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- EMDB-39634: The structure of ASFV DNA polymerase in replicating state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39634
タイトルThe structure of ASFV DNA polymerase in replicating state
マップデータ
試料
  • 複合体: The ASFV DNA polymerase in replicating state
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • DNA: The primer strand
    • DNA: The template strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードDNA polymerase / VIRAL PROTEIN/DNA / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kuai L / Sun JQ / Peng Q / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81871658 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of DNA polymerase of African swine fever virus.
著者: Lu Kuai / Junqing Sun / Qi Peng / Xuejin Zhao / Bin Yuan / Sheng Liu / Yuhai Bi / Yi Shi /
要旨: African swine fever virus (ASFV) is one of the most important causative agents of animal diseases and can cause highly fatal diseases in swine. ASFV DNA polymerase (DNAPol) is responsible for genome ...African swine fever virus (ASFV) is one of the most important causative agents of animal diseases and can cause highly fatal diseases in swine. ASFV DNA polymerase (DNAPol) is responsible for genome replication and highly conserved in all viral genotypes showing an ideal target for drug development. Here, we systematically determined the structures of ASFV DNAPol in apo, replicating and editing states. Structural analysis revealed that ASFV DNAPol had a classical right-handed structure and showed the highest similarity to the structure of human polymerase delta. Intriguingly, ASFV DNAPol has a much longer fingers subdomain, and the thumb and palm subdomain form a unique interaction that has never been seen. Mutagenesis work revealed that the loss of this unique interaction decreased the enzymatic activity. We also found that the β-hairpin of ASFV DNAPol is located below the template strand in the editing state, which is different from the editing structures of other known B family DNAPols with the β-hairpin above the template strand. It suggests that B family DNAPols have evolved two ways to facilitate the dsDNA unwinding during the transition from replicating into editing state. These findings figured out the working mechanism of ASFV DNAPol and will provide a critical structural basis for the development of antiviral drugs.
履歴
登録2024年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 360 pix.
= 248.4 Å		0.69 Å/pix.
x 360 pix.
= 248.4 Å		0.69 Å/pix.
x 360 pix.
= 248.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.0022306016 - 1.7325933
平均 (標準偏差)0.0014253862 (±0.028366445)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 248.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39634_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39634_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The ASFV DNA polymerase in replicating state

全体名称: The ASFV DNA polymerase in replicating state
要素
  • 複合体: The ASFV DNA polymerase in replicating state
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • DNA: The primer strand
    • DNA: The template strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: The ASFV DNA polymerase in replicating state

超分子名称: The ASFV DNA polymerase in replicating state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

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分子 #1: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 139.719047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MISIMDRSEI VARENPVITQ RVTNLLQTNA PLLFMPIDIH EVRYGAYTLF MYGSLENGYK AEVRIENIPV FFDVQIEFND TNQLFLKSL LTAENIVYER LETLTQRPVM GYREKEKEFA PYIRIFFKSL YERRKAITYL NNMGYNTAAD DTTCYYRMVS R ELKLPLTS ...文字列:
MISIMDRSEI VARENPVITQ RVTNLLQTNA PLLFMPIDIH EVRYGAYTLF MYGSLENGYK AEVRIENIPV FFDVQIEFND TNQLFLKSL LTAENIVYER LETLTQRPVM GYREKEKEFA PYIRIFFKSL YERRKAITYL NNMGYNTAAD DTTCYYRMVS R ELKLPLTS WIQLQHYSYE PRGLVHRFSV TPEDLVSYQN DGPTDHSIVM AYDIETYSPV KGTVPDPNQA NDVVFMICMR IF WIHSTEP LASTCITMAP CKKSSEWTTI LCSSEKNLLL SFAEQFSRWA PDICTGFNDS RYDWPFIVEK SMQHGILEEI FNK MSLFWH QKLDTILKCY YVKEKRVKIS AEKSIISSFL HTPGCLPIDV RNMCMQLYPK AEKTSLKAFL ENCGLDSKVD LPYH LMWKY YETRDSEKIA DVAYYCIIDA QRCQDLLVRH NVIPDRREVG ILSYTSLYDC IYYAGGHKVC NMLIAYAIHD EYGRI ACST IARGKREHGK YPGAFVIDPV KGLEQDKPTT GLDFASLYPS LIMAYNFSPE KFVASRDEAN SLMAKGESLH YVSFHF NNR LVEGWFVRHN NVPDKMGLYP KVLIDLLNKR TALKQELKKL GEKKECIHES HPGFKELQFR HAMVDAKQKA LKIFMNT FY GEAGNNLSPF FLLPLAGGVT SSGQYNLKLV YNFVINKGYG IKYGDTDSLY ITCPDSLYTE VTDAYLNSQK TIKHYEQL C HEKVLLSMKA MSTLCAEVNE YLRQDNGTSY LRMAYEEVLF PVCFTGKKKY YGIAHVNTPN FNTKELFIRG IDIIKQGQT KLTKTIGTRI MEESMKLRRP EDHRPPLIEI VKTVLKDAVV NMKQWNFEDF IQTDAWRPDK DNKAVQIFMS RMHARREQLK KHGAAASQF AEPEPGERFS YVIVEKQVQF DIQGHRTDSS RKGDKMEYVS EAKAKNLPID ILFYINNYVL GLCARFINEN E EFQPPDNV SNKDEYAQRR AKSYLQKFVQ SIHPKDKSVI KQGNVHRQCY KYIHQEIKKK IGIFADLYKE FFNNTTNPIE SF IQSTQFM IQYFDGEQKV NHSMKKMVEQ HATASNRAGK PAGNPAGNAL MRAIFTQLIT EEKKIVQALY NKGDAIHDLL TYI INNINY KIATFQTKQM LTFEFSSTHV ELLLKLNKTW LILAGIHVAK KHLQAFLDSY NNESPSRTFI QQAIEEECGS IKPS CYDFI S

UniProtKB: DNA polymerase

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分子 #2: The primer strand

分子名称: The primer strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 7.681985 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DC)

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分子 #3: The template strand

分子名称: The template strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 11.677539 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: TTP
分子量理論値: 482.168 Da
Chemical component information

ChemComp-TTP:
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 290488
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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