPVVA PRAPVPKASI FEAGMAQYNA DYPWLAKYGF GPSVKAERWN GRHAMFGWVA ILATGVAKSH GLLPAGDLM LTYQDWGGLA QQGFNTYISN ERAVIMIAHV HALAVSFAAA FGPQVLGDSL TLLDGEKDEE PYGFLPPMQF G LTPAAEIA NGRMAMFGLI SLVCTSAFTG MDILQIVDIG TGGNLLTHPM F

+
分子 #3: iFCPI-11

分子名称: iFCPI-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 21.88949 KDa
配列文字列: MLSLVSASPS LLAPVVTPRA PAPAMAAERS ASIPFLKKPP ALDGSMIGDV GFDPLGFSTT ITELGGDLSY VREAELMHGR QAMLAAVGM IFPKVFGKLP APWTEAVSTN PLEAQYQLPP VVLGQILISI FIAEGLRSRI VFGNDPNYVV GDHGFGSNFL K GKSEAQIA ...文字列:
MLSLVSASPS LLAPVVTPRA PAPAMAAERS ASIPFLKKPP ALDGSMIGDV GFDPLGFSTT ITELGGDLSY VREAELMHGR QAMLAAVGM IFPKVFGKLP APWTEAVSTN PLEAQYQLPP VVLGQILISI FIAEGLRSRI VFGNDPNYVV GDHGFGSNFL K GKSEAQIA DMKLKELNNG RLAMIAVTGM FFQISIKGNL WPIIDGF

+
分子 #4: iFCPI-6

分子名称: iFCPI-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 26.300061 KDa
配列文字列: MALRTLAVSV GVATALSTGA TPAALARPKM TAHADALRFL RMDEAAPAKP AEEAEEAAAP APPPAPPPVE YSESLPFLVK RKALKGYVG DVGFDPLGFS EILPMDWLRE AELKHCRVAM LATFGFGFTD FWHFPGFDYT TLEAHDACVA SGAMSQLLLW I GLLEVFGT ...文字列:
MALRTLAVSV GVATALSTGA TPAALARPKM TAHADALRFL RMDEAAPAKP AEEAEEAAAP APPPAPPPVE YSESLPFLVK RKALKGYVG DVGFDPLGFS EILPMDWLRE AELKHCRVAM LATFGFGFTD FWHFPGFDYT TLEAHDACVA SGAMSQLLLW I GLLEVFGT IGIDQTLRGS GRAAGDFGFD PLGFGSDPAK MADLQMKELA NGRLAMFAFS GFVTQSVLTG NQFPYLFDYQ TT DVFAL

+
分子 #5: iFCPI-5

分子名称: iFCPI-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 21.683213 KDa
配列文字列: MLSLASAPLS FAGPALSGVA HRTGALNMMA KSKSIPFLEA PPALDGTMAG DKGFDPMRLS EVVPIQWARE AELKHARICM LAVVGWVAV DLGFTVPYAP QVSSLAAHDA AVEKGAFLFL LFPIAVVEVL AGIPKCFQIM NDPNAAPGGD YKFDPLGIGA S ADMQEKEI ...文字列:
MLSLASAPLS FAGPALSGVA HRTGALNMMA KSKSIPFLEA PPALDGTMAG DKGFDPMRLS EVVPIQWARE AELKHARICM LAVVGWVAV DLGFTVPYAP QVSSLAAHDA AVEKGAFLFL LFPIAVVEVL AGIPKCFQIM NDPNAAPGGD YKFDPLGIGA S ADMQEKEI SNGRLAMMAF SGIVTQAALT QAPFPYTYNG MSDLVPVL

+
分子 #6: iFCPI-8

分子名称: iFCPI-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 25.390158 KDa
配列文字列: MLSVVSAPTL AFGAGVARVV PQRAAVQMSA GPMYDEPLAP SGMGREFINK ERAPLSSYVG ASQELAAFPG GGGKEGMAPT PWDPFCFSE LYKVSANNPD VAWLRESELK HGRMAMLAIT GVMVQSTGFH LPGNAEVSFA NSDWVSAPTT LPPVVWGQVL A FVAIAEGQ ...文字列:
MLSVVSAPTL AFGAGVARVV PQRAAVQMSA GPMYDEPLAP SGMGREFINK ERAPLSSYVG ASQELAAFPG GGGKEGMAPT PWDPFCFSE LYKVSANNPD VAWLRESELK HGRMAMLAIT GVMVQSTGFH LPGNAEVSFA NSDWVSAPTT LPPVVWGQVL A FVAIAEGQ TSEGLFDLWL GDTSKREPGN LGWGSGLLSK DKKAADKMRL KELKNGRLAM LAIMGVAANH FIPGALPGCI YS

