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- EMDB-39544: Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39544
タイトルIota toxin Ib pore serine-clamp mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant
    • タンパク質・ペプチド: Iota toxin component Ib
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードBacterial binary toxin / Protein translocation channel / ADP-ribosylation / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 / PA14 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Iota toxin component Ib
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Ninomiya Y / Yoshida T / Yamada T / Kishikawa J / Tsuge H
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02452 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Serine clamp of Clostridium perfringens binary toxin BECb (CPILEb)-pore confers cytotoxicity and enterotoxicity.
著者: Yoshida T / Monma C / Ninomiya Y / Takiguchi S / Fujita S / Uchida Y / Sakoda N / Karginov VA / Kishikawa J / Yamada T / Tsuge H
履歴
登録2024年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39544.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39544.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 450 pix.
= 303.75 Å		0.68 Å/pix.
x 450 pix.
= 303.75 Å		0.68 Å/pix.
x 450 pix.
= 303.75 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.675 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.5295337 - 1.3181643
平均 (標準偏差)0.0010923586 (±0.037887815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 303.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39544_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39544_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant

全体名称: Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant
要素
  • 複合体: Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant
    • タンパク質・ペプチド: Iota toxin component Ib
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant

超分子名称: Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

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分子 #1: Iota toxin component Ib

分子名称: Iota toxin component Ib / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
分子量理論値: 58.241887 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: EDLDTDNDNI PDAYEKNGYT IKDSIAVKWN DSFAEQGYKK YVSSYLESNT AGDPYTDYQK ASGSIDKAIK LEARDPLVAA YPVVGVGME NLIISTNEHA SSDQGKTVSR ATTNSKTDAN TVGVSISAGY QNGFTGNITT SYSHTTDNST AVQDSNGESW N TGLSINKG ...文字列:
EDLDTDNDNI PDAYEKNGYT IKDSIAVKWN DSFAEQGYKK YVSSYLESNT AGDPYTDYQK ASGSIDKAIK LEARDPLVAA YPVVGVGME NLIISTNEHA SSDQGKTVSR ATTNSKTDAN TVGVSISAGY QNGFTGNITT SYSHTTDNST AVQDSNGESW N TGLSINKG ESAYINANVR YYNTGTAPMY KVTPTTNLVL DGETLATIKA QDNQIGNNLS PNETYPKKGL SPLALNTMDQ SN ARLIPIN YDQLKKLDSG KQIKLETTQV SGNYGTKNSQ GQIITEGNSW SNYISQIDSV SASIILDTGS QTFERRVAAK EQG NPEDKT PEITIGEAIK KAFSATKNGE LLYFNGIPID ESCVELIFDD NTSEIIKEQL KYLDDKKIYN VKLERGMNIL IKVP SYFTN FDEYNNFPAS WSNIDTKNQD GLQSVANKLS GETKIIIPMS KLKPYKRYVF SGYSKDPSTS NSITVNIKSK EQKTD YLVP EKDYTKFSYE FETTGKDSSD IEITLTSSGV IFLDNLSITE LNST

UniProtKB: Iota toxin component Ib

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 14 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.669 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4S2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic acid
1.0 mMCaCl2calcium chloride
0.003 % (w/v)C47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

詳細: 10mM HEPES pH 7.5, 1mM CaCl2, 0.003% (w/v) LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7080 / 平均露光時間: 2.89 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0938 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1379432
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: Homogenious refinement / 使用した粒子像数: 190663
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 150 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8yrm:
Iota toxin Ib pore serine-clamp mutant

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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