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- EMDB-39502: Structure of HKU1B RBD with TMPRSS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39502
タイトルStructure of HKU1B RBD with TMPRSS2
マップデータ
試料
  • 複合体: HKU1B-RBD with TMPRSS2 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHKU1B / RBD / TMPRSS2 / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protease serine 2 / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Candidatus Accumulibacter adiacens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Gao X / Cui S / Ding W / Zhu K / Shang K / Zhu H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the interaction between human coronavirus HKU1 spike receptor binding domain and its receptor TMPRSS2.
著者: Xiaopan Gao / Kaixiang Zhu / Lin Wang / Kun Shang / Lei Hua / Bo Qin / Hongtao Zhu / Wei Ding / Sheng Cui /
履歴
登録2024年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月28日-
マップ公開2024年8月28日-
更新2024年8月28日-
現状2024年8月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39502.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39502.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 312 pix.
= 252.72 Å		0.81 Å/pix.
x 312 pix.
= 252.72 Å		0.81 Å/pix.
x 312 pix.
= 252.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.008306593 - 2.8566873
平均 (標準偏差)0.0015486672 (±0.031027261)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 252.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HKU1B-RBD with TMPRSS2 receptor

全体名称: HKU1B-RBD with TMPRSS2 receptor
要素
  • 複合体: HKU1B-RBD with TMPRSS2 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HKU1B-RBD with TMPRSS2 receptor

超分子名称: HKU1B-RBD with TMPRSS2 receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for Candidatus Accumulibacter adiacens (2954378) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID Q0ZME7.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candidatus Accumulibacter adiacens (バクテリア)
分子量理論値: 31.703457 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: NLPDCDIDNW LNNVSVPSPL NWERRIFSNC NFNLSTLLRL VHVDSFSCNN LDKSKIFGSC FNSITVDKFA IPNRRRDDLQ LGSSGFLQS SNYKIDISSS SCQLYYSLPL VNVTINNFNP SSWNRRYGFG SFNLSSYDVV YSDHCFSVNS DFCPCADPSV V NSCAKSKP ...文字列:
NLPDCDIDNW LNNVSVPSPL NWERRIFSNC NFNLSTLLRL VHVDSFSCNN LDKSKIFGSC FNSITVDKFA IPNRRRDDLQ LGSSGFLQS SNYKIDISSS SCQLYYSLPL VNVTINNFNP SSWNRRYGFG SFNLSSYDVV YSDHCFSVNS DFCPCADPSV V NSCAKSKP PSAICPAGTK YRHCDLDTTL YVKNWCRCSC LPDPISTYSP NTCPQKKVVV GIGEHCPGLG INEEKCGTQL NH SSCFCSP DAFLGWSFDS CISNNRCNIF SNFIFNGINS GTTCSNDL

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Transmembrane protease serine 2

分子名称: Transmembrane protease serine 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: transmembrane protease serine 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.381848 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFIL QVYSSQRKSW HPVCQDDWNE NYGRAACRDM GYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH SDACSSKAVV SLRCIACGVN LNSSRQSRIV GGESALPGAW P WQVSLHVQ ...文字列:
MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFIL QVYSSQRKSW HPVCQDDWNE NYGRAACRDM GYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH SDACSSKAVV SLRCIACGVN LNSSRQSRIV GGESALPGAW P WQVSLHVQ NVHVCGGSII TPEWIVTAAH CVEKPLNNPW HWTAFAGILR QSFMFYGAGY QVEKVISHPN YDSKTKNNDI AL MKLQKPL TFNDLVKPVC LPNPGMMLQP EQLCWISGWG ATEEKGKTSE VLNAAKVLLI ETQRCNSRYV YDNLITPAMI CAG FLQGNV DSCQGDAGGP LVTSKNNIWW LIGDTSWGSG CAKAYRPGVY GNVMVFTDWI YRQMRADG

UniProtKB: Transmembrane protease serine 2

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 709482
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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