+
分子 #7: iFCPI-13

分子名称: iFCPI-13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 20.749141 KDa
配列文字列: MLSLASLPST AFVAPIPAAR LGVRAAAPLM GVEDMVGASV EVSNKVWDPL KLSAKMDEGN LNLVRAAELK HCRVAMLATV GWAWTATGT HFEGMLSTSQ GISFADACAA GPLLGAAKVP AVGVWQIIAA IGALEVFWEN KYPASECAGN FGVPWVTSDP A KMKEIQLA ...文字列:
MLSLASLPST AFVAPIPAAR LGVRAAAPLM GVEDMVGASV EVSNKVWDPL KLSAKMDEGN LNLVRAAELK HCRVAMLATV GWAWTATGT HFEGMLSTSQ GISFADACAA GPLLGAAKVP AVGVWQIIAA IGALEVFWEN KYPASECAGN FGVPWVTSDP A KMKEIQLA ELKNGRLAMI GIISFACAES IPGSVPFYPF

+
分子 #8: iFCPI-10

分子名称: iFCPI-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 21.410861 KDa
配列文字列: MLTLSLQSLS LNAGVAPAAR VQRMQAPMMV KSQALPFLEA PAKLDGSMAG DKGFDPLNLA GSFDINWMRE AELKHGRICM LAWVGYVAV DNGFYVPFAP HVSSLAAHDT AVKSGQMLFL LGAVGVVEAL SYNAINEMMS GQTDRRPGDF SMDPFKMVDT P EKAKSMLE ...文字列:
MLTLSLQSLS LNAGVAPAAR VQRMQAPMMV KSQALPFLEA PAKLDGSMAG DKGFDPLNLA GSFDINWMRE AELKHGRICM LAWVGYVAV DNGFYVPFAP HVSSLAAHDT AVKSGQMLFL LGAVGVVEAL SYNAINEMMS GQTDRRPGDF SMDPFKMVDT P EKAKSMLE KEISHCRLAM MAFSGVVTQS ALTGHGFPYL

+
分子 #9: iFCPI-3

分子名称: iFCPI-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 21.05566 KDa
配列文字列: MALSLLASPL ALVNNGMLRA PVMQPACQGI QAKLDMVGAC KPLGFFDPLG FSKDASPASM AKFREAELKH GRVAMLACAG MITADKFHP LYDGKLSSNP LLAIAQVPKL GLLQILLFIG FMEVFGILNS RRPDYKPGDF LGSSQWDTTE VWDNYQLREL N NGRLAMFA ...文字列:
MALSLLASPL ALVNNGMLRA PVMQPACQGI QAKLDMVGAC KPLGFFDPLG FSKDASPASM AKFREAELKH GRVAMLACAG MITADKFHP LYDGKLSSNP LLAIAQVPKL GLLQILLFIG FMEVFGILNS RRPDYKPGDF LGSSQWDTTE VWDNYQLREL N NGRLAMFA SIGMLTHAYI TGKGPLELLD GSSIVF

+
分子 #10: iFCPI-9

分子名称: iFCPI-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 20.788168 KDa
配列文字列: MLSLTSAPLA FSAPLAAPLA PQRAAVSMMA KSQALPFLEK PASLDGSMPG DVGFDPLGLS SYFPLDWMRE AEIKHGRVCM LAIVGYIAV DIGIRAPGAE KLGSLTSFTA HNAAVTSGHM WALLGVAGIA EIAGMAGIAA TLNGSGRAPG DFAFDGGFAK D AAKLERFK ...文字列:
MLSLTSAPLA FSAPLAAPLA PQRAAVSMMA KSQALPFLEK PASLDGSMPG DVGFDPLGLS SYFPLDWMRE AEIKHGRVCM LAIVGYIAV DIGIRAPGAE KLGSLTSFTA HNAAVTSGHM WALLGVAGIA EIAGMAGIAA TLNGSGRAPG DFAFDGGFAK D AAKLERFK LSEIKHCRLA MMAFSGLVTQ DAMANGMGFP YF

