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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39646 | |||||||||
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タイトル | the complex structure of the H4B6 Fab with the RBD of Omicron BA.5 S protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | antibody / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Xia LY / Zhang YY / Zhou Q / Yan RH | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2024 タイトル: A novel bispecific antibody targeting two overlapping epitopes in RBD improves neutralizing potency and breadth against SARS-CoV-2. 著者: Hancong Sun / Lingyun Xia / Jianhua Li / Yuanyuan Zhang / Guanying Zhang / Ping Huang / Xingxing Wang / Yue Cui / Ting Fang / Pengfei Fan / Qiang Zhou / Xiangyang Chi / Changming Yu / 要旨: SARS-CoV-2 has been evolving into a large number of variants, including the highly pathogenic Delta variant, and the currently prevalent Omicron subvariants with extensive evasion capability, which ...SARS-CoV-2 has been evolving into a large number of variants, including the highly pathogenic Delta variant, and the currently prevalent Omicron subvariants with extensive evasion capability, which raises an urgent need to develop new broad-spectrum neutralizing antibodies. Herein, we engineer two IgG-(scFv) form bispecific antibodies with overlapping epitopes (bsAb1) or non-overlapping epitopes (bsAb2). Both bsAbs are significantly superior to the parental monoclonal antibodies in terms of their antigen-binding and virus-neutralizing activities against all tested circulating SARS-CoV-2 variants including currently dominant JN.1. The bsAb1 can efficiently neutralize all variants insensitive to parental monoclonal antibodies or the cocktail with IC lower than 20 ng/mL, even slightly better than bsAb2. Furthermore, the cryo-EM structures of bsAb1 in complex with the Omicron spike protein revealed that bsAb1 with overlapping epitopes effectively locked the S protein, which accounts for its conserved neutralization against Omicron variants. The bispecific antibody strategy engineered from overlapping epitopes provides a novel solution for dealing with viral immune evasion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39646.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39646-v30.xml emd-39646.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_39646.png | 25.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39646.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_39646_half_map_1.map.gz emd_39646_half_map_2.map.gz | 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39646 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39646 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39646_validation.pdf.gz | 788.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39646_full_validation.pdf.gz | 788.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39646_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39646_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39646 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39646 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ywxMC 8ywwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39646_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39646_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : the complex structure of the H4B6 Fab with the RBD of Omicron BA....
全体 | 名称: the complex structure of the H4B6 Fab with the RBD of Omicron BA.5 S protein |
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要素 |
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-超分子 #1: the complex structure of the H4B6 Fab with the RBD of Omicron BA....
超分子 | 名称: the complex structure of the H4B6 Fab with the RBD of Omicron BA.5 S protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: H4B6 Fab's heavy chain
分子 | 名称: H4B6 Fab's heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 76.157969 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGD LVQPGGSLRL SCAASGFIVS RNYMSWVRQA PGKGLEWVSS IYSGGSTFYA GSVKGRFTIS RDNSKNTLYL QMNSLRAED TAIYYCARDI PRHGGDSWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH ...文字列: EVQLVESGGD LVQPGGSLRL SCAASGFIVS RNYMSWVRQA PGKGLEWVSS IYSGGSTFYA GSVKGRFTIS RDNSKNTLYL QMNSLRAED TAIYYCARDI PRHGGDSWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDKTHTCPP CPAPELLGGP SV FLFPPKP KDTLMISRTP EVTCVVVDVS HEDPEVKFNW YVDGVEVHNA KTKPREEQYN STYRVVSVLT VLHQDWLNGK EYK CKVSNK ALPAPIEKTI SKAKGQPREP QVYTLPPSRD ELTKNQVSLT CLVKGFYPSD IAVEWESNGQ PENNYKTTPP VLDS DGSFF LYSKLTVDKS RWQQGNVFSC SVMHEALHNH YTQKSLSLSP GKGGGGSGGG GSGGGGEVQL VESGGGLVQP GWSLR LSCV VSGLKFDDFA MHWVRQVPGK GLEWVSGLNW NGDNVAFADS VKGRFTISRD NAENSLYLQM NNLRPEDTAF YYCAKD SYY DILTGYSGAF DMWGQGTMVT VSSGGGGSGG GGSGGGGAIR MTQSPATLSL SPGERATLSC RASQSVHNYL AWYQQKP GQ APRLLFYDAS NRATGIPARF SASASGTDST LTISSLEPED FAVYYCQQRR NGYSFGQGTK VEIKR |
-分子 #2: H4B6 Fab's light chain
分子 | 名称: H4B6 Fab's light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.574154 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AIRMTQSPAS LSASIGDRVT ITCQASQDIN KYLNWYQQKP GKAPRLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ QYDNLPITFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: AIRMTQSPAS LSASIGDRVT ITCQASQDIN KYLNWYQQKP GKAPRLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ QYDNLPITFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #3: Spike protein S2'
分子 | 名称: Spike protein S2' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 株: Omicron/BA.5 |
分子量 | 理論値: 124.212977 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES DFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF ...文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES DFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLVR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SSGWTAGAAA YY VGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLCPFDEVFN ATR FASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVSQIAP GQTGNIADYN YKLP DDFTG CVIAWNSNKL DSKVGGNYNY RYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGVNCYFP LQSYGFRPTY GVGHQ PYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILD ITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQGVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEYVNSS YECDIPI GA GICASYQTQT NSPRRARSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDS T ECSNLLLQYG SFCTQLKRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKYF GGFNFSQILP DPSKPSKRSP IEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQI PFPMQMAYRF NGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNHN AQALNTLVKQ LSSKFGAISS VLNDILSRLD P PEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VT YVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GNCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELD UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 368678 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |