[日本語] English
万見
- EMDB-39670: Structure of a murine monoclonal antibody Fab5 targeting Epstein-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39670
タイトルStructure of a murine monoclonal antibody Fab5 targeting Epstein-Barr virus gB
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of glycoprotein B with fab5
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 H chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 L chain
    • タンパク質・ペプチド: BALF4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードEBV / Antibody / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Fang XY / Sun C / Zeng MS / Liu Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030046 中国
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2025
タイトル: Chimeric Glycoprotein Nanoparticles Elicit Robust Neutralizing Antibodies Against Epstein-Barr Virus.
著者: Cong Sun / Chu Xie / Xin-Yan Fang / Dong-Chun Hong / Haoyu Zhang / Pei-Huang Wu / Yi-Na Liu / Guo-Long Bu / De-Hai Cao / Min-Yi Si-Tu / Yong-Jian Peng / Jing Wang / Guo-Kai Feng / Qian Zhong ...著者: Cong Sun / Chu Xie / Xin-Yan Fang / Dong-Chun Hong / Haoyu Zhang / Pei-Huang Wu / Yi-Na Liu / Guo-Long Bu / De-Hai Cao / Min-Yi Si-Tu / Yong-Jian Peng / Jing Wang / Guo-Kai Feng / Qian Zhong / Zheng Liu / Mu-Sheng Zeng /
要旨: Epstein‒Barr virus (EBV) is a ubiquitous gammaherpesvirus linked to a broad spectrum of malignancies and autoimmune diseases with no approved therapeutic drugs or vaccines. EBV infection relies on ...Epstein‒Barr virus (EBV) is a ubiquitous gammaherpesvirus linked to a broad spectrum of malignancies and autoimmune diseases with no approved therapeutic drugs or vaccines. EBV infection relies on the viral glycoproteins gB and gHgL, which, together, function as the fusion apparatus, mediating viral recognition and membrane fusion in both epithelial and B cells. Despite discovering potent neutralizing antibodies targeting gB and gHgL, the heterogeneous antigen structures and distribution of multiple glycoproteins in the virion hinder rational vaccine design targeting this apparatus complex. In this study, Chimeric nanoparticles (Chimeric-NPs) are designed that co-display EBV fusion apparatus and induce significantly more neutralizing antibodies in mice and nonhuman primates than the cocktail counterparts. It is further demonstrated that the Chimeric-NPs elicited neutralizing antibodies predominantly targeting gB, closely mimicking the antibody induction pattern by the whole EBV virion. Additionally, single-BCR sequencing is used to analyze the B cell response to Chimeric-NP, and a novel gB neutralizing antibody Fab5 targeting a new vulnerable site EBV gB is identified. These findings provide novel candidates and vaccine design strategies for EBV and reveal the underlying mechanisms of antibody induction and immune response regulation by chimera vaccines, with potential implications for all multi-antigen-harbored pathogens.
履歴
登録2024年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_39670.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 400 pix.
= 368. Å		0.92 Å/pix.
x 400 pix.
= 368. Å		0.92 Å/pix.
x 400 pix.
= 368. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.29946652 - 0.6871864
平均 (標準偏差)0.00032658913 (±0.0142146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_39670_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39670_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of glycoprotein B with fab5

全体名称: Complex of glycoprotein B with fab5
要素
  • 複合体: Complex of glycoprotein B with fab5
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 H chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 L chain
    • タンパク質・ペプチド: BALF4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Complex of glycoprotein B with fab5

超分子名称: Complex of glycoprotein B with fab5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

-
分子 #1: Fab5 H chain

分子名称: Fab5 H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.199873 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQQPGAE LVRPGASVKL SCKASGFTFT SYWINWVKQR PGQGLEWIGN IFPSDSYTNY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MLLSSPTSE DSAVYYCTRG GYRYDSDYWG QGTTLTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
QVQLQQPGAE LVRPGASVKL SCKASGFTFT SYWINWVKQR PGQGLEWIGN IFPSDSYTNY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MLLSSPTSE DSAVYYCTRG GYRYDSDYWG QGTTLTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVGS HHHHHH

-
分子 #2: Fab5 L chain

分子名称: Fab5 L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.261846 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVT YMYWYQQKPG SSPRLLIYDT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ WSSYPYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVT YMYWYQQKPG SSPRLLIYDT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ WSSYPYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
分子 #3: BALF4

分子名称: BALF4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 75.215109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QTPEQPAPPA TTVQPTATRQ QTSFPFRVCE LSSHGDLFRF SSDIQCPSFG TRENHTEGLL MVFKDNIIPY SFKVRSYTKI VTNILIYNG HRADSVTNRH EEKFSVESYE TDQMDTIYQC YNAVKMTKDG LTRVYVDRDG VNITVNLKPT GGLANGVRRY A SQTELYDA ...文字列:
QTPEQPAPPA TTVQPTATRQ QTSFPFRVCE LSSHGDLFRF SSDIQCPSFG TRENHTEGLL MVFKDNIIPY SFKVRSYTKI VTNILIYNG HRADSVTNRH EEKFSVESYE TDQMDTIYQC YNAVKMTKDG LTRVYVDRDG VNITVNLKPT GGLANGVRRY A SQTELYDA PGRVEATYRT RTTVNCLITD MMAKSNSPFD FFVTTTGQTV EMSPFYDGKN TETFHERADS FHVRTNYKIV DY DNRGTNP QGERRAFLDK GTYTLSWKLE NRTAYCPLQH WQTFDSTIAT ETGKSIHFVT DEGTSSFVTN TTVGIELPDA FKC IEEQVN KTMHEKYEAV QDRYTKGQEA ITYFITSGGL LLAWLPLTPR SLATVKNLTE LTTPTSSPPS SPSPPAPPAA RGST SAAVL RRRRRNAGNA TTPVPPAAPG KSLGTLNNPA TVQIQFAYDS LRRQINRMLG DLARAWCLEQ KRQNMVLREL TKINP TTVM SSIYGKAVAA KRLGDVISVS QCVPVNQATV TLRKSMRVPG SETMCYSRPL VSFSFINDTK TYEGQLGTDN EIFLTK KMT EVCQATSQYY FQSGNEIHVY NDYHHFKTIE LDGIATLQTF ISLNTSLIEN IDFASLELYS RDEQRASNVF DLEGIFR EY NFQAQNIAGL RKDLDNAVSH HHHHH

UniProtKB: BALF4

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8.3
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 184393
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る