+
分子 #11: iFCPI-4

分子名称: iFCPI-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 21.735281 KDa
配列文字列: MLSLTSASAL ALHAPLAAVP TAQRAAAAPL MAMENELGAT GPLGYWDPLG FSTKQPERFA RYRAVELKHG RIAMAACTGY FVQSVLRWP GYLSTSAGVK FSDLPNGIAG FAKIPPLGLA QIFLFIGLME AFTWPFYQGG LGKVPEGKLP GDVAGDLWVR Y SDPEVKKH ...文字列:
MLSLTSASAL ALHAPLAAVP TAQRAAAAPL MAMENELGAT GPLGYWDPLG FSTKQPERFA RYRAVELKHG RIAMAACTGY FVQSVLRWP GYLSTSAGVK FSDLPNGIAG FAKIPPLGLA QIFLFIGLME AFTWPFYQGG LGKVPEGKLP GDVAGDLWVR Y SDPEVKKH KLNVEINNGR AAMMGSLGML MHDHILGTWI PPGF

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分子 #12: iFCPI-12

分子名称: iFCPI-12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 24.225039 KDa
配列文字列: MLSLALAPLS FNAPMAPLSQ AMRSSTSVRM GVETMEGAAG PETAGKVFDP LGLASLGGEE TLAFFRHAEL KHGRVAMAAI VGFQFHINH VHFPGYLSPS AGVTFEQLAG VGPFEAWNLI PLLGKMQILF TIAGLEHASE CLDPAGHYTK GGTPGNLKFL K KFWDTPGF ...文字列:
MLSLALAPLS FNAPMAPLSQ AMRSSTSVRM GVETMEGAAG PETAGKVFDP LGLASLGGEE TLAFFRHAEL KHGRVAMAAI VGFQFHINH VHFPGYLSPS AGVTFEQLAG VGPFEAWNLI PLLGKMQILF TIAGLEHASE CLDPAGHYTK GGTPGNLKFL K KFWDTPGF TDKLTEEQKA TKRVSELKNG RLAMIGMASI ISAMSIPGSV PLLNGAPALT GTGFVLPFGD F

+
分子 #13: iFCPI-15/14/16

分子名称: iFCPI-15/14/16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 23.142912 KDa
配列文字列: MAPALINAPV MPVAGAARVA VPKMAFVDSI EGVGEETGNK IWDPLGISDA VSDEAVMWFR HSELKHGRVA MLATVGYMIG AAGITFPGE IAKGVTFASV GASGPYAAWD ATPTAGKLQI LTIILALEWA AETKKPHYMR GGVPGKIDQL PFEGIPGLWA P KIKFWDPL ...文字列:
MAPALINAPV MPVAGAARVA VPKMAFVDSI EGVGEETGNK IWDPLGISDA VSDEAVMWFR HSELKHGRVA MLATVGYMIG AAGITFPGE IAKGVTFASV GASGPYAAWD ATPTAGKLQI LTIILALEWA AETKKPHYMR GGVPGKIDQL PFEGIPGLWA P KIKFWDPL NFMGALTEEQ KARKRKSELK NGRLAMIGII SFLTGHNIPG SVPALDSHF

+
分子 #14: iFCPI-17

分子名称: iFCPI-17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 23.706857 KDa
配列文字列: MALSLASPLA CGLAAPAMVR PAVQTRHVMM SAADGMEGIS HETGMKTWDP LGLADLGSPA TLAFFRHAEL KHCRVAMAAF VGWLVAVSG VHFPGLCSFS EGVSFEDISK LTPLEQWAAV PALGKAQILL AIGIIEHNSE WKIKPHYMAA GGKPGDLKGL K SFWDPAGL ...文字列:
MALSLASPLA CGLAAPAMVR PAVQTRHVMM SAADGMEGIS HETGMKTWDP LGLADLGSPA TLAFFRHAEL KHCRVAMAAF VGWLVAVSG VHFPGLCSFS EGVSFEDISK LTPLEQWAAV PALGKAQILL AIGIIEHNSE WKIKPHYMAA GGKPGDLKGL K SFWDPAGL TSKMSAAKLE RQRLSELKNG RAAMIGIISV LIAHNVPGSI PLPINFPAGP SLILPF

+
分子 #15: iFCPI-20/19/21

分子名称: iFCPI-20/19/21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 21.494846 KDa
配列文字列: MLSIAVSSLS FNAPALAPRT APSAASVRMG VADMEGVGPE TGNKVFDPLG LAKIASPETL AWYRAAELKH SRVAMAAVTG WAWVSSGGP LFPGYLSIDQ GITFESLGRD GYAAWAAVPE AGKFQILGTI GILELLQEGS VKPHYMAGGT PGKVPLLWDP L GFTTKLSA ...文字列:
MLSIAVSSLS FNAPALAPRT APSAASVRMG VADMEGVGPE TGNKVFDPLG LAKIASPETL AWYRAAELKH SRVAMAAVTG WAWVSSGGP LFPGYLSIDQ GITFESLGRD GYAAWAAVPE AGKFQILGTI GILELLQEGS VKPHYMAGGT PGKVPLLWDP L GFTTKLSA DTLATKRTSE LKNGRLAMIG VMSLVSAHFI PGSVPLLP

+
分子 #16: iFCPI-18

分子名称: iFCPI-18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 20.023943 KDa
配列文字列:
MLALSSMPLA FSAPASAAVA AAPRAAVSMG GNVNNMIGKY SVKGTVYDPL NLASTYDNNW LREAELKHGR LCMLAFAGFI ANDAGWGLP GLDIKCSSVE AHDKMVESGH MWALLAFVSV CEALHFSVII PKLDGDWGDY EPGNYGLDPF KLDTPARREA E LKNGRACM LAFSGIVTQA ALGHPAPYW

+
分子 #17: iFCPI-22

分子名称: iFCPI-22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 25.384162 KDa
配列文字列: MLSLASAAPL AFSAPIAAAV QPARAGAASM LTKEKLAEKL NPAIGYYDPL GLATADFWSQ GNDATWGFLR HSEIKHGRVA MAAFVGFCV QSNGIHFPFD FQGGGVSQAQ YAAGLSPPEQ WDALPFAAKA QIILFIGFLE WWSEFGGQHY MRGGQPGKYP E FKNIPLHK ...文字列:
MLSLASAAPL AFSAPIAAAV QPARAGAASM LTKEKLAEKL NPAIGYYDPL GLATADFWSQ GNDATWGFLR HSEIKHGRVA MAAFVGFCV QSNGIHFPFD FQGGGVSQAQ YAAGLSPPEQ WDALPFAAKA QIILFIGFLE WWSEFGGQHY MRGGQPGKYP E FKNIPLHK MPNLFDPLGL SKGLSAEQRE TKLCAEINNG RLAMLGVFGF YCAEKIPGSV PLLSFIKPYA GEIMGPF

+
分子 #18: iFCPI-2

分子名称: iFCPI-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 21.908445 KDa
配列文字列: MLSFALSPLA LNVAPMGAVA SPRATVAMMA KSKSMPMMDA KEHLQGMVGN VDFDPLGLST PENIKWMREA ELKHGRMAQL AWAGYVAVD LGLRFPGEKY AGLTSLSAHD ATVGYELFLL LLLVGTFETI GGKQIYDMQM SGANREAGDF GFDPLMLLKS P NAEKYKLA ...文字列:
MLSFALSPLA LNVAPMGAVA SPRATVAMMA KSKSMPMMDA KEHLQGMVGN VDFDPLGLST PENIKWMREA ELKHGRMAQL AWAGYVAVD LGLRFPGEKY AGLTSLSAHD ATVGYELFLL LLLVGTFETI GGKQIYDMQM SGANREAGDF GFDPLMLLKS P NAEKYKLA ELTHGRAAMI AFSGVVTHSA LPDAFGYGKA TFPYF

+
分子 #19: L-iFP

分子名称: L-iFP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 12.56768 KDa
配列文字列:
MAKLLFLLIG VLASVVSGLV VGTAARSAVR AEQPAMSESR RSVLAAALFL APAAASAMTI PGVNAPGLVP ATKKSVGPKP EWDSFRDTS HFWSSEGIMN SVPKVKGIVT PKTPVGYGAP PKN

+
分子 #20: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 83.558156 KDa
配列文字列: MKVGSKELEA SKVRVIVDKD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEDIS RKIFSAHFGQ LAIIFLWVS QAYFHGARFS NYSAWLQNPT AIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFSGVQ ITSGVFQMWR ASGITNETEL Y WTAMGGLV ...文字列:
MKVGSKELEA SKVRVIVDKD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEDIS RKIFSAHFGQ LAIIFLWVS QAYFHGARFS NYSAWLQNPT AIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFSGVQ ITSGVFQMWR ASGITNETEL Y WTAMGGLV MSALMVFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESMM NHHLAGLLGL GCLSWSGHQI HISLPINKLL DAGVAPQEIP LP HELLFNQ DLMAQLYPSF KKGLLPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPITG SLWLSDTAHH HLALAVLFIF AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPLTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LAMMGSLSII VAHHMYAMPP YPYIGVDYPT QLSLFTHHMW IGGF CICGA AAHGAIFMVR DYSPVQSYNN LLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGTHSFGF YIHNDTMRAL GRPQDMFSDK AIQLQ PIFA KWVQSLHTLA PGSTAPNALA TSSYAFGGDV VAVNGKIAMM PITLGTADFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHIF LGLFWMYNCI SVVIFHFSWK MQSDVWGTIS SSGKISHVTG GNFANSA LT INGWLRDFLW SQASQVIQSY GSALSAYGLI FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKLAP AIQPRALS I TQGRAVGLAH YLLGGIGTTW SFFLARIISV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #21: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 82.181125 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFQQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQS AIKAFTRGGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RTNEDLYFGA LGLLILSTAL LFAGWLHLQP K FRPGIAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFQQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQS AIKAFTRGGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RTNEDLYFGA LGLLILSTAL LFAGWLHLQP K FRPGIAWF KNNESRLNHH LSGLFGVSSL AWAGHLIHVA IPESRGQHIR WNNFTSTLPH PEGLTPFFTG NWGLYAENPD TA QHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQS MWLTDIAHHH LAIAVVFIFA GHMYRTNWGI GHSMKEILDA HVPPKGRLGS GHR GLFETI TDSLHMQLGL ALASLGVATS LVAQHMYALP SYAFMAKDYV TQAALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDP EVNKD NVLARMLQHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYIHNDVCVA FGTPEKQILF EPVFAQFIQA ASGKALYGFD VLLSS PTSV ATVAGSKIWL PGWVEAINSG KNSLFLTIGP GDFLIHHAIA LALHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAMFWM LNTIGWVTFY WHWKHMTIWG GNAAAFNESS TYIMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNAFGM NA QAVWAWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH ERTPIANLVK WRDKPVALSI VQARLVGLAH FTIGYIFT Y APFVIASTTG KFS

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #22: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 8.795143 KDa
配列文字列:
MSHSVRVYDT CIGCTQCVRA CPCDVLEMVP WDGCKAGQIA SAPRAEDCIG CKRCETACPT DFLSVRVYLG SETTRSLGLS Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #23: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 15.882163 KDa
配列文字列:
MTTDLLNLQI PSPTFGGSTG GWLRAAEIEE KYAITWTSKK EQIFEMPTSG AAIMQKGENL LYLAKKEQCL ALGTQLRTLF KISDYKIYR IFPNSEVQYL HPKDGVFPEK LNEGRVGVGN IGYSIGKNPN PVNVKFTGKN TFD

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #24: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 12.835605 KDa
配列文字列:
MLRSIALFAL AGSASALAPS AIGSSRVATR AGSPEMISRG SVVRIMRPES YWFQECGSVA TIAKGGDRYP VVVRFEKVNY AGVATNNFA MDELVEVEAP PAKAAPAKAE APAKEAAEAA PPAEA

+
分子 #25: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 20.218377 KDa
配列文字列:
MKTFFNWFLA ISIFTTAPTL VSADVSGLTP CKDSAVFKRR LDGSVKKLNS RLANYTEGTP AYIALEQQIE QTKARFAKYG EKGLLCGAD GLPHLIADGR LDHAGEFIIP GFGFLYIAGW IGWAGRSYLQ FSKKTDKPNE NEIIINVPVA LGMMAGAFIW P LAAWKELI DGKLLVPGDE ITVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #26: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 3.943707 KDa
配列文字列:
MSASFLPSIL TPLVTLVFPG LCFALFFVLI EQDEIA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #27: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 4.506288 KDa
配列文字列:
MSNDLLKYLS TAPVLLTAWM SITAGIIIEI QRFFPDSLSF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #28: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 9.484241 KDa
配列文字列:
MLDAGHAVDT ASQLMAMSLP IPAYSIPKAF IMMFCNVLVI STMTIQGKGL AKGTPHDEMV ESFGITWLLA GTALGHIVGA GTILGCSTA GIL

+
分子 #29: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 15.477796 KDa
配列文字列:
MSEFVKPFNN DPFVGNLSTP VTTSTATKLY LGNLPIYRKG LSPLMRGLEV GMAHGYFLIG PFYILGPLRN SPNALLVGLF SAYGLIIIL TLALTIYGLA SFQDNSTGSN LESSKGWRSF TSGFTVGALG GASVAYVLLN NVSFFA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #30: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 3.149833 KDa
配列文字列:
MITDGQIFVA LCIALTAAIL AIGLGRQLYV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #31: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
分子量理論値: 13.750826 KDa
配列文字列:
MHTVAALLCL IGSASALAPA ARVVPVVQRA VAPAVRVAPA AMLDRSEAAD TWWGDKDYPS SVVLGIGKDV PSSIYGVTSA IAFSVGAYC IAQSNIINIL SGSTVNGFYV AGALLVPYSW GLHVAAWIQK QNGK

+
分子 #32: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 280 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #33: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 62 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #34: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 51 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #35: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 16 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #36: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 20 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #37: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 54 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #38: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 5 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #39: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #40: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #41: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #42: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #43: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 148236
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る